К этому времени в Северо-Западном Забайкалье, в Баргузинском, Верхне-Ангарском и Баунтовском острогах русские обосновались окончательно, вплоть до полного освоения Забайкалья. В итоге было основано Баргузинское головство, произведена рекогносцировка рек и путей в Забайкалье, найден путь на Амур. Енисейские казаки соединились с якутскими. Для установления более прочных связей с Енисейском необходимо было заложить промежуточные остроги. Главным из них стал Балаганский острог, построенный в 1654 году боярским сыном Дмитрием Фирсовым на левом берегу Ангары. Вокруг острога имелись пахотные земли и была найдена железная руда.

В 1655 году Енисейский воевода отправил в Балаганский острог для поселения 60 крестьянских семей, кузнеца и плавильщика «для обработки руды».

Три острога: Братский, при устье реки Оки (1631 г.), Верхоленский (1641 г.), Балаганский (1654 г.) — сыграли главную роль в освоении Приангapского края.

Строительство острогов, продвижение по рекам и озерам, использование огнестрельного оружия против местных племен завершили двадцатипятилетнюю (1630–1665 гг.) борьбу за выход к Байкалу и в Забайкалье.

Сложились благоприятные условия для походов на Амур: Поярков (1643–1646 гг.); Хабаров (1649,1650–1652 гг.); Степанов (1653–1658 гг.).

Однако, несмотря на все попытки закрепиться на Амуре, это сделать не удалось, так как возникла реальная угроза столкновения с многолюдным Китаем малочисленных отрядов воевод. Заманчивая мысль — создать Амурское воеводство — была временно отложена русским правительством, но от самого плана занятия Амура оно не отказалось. Разведывательные походы Бекетова и Степанова создали Амурский вопрос: «Присоединение Амурского края к России и борьба из-за него с Китаем».

За десять лет освоения Амура погибло около 1500 человек. Преимущественно это были казаки, чья лихость и отвага подготовили почву для последующих походов на Амур. Для претворения в жизнь этих планов необходимо было иметь базу, обеспечивающую успех. Поэтому по представлению Енисейского воеводы Афанасия Пашкова Московское правительство решило сначала создать оплот казачьим отрядам в Забайкалье. В перспективе, когда русские окончательно обоснуются в Забайкалье, предполагалось по реке Шилке постепенно распространять свое влияние на Амурский край.

Царской грамотой Енисейскому воеводе Акинфову от 20 августа 1655 года «велено Афанасию Пашкову, с сыном Еремеем, быть на Государевой службе в новой даурской земле».

Русским царем с 1645 года стал сын Михаила Федоровича, основателя царской семьи Романовых, Алексей Михайлович, который, укрепляя самодержавную власть, завершил законодательно оформление крепостного права. При нем впервые были выпущены русские серебряные монеты — рубли. Основные усилия во внешней политике царь направлял на Запад. В приграничных местностях создавал военные округа во главе с воеводами, в руках которых сосредоточивалась военная и гражданская власть на территории округа.

С этой целью и был послан в Забайкалье Афанасий Пашков, а вместе с ним в даурскую землю отправились 300 стрельцов и служилых казаков. Указ, как государственный документ, определял денежное жалованье Пашкову и его сыну «по окладам их из енисейских доходов»; что послать в даурскую землю из Тобольска: «пятьдесят пудов пороху, сто пудов свинца, сто ведер вина горячего (водки. — Примеч. ред.)», а что из енисейского урожая: «восемьдесят четвертей муки ржаной, десять четей круп, толокна тож».

Кроме того, Указ разрешил собирать со всех людей таможенные пошлины, приказывал отдать «под него Афанасия и под служилых людей суда, которые готовлены для даурской службы»; намечал сроки отправки отряда «и отпустил бы их из Енисейского острога в Илимский острог во 164 году по весне безо всякого задерживания».

Приказом по Великому войску (так назывались казачьи войска) 1913 года № 449 Забайкальскому казачьему войску дано старшинство на основании этой грамоты, с 20 августа 1655 года.

18 июля 1656 г. Афанасий Пашков со «служилыми людьми» выступил из Енисейска. Началось планомерное освоение Забайкалья.

