В этих крайних обстоятельствах на первый план выдвинулся талантливый полководец Мильтиад. В конце VI в. до н. э. он был правителем Херсонеса Фракийского, часто сталкивался с персами и хорошо знал особенности персидской военной организации, ее сильные и слабые стороны. В 490 г. до н. э. Мильтиад был одним из стратегов и предложил план ведения военных действий, который в конечном итоге привел афинян к победе. Мильтиад хотел опередить персов и навязать им свою наступательную тактику. Он убедил своих коллег стратегов не отсиживаться в слабо укрепленных Афинах, а вести все войско к Марафону и дать там решительное сражение. 12 сентября 490 г. до н. э. состоялась знаменитая Марафонская битва, вошедшая в историю античного военного искусства.

На Марафонской равнине столкнулись две различные системы военной организации: древнегреческая фаланга, состоящая из строя тяжеловооруженных пехотинцев — гоплитов, и рассыпной строй персов. Лучшими в персидской армии были прославленная конница и умелые лучники.

Используя особенности местности, Мильтиад построил фалангу (всего 11 тыс. человек) не так, как это обычно делалось у греков, по 1000–1200 воинов по фронту и в 8 шеренг в глубину, а растянул ее за счет уменьшения плотности рядов в центре так, чтобы фланги упирались в соседние холмы, что предохраняло греков от окружения и атаки персидской конницы. Для придания большей маневренности фаланга была разбита на три части: левый фланг, центр и правый фланг, которые могли действовать самостоятельно.

Для того чтобы нейтрализовать действия персидских стрелков, последние 100 м до сближения с противником греки пробежали бегом. Битва развивалась по предложенному полководцем плану: персидская конница не могла обойти греческие фланги и практически мало участвовала в битве. Во время боя персам удалось потеснить ослабленный центр афинян, зато на флангах греки, опрокинув персов, развернулись и ударили по центру. Победа была полной, на поле боя осталось свыше 6 тыс. воинов противника, афиняне потеряли 192 гоплита.

Сразу же после битвы в город Афины был направлен скороход с радостной вестью о долгожданной победе. Он прибежал на агору и с возгласом «Победа!» замертво рухнул на землю. В память об этом эпизоде на Олимпийских играх была установлена марафонская дистанция в 42 км 192 м — расстояние от места сражения до афинской агоры.

Используя пребывание всего афинского войска вдали от Афин, персы сделали попытку овладеть безоружным городом с моря, переправив воинов на судах, но Мильтиад предвидел и этот ход. Сразу же после победы при Марафоне афинское войско форсированным маршем вернулось в Афины до прибытия туда персидского флота. Персидская эскадра постояла на рейде некоторое время и, понимая бесперспективность осады, ушла к берегам Малой Азии. Таким образом, и это нападение персов на Балканскую Грецию закончилось полным провалом.

Победа афинян при Марафоне имела огромное морально — политическое значение. Она показала превосходство греческой военной организации, силу небольших греческих полисов. Прославленная персидская армия, к тому же располагавшая почти двойным перевесом в силах, была наголову разбита гражданским ополчением. Персидскому царю стало ясно, что завоевание Эллады потребует мобилизации огромных средств, большого напряжения всех сил Персидского государства.

Дарий I, понимая, что его военно-политическому престижу нанесен сильный удар, с удвоенной энергией начал приготовления к новому вторжению в Грецию. Однако его смерть в 486 г. до н. э., а затем вспыхнувшие восстания в Вавилонии и Египте помешали новому царю, сыну Дария, Ксерксу завершить эти приготовления. Но, восстановив относительное спокойствие в своей обширной державе к 483 г. до н. э., Ксеркс энергично приступил к прямой военной и дипломатической подготовке решающего похода на Грецию. Со всех концов империи стягивались воинские контингенты в Малую Азию, строился флот, заготавливались снаряжение, продовольствие и припасы. Поскольку транспортировка огромной армии, прямым путем, через Эгейское море, была невозможной, утвердили «маршрут Мардония» — более длинный, но надежный обходной путь вдоль северного побережья Эгейского моря. Здесь на покоренных еще Мардонием землях, включая признавшую персидский протекторат Македонию, строились склады для снабжения великой армии. Чтобы обезопасить себя от случайностей плавания вдоль Афонского мыса, изобилующего водоворотами и рифами (именно здесь погиб большой персидский флот в 492 г. до н. э.), у основания полуострова Акте был прорыт 2–километровый канал для прохода судов.

