Филарет Романов неохотно пускал в думу княжескую знать, издавна носившую высшие думные чины. Видное место среди знати, перешедшей на службу в Москву из Литвы, были князья Воротынские. Их род был одним из самых аристократических родов России. Его представители, как отметили современники, «бывают в боярах, а в окольничих не бывают». Князь А. И. Воротынский и царь Михаил были женаты на родных сестрах. Но он долго оставался стольником. По знатности Воротынские уступали лишь Мстиславскому.

Перед отъездом из Речи Посполитой Филарет посылал людей к польскому пленнику Ивану Шуйскому с предложением вместе ехать в Россию. Однако князь Иван помнил о казни братьев и отвечал митрополиту Ростовскому, что он присягнул Владиславу и будет верен присяге. Невзирая на это, власти возвратили князю Ивану боярский титул, когда тот вернулся в Москву. Последний в своем роду Шуйский занял высший пост в думе. Исторический спор между аристократией литовского происхождения и суздальской знатью завершился в пользу Шуйских.

Возвышение Ивана Шуйского Романовы использовали для того, чтобы завершить разгром пропольской партии в думе, приведшей страну к национальной катастрофе. Иван Пуговка Шуйский был личностью столь же бесцветной, как Мстиславский, и покорно следовал воле Романовых. Именно ему Михаил поручил провести суд над героем смоленской обороны Шеиным, что тот и исполнил. В конце 1637 года Шуйский постригся в монахи, а в 1638 году умер. Наследника у него не было, и род Шуйских пресекся.

И Филарет, и его сын питали недоверие к высшей княжеской аристократии. Архиепископ Астраханский так характеризовал взаимоотношения патриарха и высшей аристократии: «а владетелен таков был, яко и самому царю боятися его, боляр же и всякаго чина царского синклита зело томляше заточенми необратными, и инеми наказанми».

Местническая система, регулировавшая взаимоотношения внутри правящего боярства, существовала в России более столетия и отличалась исключительной прочностью. Высшие посты в государстве занимали лица, чьи предки отличались знатностью, состояли в родстве с династией Калиты, добились наибольших успехов по службе и владели родовыми вотчинами.

Восшествие на трон Романовых неизбежно должно было привести к преобразованию старой иерархии. Первостепенное значение приобрело родство с новой династией. На первый план выдвинулись Шереметевы, Морозовы, Салтыковы. Самыми богатыми светскими землевладельцами России стали Иван Романов (3379 дворов крестьянских и бобыльских) и Федор Шереметев (2083 двора).

Перестройка местничества была ускорена смертью Мстиславского. Новая династия представляла нетитулованную старомосковскую знать, прежде уступавшую первенство княжеским родам. Примирить старую иерархию с новой действительностью не представлялось возможным, и Романовы упразднили местничество в конце XVII века.

При царе Михаиле суздальская знать лишилась главного преимущества — близкого родства с царствующей династией. И Грозный, и суздальская знать имели одного предка — Всеволода Большое Гнездо. Романовы были всего лишь слугами владимирских князей.

Смута расшатала царскую власть, что неизбежно усилило значение Боярской думы. Царь Михаил вынужден был жаловать думные чины, чтобы найти опору среди знати. После возвращения Филарета все переменилось. В его правление численный состав думы, представительного органа аристократии, сократился, а компетенция подверглась ограничению. Указные книги Поместного, Разбойного, Земского и Ямского приказов рисуют такую картину. В 1620–1632 годах чаще всего употреблялась формула «царь и патриарх указали», несколько реже — «царь указал», много реже — «царь указал, а бояре приговорили», единичные случаи — «по боярскому приговору» и «патриарх указал».

В 1625 году Михаил Федорович выдал патриарху жалованную самосудную грамоту. Таким путем пастырь пожелал узаконить неподсудность патриарших владений светским чинам. Впрочем, попытка разграничить сферы деятельности с царем не имела особых последствий.