В Енисейске нагнал указ ссыльного Протопопа Аввакума, главу и идеолога русского раскола, ехать с Пашковым в Даурию. Будучи полковым попом, Аввакум Петров (Петрович) в своем «Житии протопопа Аввакума» — этом литературном памятнике Сибири — обессмертил подвиги муки первых даурских «насельников» в словах страшных и прекрасных, нарисовал образ Афанасия Пашкова, человека незаурядного, но и жестокого в своем обращении с казаками. Он писал: «Стало нечева есть; люди учали с голоду мереть и от работныя водяныя бродни. Река мелкая, плоты тяжелые, приставы немилостивые, палки большие, батоги суковатые, кнуты острые, пытки жестокие — огонь да встряска, люди голодные: лишо станут мучить — ано и умрет!.. Все люди с голоду поморил, никуды не отпускал промышлять… Ох, времени тому!»

В 1657–1658 годах были заложены Иргенский, Нерчинский и Телембинский остроги. Грамотой от 20 октября 1659 г. в Нерчинск назначается приказчик (не воевода). Выбор был предоставлен Тобольскому воеводе князю Хилкову, который избрал на эту должность боярского сына Иллариона Толбузина, пробывшего в Забайкалье пять лет, с 1662 по 1667 год. Это была самая тяжелая пора для Даурских острогов, так как во всех трех острогах к концу воеводства Пашкова, в 1662 г., осталось всего 72 казака, измотанных полуголодным существованием и постоянными набегами местных тунгусских племен. При Толбузине число казаков в острогах увеличилось до 114 человек. Не выдержав голода и лишений, 68 из них под начальством Абрама Парфенова в 1663 г. бежали на Амур. После этого побега в трех острогах осталось 46 казаков. Этими силами Толбузин не мог защитить тунгусов, которые в конце концов прекратили борьбу с русскими и согласились платить дань в царскую казну, а не монгольским ханам.

В 1664 году Нерчинский острог подвергся нападению монголов — но храбро сражавшиеся казаки отстояли его. Толбузин постоянно жаловался в Москву на тяжелые условия жизни, вследствие чего в конце 1664 года енисейскому воеводе было дано поручение взять на себя снабжение и защиту Даурских острогов. Было послано жалованье 114 нерчинским казакам за 6 лет службы (1659–1664 гг.) в размере 1380 рублей и, кроме того, «26 половинок гамбургского сукна разных цветов на кафтаны, по 4 аршина на человека; холст в 1000 аршин; 1000 сажень сетей для рыбной ловли и 1200 рублей для покупки хлеба». На подкрепление отправили 60 томских и 20 енисейских казаков.

О побеге 68 казаков на Амур в Енисейске еще не знали. Таким образом, в Даурских острогах установился на долгие годы штат в 200 казаков, но фактически до 1680 года их всегда было меньше.

В Западном Забайкалье образовалось Баргузинское головство с Верхнеангарским, Баргузинским, Баунтовским острогами. Русская волна переселенцев в Западном Забайкалье двинулась на юг.

27 сентября 1665 года в устье Чикоя был поставлен новый острог, названный Селенгинским. Он стал щитом русских поселений за Байкалом от нападения монголов. Начали складываться официальные отношения с Монголией.

В этом же, 1665-м, году был восстановлен на Амуре Албазинский острог, а в 1674 году он был приписан к Нерчинскому воеводству.

За 10 лет — с прибытия Пашкова в Забайкалье и до конца службы Иллариона Толбузина (1667 г.) — русские, временно отказавшиеся от Амура, прочно обосновались за Байкалом.

К 1666 году в трех основных острогах Забайкалья насчитывалось уже 354 казака: в Нерчинском — 194; в Баргузинском — 70; в Селенгинском — 90.

В 1676 году «в пяти днях пути от Нерчинска» на реках Алтаче, Мунгаче и Тузяче, впадающих в Аргунь, было найдено серебро.

В это же время русско-китайские отношения все больше обострялись как на Амуре, так и в Забайкалье, особенно после восстановления Албазинского острога. Не желая дальнейшего продвижения русских по Амуру, Китай стал открыто готовиться к войне с Россией, подстрекая к нападению на Селенгинск и Нерчинск монгольских князей.