30 декабря 1849 года Муравьев отправил составленный им проект образования Забайкальского казачьего войска из Иркутска в Петербург военному министру с последующим докладом государю. Кроме ряда организационных положений он предлагает в этом проекте в состав Забайкальского казачьего войска включить всех пограничных казаков (кроме Тункинского отделения, казаков которого предлагалось включить в состав Иркутского казачьего конного полка); забайкальский казачий городовой полк; всех станичных казаков Забайкальского края, а также все бурятские и тунгусские полки. Кроме того, он предложил в этом проекте в казачье сословие перевести крестьян Нерчинского заводского округа Непременным условием освоения Амура он считал поднятие экономики и прежде всего сельского хозяйства Восточной Сибири и Забайкалья как базы для снабжения русских отрядов и переселенцев, отправляющихся по великому водному пути Дальнего Востока.

Вступив в должность генерал-губернатора, H.H. Муравьев лично вникнул в состояние экономики края, объехав в течение двух месяцев города и большие поселения. Разобрал на месте все жалобы, которые в свое время доводились до енисейского губернатора, но по ним не было принято решение. За плохое обеспечение населения хлебом и чаем енисейский губернатор был немедленно уволен со службы. Отдельного заседателя, под управлением которого находился Туруханский край, вместе с восемью торговцами, державшими в своих руках всю хлебную торговлю края и диктовавшими свои высокие цены населению его, приказал взять в солдаты и отправил служить их в город Вилюйск Якутской области в инвалидную команду (инвалидами в тогдашней Русской армии назывались «старослужащие» гарнизонные солдаты. — Примеч. ред.). Найденные у них в большом количестве муку, крупы и прочие продукты отобрали и раздали беднейшим жителям по самым низким ценам.

В другой раз узнав, что богатые еврейские фирмы — Швейковские, Домбровские, Копны — скупают за городом целыми обозами хлеб у крестьян, который те везут в Иркутск на продажу, и, договорившись между собой, втридорога перепродают его в городе, наживаясь на народном бедствии (в то время по Иркутской губернии и по Забайкалью был неурожай), приказал полицмейстеру — полковнику Сухотину — выследить всех торговых агентов, скупающих хлеб, а крестьян, его продающих, захватить и представить ему. На следующий день приказ был беспрекословно и в точности исполнен.

В 4 часа утра у дома Муравьева стоял крестьянский обоз из 67 возов с хлебом и толпа перекупщиков под охраной городовых и казаков. Решение было, как всегда, в муравьевском стиле: хлеб отобрать, крестьянам за то, что продали хлеб не на базаре, дать по 25 розг и, взыскав с купивших хлеб деньги, заплатить крестьянам по той цене, за которую хлеб был продан. Перекупщикам — агентам фирм дать по 100 «горячих» розг, а самих хозяев названных фирм заключить на год в тюрьму.

Справедливость и жестокость всегда следовали за Муравьевым. Жизнь тогда требовала и того и другого. Только такие люди, как H.H. Муравьев, способны были в тяжелое время навести порядок и быть полезными обществу.

Реальный и смелый проект понравился Николаю I. После внесенных им и военным министром поправок 17 марта 1851 года проект был утвержден императором.

В июне 1851 года во вновь образованном казачьем войске состояло 48 169 человек мужского пола. Оно подчинялось генерал-губернатору, а не командующему войсками, в отсутствие генерал-губернатора — старшему воинскому начальнику. При главном управлении Восточной Сибири было учреждено особое казачье отделение, которое должно было заниматься всеми делами Забайкальского казачьего войска.

На службе по штатам строевых частей из лиц мужского пола казачьего сословия должно было состоять: в 4 русских (вместе с тунгусами) полках — 3504 человека; в 2 бурятских — 1726 человек; итого конных — 5230 человек. В 12 пеших русских батальонах — 12 486 человек. Всего в войске — 17 716 человек. Забайкальский городовой казачий полк и Верхнеудинские станичные казаки образовали 1-й полк: пограничные русские казаки вошли во 2-й и 3-й полки; тунгусский полк стал именоваться 4-м полком, а 5-й и 6-й полки были сформированы из 4 бурятских полков.