Была проведена тщательная дипломатическая подготовка похода. Не жалея золота для подкупа, персы добились поддержки со стороны ряда аристократических полисов Фессалии, Беотии. Аргос заявил о своем нейтралитете, что было выгодно персам. Чтобы предупредить возможную помощь со стороны полисов Великой Греции, Ксеркс договорился с Карфагеном об активизации военных действий в Сицилии, которые сковали силы западных греков.

К 481 г. до н. э. приготовления были закончены, огромная персидская армия, насчитывающая не менее 150–200 тыс. человек (Геродот, сильно преувеличивая силы персов, называет фантастическую цифру в 5,28 млн. человек), мощный флот в 1200 судов разного класса были готовы к вторжению. Придавая особое значение кампании, эту самую большую армию древности возглавил сам царь царей Ксеркс. Страшная, смертельная угроза нависла над Элладой.

В Греции тоже готовились к войне, добиваясь военно-политического единства многочисленных и часто враждующих между собой полисов и консолидации внутри самих полисов, с одной стороны, и изгнания проперсидских элементов и различных оппозиционных сил — с другой. Естественно, наращивалась военная мощь каждого полиса, разрабатывались различные планы отражения персидской агрессии.

К 481 г. до н. э. в Балканской Греции удалось прекратить междоусобицы и на конгрессе в Коринфе был заключен военный союз 31 полиса Греции. Объединялись вооруженные силы и флот, выставляемые в максимальном количестве, во главе объединенной армии и флота были поставлены спартанские цари как самые опытные военачальники.

Лучше всего в источниках отражена политическая жизнь Афин того времени. Афины были непримиримым врагом персов, а персидские цари вели подготовку к вторжению в Элладу под предлогом мести именно Афинам. После марафонской победы афиняне приняли решительные меры для борьбы с проперсидскими элементами, прежде всего сторонниками изгнанного тирана Гиппия, ближайшего советника персов в Марафонском сражении. Используя введенную Клисфеном процедуру остракизма, афиняне изгнали наиболее влиятельных сторонников Писистратидов (Гиппарха, сына Харма, и Мегакла, сына Гиппократа). По вопросам укрепления военного могущества Афин в Народном собрании разгорелась борьба между сторонниками политической группировки во главе с Фемистоклом и другой, возглавляемой участником марафонского сражения Аристидом. Фемистокл призывал к усилению морского могущества Афин. Он выдвинул программу строительства сильного военно-морского флота в составе 200 самых быстроходных судов — триер, расширения афинской гавани, сооружения портовых зданий и постоянных тренировок судовых экипажей. Реализация морской программы Фемистокла предполагала проведение наступательных действий и активной внешней политики афинского государства. Для выполнения этой программы предполагалось использовать доходы с Лаврийских серебряных рудников, увеличив их путем более активной эксплуатации рудников. Программа Фемистокла имела не только военный, но и политический аспект. Ее реализация поднимала политическую роль низших слоев афинского гражданства, представителей четвертого имущественного разрада по солоновскому сословному делению — фетов. Феты не имели средств на приобретение дорогого гоплитского снаряжения и могли служить главным образом во флоте. Вот почему программа Фемистокла встретила возражения со стороны зажиточных слоев афинских землевладельцев, интересы которых представлял Аристид. Он стремился к укреплению гоплитского войска, строительству оборонительных укреплений вокруг Афин и проведению более пассивной внешней политики.