Патриарх Филарет усвоил необычный в русской истории титул — Великий государь и Святейший патриарх. Он соединил в своих руках церковную и светскую власть. Патриаршие ризы сидели на Филарете так же хорошо, как боярские одежды. Но по натуре и привычкам Романов был не столько духовным пастырем, сколько честолюбивым и опытным государственным мужем. Будучи в царствующем граде, он тщательно вникал в дела управления государством и выносил решения. Во время длительных поездок на богомолье патриарх наказывал сыну сообщать ему обо всех важных политических новостях: «да и о сем, государь, вели мне возвещать коротким писанием, любо отписки придут из Новгорода, или изо Пскова, или из порубежных городов, или отинды откуду, чтоб мне, отцу твоему и богомольцу, о том ведомо было». Не церковные, а военные новости интересовали Филарета в первую очередь.

Михаил старательно исполнял приказ батюшки, а также пересылал ему нераспечатанными письма, полученные на имя иерарха в столице. Имеются сведения, что воеводы вели из лагеря под Смоленском отдельную переписку с патриархом. Филарет получал тайные грамоты из Псковского Печорского монастыря.

В 1627 году патриарх сам вел секретные переговоры с турецким послом Кантакузином о заключении союзного договора против Речи Посполитой. Получив из рук посла «письмо» — проект договора, Филарет после рассмотрения передал его главе Посольского приказа. Предложение турок было отклонено. В 1631 году шведский посол Руссель по прибытии в Москву говорил наедине с патриархом, а затем с членом Ближней думы князем Иваном Черкасским. Посольский приказ, а значит, и Боярская дума не были осведомлены о «тайном деле», с которым приезжал посол.

Ранее, в 1620 году, московские послы прислали из Персии две отписки. Одну царь Михаил и Филарет велели «честь» всей Боярской думе, а другую «мы слушели и ближним бояром чести велели, а всем бояром чести не велели».

В конце жизни патриарх нередко принимал решения по важнейшим внешнеполитическим и военным вопросам единолично, отстранив Боярскую думу.

При Иване III Россия имела трех великих князей, при Михаиле — двух царей. Конфликты между царями не возникали, так как сын никогда не перечил родителю.

Отец царя поначалу мирился с тем, что в Кремле распоряжались старица Марфа и ее любимцы. В 1623 году он приступил к перестановкам в Ближней думе. Прологом послужил розыск о злоупотреблениях братьев Салтыковых.

Извещая народ об опале на Салтыковых, власти писали: «забыв государево крестное целование и государскую великую милость, а государская милость была к вам (Борису и Михаилу Салтыковым) и к матери вашей (сестре старицы Марфы) не по вашей мере; пожалованы вы были честью и приближеньем больше всех братьи своей», «только и делали, что себя богатили, домы свои и племя свое полнили, земли крали и во всяких делах делали неправду, промышляли тем, чтоб вам при государской милости, кроме себя, никого не видеть, а доброхотства и службы к государю не показали».

Русские известия находят подтверждение в иностранных донесениях. Описав злоупотребления московских властей, Исаак Масса в своих письмах 1616–1618 годов подчеркивал, что такое правление, «если останется в теперешнем положении, долго продолжаться не может»; чиновники корыстолюбивы и лицеприятны; Михаил попустительствует им и возлагает надежды единственно на возвращение из польского плена своего отца Филарета, который один «в состоянии поддержать достоинство великокняжеской власти». «Лобанов с Салтыковым, — писали из Москвы шведские эмиссары, — были первыми во власти, тиранили с таким насилием, что могли бы все перевернуть, если бы не заступился отец» царя Михаила.

Филарет отправил Салтыковых и Лобанова в ссылку, лишив их думных титулов. В 1626 году ссыльные служили в захолустных крепостях на восточной окраине: Борис Салтыков — в Самаре, Михаил — в Чебоксарах, князь Лобанов — в Свияжске. Был издан указ, воспрещавший именовать их с прежними думными титулами. «А к Борису боярином писать не велено, а Михаилу — окольничим; а все они посланы из деревень, государевых очей не видали», — значилось в Разрядах. Филарет не желал допускать племянников в столицу.