11 июля 1851 года была учреждена Забайкальская область. Первым губернатором ее стал генерал-майор Запольский, бывший бригадный командир 24-й пехотной дивизии. 23 октября 1851 года он вступил в исполнение должности наказного атамана Забайкальского казачьего войска.

Были назначены другие должностные лица. Для обучения казачьих частей строю были подготовлены инструкторы из числа лучших казаков.

Летом 1852 года Муравьев произвел смотр казачьих частей, которыми остался доволен.

Положениями от 17 марта 1851 года, 21 июня 1851 Года, 8 августа 1858 года в Забайкальском казачьем войске было введено следующее административное устройство. Все войско делилось на пешее и конное, каждое из которых состояло из 3 бригадных округов, а бригадный округ разделялся в пешем — на 4 батальона, а в конном — на 2 сотенных округов; местное высшее управление, подчиненное наказному атаману, состояло из войскового правления, войскового дежурства и особой канцелярии при наказном атамане; среднюю инстанцию представляли 6 бригадных управлений, состоящие из бригадного управления и бригадной канцелярии.

Низшее звено в конном войске состояло из 36 сотенных, а в пешем — из 12 батальонных управлений. Три пешие бригады были расположены по долинам рек Газимуру, Унде, Онону и Ингоде, а три конные бригады размещались в основном вдоль китайской и монгольской границ. Штабы батальонов были сильно разбросаны по занимаемым бригадами территориям. Например, штаб второй пешей бригады находился в Шелопугино, а штабы ее четырех батальонов находились по всей Унде — в станицах Шелопугинской, Жидкинской, Ундинской и Ново-Троицкой. Штаб первой пешей бригады находился в Газимурском Заводе, а третьей — в Бянкино, в начале Нерчинского тракта.

Войско подчинялось военному министру через генерал-губернатора Восточной Сибири, пользовавшегося правами командира отдельного корпуса.

В военное время каждый округ выставлял соответствующую строевую часть: 6 конных полков и 12 пеших батальонов, составлявших три конные и три пешие бригады. Таким образом, Забайкальское казачье войско являлось войском, поселенным в определенных районах. Казаки жили обыкновенными поселениями, занимались в зависимости от условий местности земледелием, различными промыслами, скотоводством, но имели военное правление.

Непосредственным ближайшим начальником Забайкальского казачьего войска был войсковой наказной атаман, живший в городе Чите. По части военной он действовал через войсковое дежурство как начальник дивизии, а по гражданской — через войсковое управление как губернатор. Наказной атаман следил за боевой готовностью и боевой подготовкой войск, за порядком в войске. Наказной атаман назначал и заменял сотенных командиров, производил казаков в урядники, наблюдал за исправным несением казаками службы (в особенности пограничной) и ведением их собственного хозяйства.

Войсковое дежурство заведовало частями: инспекторскою (военная служба и личный состав), военно-ссудной и врачебной. Во главе войскового дежурства стоял дежурный штаб-офицер.

Инспекторской частью заведовал старший адъютант, военно-ссудной — аудитор, медицинской — войсковой доктор.

Войсковое правление под руководством наказного атамана ведало делами: административными, полицейскими, хозяйственными и контролем. Оно состояло из старшего члена, двух асессоров, войскового контролера и разделялось на три «экспедиции»: хозяйственную, гражданскую и контрольную.

Старший член правления назначался из регулярных штаб-офицеров, асессоры — из казачьих офицеров, а контролер — из членов государственного контроля.

Для судебного делопроизводства при войсковом управлении находился стряпчий (юрист), который назначался министром юстиции.

В 1857–1858 годах в штатах управления Забайкальского казачьего войска были внесены изменения в сторону их увеличения.