Исполнитель воли казачьего круга в мирное время, атаман обладал неограниченной властью во время войны или похода. В то время в атаманы выбирались казаки прежде всего по своим деловым качествам, а не по имущественному положению, как стало значительно позднее. К атаману предъявлялись высокие требования: личная храбрость и смелость в бою, умение грамотно командовать отрядом в походе, знание военного дела, сильных и слабых сторон противника; обладание твердой волей и умением увлечь людей для достижения поставленной цели. Атаман должен быть хорошим администратором в мирные дни, заботиться о казаках, понимать их. При выборе атамана учитывался его ум, способность правильно оценивать обстановку и принимать решение. Случайных людей в атаманы не избирали — только тех, которых хорошо знали и кому казаки могли доверить свои жизни.

В мирное время казаки занимались скотоводством, охотой и рыболовством. Земледелие у них не поощрялось, так как считалось, что земля закрепощает людей, требует постоянства и покоя, да и непрекращающиеся набеги степных кочевников делали это занятие невозможным. Хлеб казаки получали из царской казны или у русских купцов в обмен на рыбу, пушнину или добытые в походах товары.

 Очаговый характер расселения, большое удаление друг от друга не позволяли казачьим общинам поддерживать тесные связи между собой. Со временем, когда поток русских переселенцев на свободные пограничные земли увеличился, выросло и число казаков, активизировалась их военная деятельность, назрела необходимость для объединения разобщенных казачьих общин в войско с общим кругом и выборными атаманами.

Превратившись в грозную силу, казачьи войска в XV–XVII веках не раз предпринимали военные походы в Крым, к побережью Черного и Каспийского морей, отваживались на открытую борьбу с татарским и турецким войском, добирались даже до далекой Персии.

Вооружены были казаки саблями, пиками, легким огнестрельным оружием (карабины, пистолеты, мушкеты), была у них и артиллерия.

Характерной особенностью их тактики в наступлении являлись внезапные и дерзкие набеги, применение засад и «поисков». В обороне казаки опирались на созданные ими укрепленные городки, засеки, обозы. Широко использовали водные пути, для чего имели большие лодки, вмещавшие 50–70 человек, необходимые запасы воды, продовольствия и вооружения. Казаки имели свой кодекс чести и, тесно связанные общинными интересами, являлись монолитной, дружной, управляемой военной организацией, способной малыми силами достичь больших результатов. Так, например, запорожские казаки в 1614 году уничтожили 26 судов турецкого флота непосредственно у берегов Турции, у мыса Трапезунд (Трабзон), а донские казаки в 1637 году взяли мощную турецкую крепость Азов.

Казачьи общины, преобразованные в войско, получали наименование по территориальному признаку. За войском закреплялась земля, которая передавалась в пользование казачьим станицам. До 1719 года казачьи общины находились в ведении Приказов (Разрядного, Сибирского, Посольского и т. д.), а с 1721 года перешли в подчинение Военной коллегии.

Выборность атаманов и старшин постепенно ликвидировалась, они стали назначаться. Так появились наказные атаманы, т. е. назначенные правительством.

Отношение Русского правительства к казакам не было однозначным. С одной стороны, бояре и помещики не могли мириться с бегством своих крепостных, а с другой — правительству было выгодно иметь на границе государства казаков, войска которых сражались с общим врагом. При этом особых материальных издержек, как на регулярное войско, правительство не несло, а границы охранялись. Казачьи общины до определенной поры были признаны, и Москва не раз обращалась к ним за помощью в отражении нападений многочисленных врагов, сопровождения по степным просторам русских послов.

По отношению к правительству казаки разделялись на служилых и вольных. Первые официально считались подданными русского царя и обязаны были выполнять его приказы. Из числа этих казаков комплектовались гарнизоны пограничных городов и крепостей, пешие и конные полки. За службу получали денежное и хлебное жалованье по твердым окладам, обеспечивались порохом и свинцом. Служили они под началом «голов», назначаемых Разрядным приказом.

Вторые — не считались царскими подданными и не были обязаны служить по его приказу. В походах они участвовали по доброй воле и на определенных условиях. Свобода и независимость были для них превыше всего.

Царское правительство пользовалось услугами своих бывших подданных, но относилось к ним с недоверием. Не связанные присягой, вольные казаки не брезговали «разбойным» промыслом, нападая на иностранных и русских купцов, посольские караваны, что приносило правительству немало неприятностей. Были случаи, когда царь, не желая обострения внешнеполитических отношений с сопредельными государствами, приказывал публично казнить одного или нескольких «воровских людей». Так называли вольных казаков в XVI веке. Попытки царского правительства покончить с казацкой вольницей до 80-х годов XVI века не давали решающих результатов. По мере расширения границ государства и смещения пограничных линий на территорию их обитания вольные казаки уходили в Заволжье, на Яик, Кубань и Терек.

Не миновал этой участи и покоритель Сибири вольный казак Ермак. Летописи не дают точного ответа, когда и при каких обстоятельствах пришел он на Каму, но в 1582 году богатые и могущественные купцы Строгановы приняли предложение казачьего атамана Ермака совершить поход в восточные земли Сибирского хана Кучума.

Честолюбивый, хитрый и воинственный чингисид хан Кучум враждебно относился к Русскому государству, совершал набеги на русские поселения, провоцировал на это другие, подвластные ему племена. Открытые враждебные действия Кучума начались летом 1573 года. В июле сибирские татары вторглись в вотчины Строгановых, руководил ими племянник Кучума — Маметкул. По приказу хана был убит посланник Ивана Грозного Третьяк Чубуков. «Данным людям» Русского государства — хантам и манси — Кучум запретил платить дань в царскую казну.

Грамотой от 30 мая 1574 года Русское правительство закрепляло за Строгановыми их вотчины и давало им право вооруженным путем охранять свои владения, строя сторожевые опорные пункты и крепости на границах владений, а также, нанимая «ратных людей», формировать отряды для их защиты.

Используя данное им право, Строгановы наняли и сформировали на свои деньги отряд из вольных казаков во главе с атаманом Ермаком.

В середине августа 1582 года дружина Ермака в количестве около 600 человек (по другим источникам, 840 человек) отправилась в поход. Главной целью похода ставилось пресечение набегов немирных соседей на владения Строгановых и по обычаям вольного казачества «добыть средства к жизни». Заинтересовано было в разгроме Сибирского ханства и правительство Ивана Грозного, что не было тайной ни для Строгановых, ни для Ермака. Понимал ли Ермак всю дальнейшую историческую значимость своего похода? Вряд ли, но то, что и атаман, и казаки были убеждены в государственной важности этого предприятия, сомневаться не приходится, иначе как бы могла горстка казаков разгромить сильное по тем временам Сибирское ханство?

23 октября 1582 года у Чувашского мыса на Иртыше произошел решающий бой между отрядом Ермака и воинами Кучума, в результате чего пала столица Сибирского ханства Кашлык. Этот бой стал началом присоединения Сибири к Русскому государству и концом Сибирского ханства.

В течение трех лет города и улусы по рекам Иртыш и Обь были покорены. Смерть Ермака в ночь с пятого на шестое августа 1585 года на берегу Иртыша, при устье Вагач, остановила дальнейшее продвижение русских вглубь Сибири.

Сподвижники Ермака — голова Иван Глухов и атаман Матвей Мещеряк — со 150 казаками 15 августа 1585 года оставили Кашлык, форпост казаков в Сибири. Из не менее 600 воинов отряда Ермака на Русь вернулось не более 90 человек. Остальные погибли в боях, скончались от ран, голода и болезней.