Сразу же по возвращении перед Александром встала сложная задача по организации управления огромной державой, которая возникла в результате завоеваний. Мероприятия, проведенные Александром за тот недолгий срок, который ему еще оставалось жить (немногим более года), вся его политика несут на себе черты определенной двойственности. Александр действовал как владыка огромной многонациональной державы, центром которой он сделал Вавилон. Он стремился как-то укрепить единство государства, сгладить противоречия между завоевателями и побежденными. Отсюда — так называемая политика «слияния народов», которая нашла наиболее яркое выражение в свадьбе в Сузах, когда в один день пышно отпраздновали бракосочетание 10 тыс. воинов — греков и македонян — с местными девушками. Сам Александр женился на старшей дочери Дария, Гефестион — на его младшей дочери; женами ближайших сподвижников царя — Кратера, Пердикки, Птолемея, Эвмена, Неарха, Селевка — стали дочери придворных Дария и его сатрапов. Все новобрачные получили от Александра богатое приданое. Александр привлекал местную знать к управлению государством. Эти и ряд других фактов позволили некоторым ученым говорить об Александре как провозвестнике «братства народов». Однако его деятельность свидетельствует о другом — о стремлении расширить свою социальную базу, слить воедино персов и македонян, особенно их знать, создав своего рода «господствующий народ», верную опору власти и орудие угнетения и эксплуатации других народов. Кроме того, поскольку македонская монархия сохраняла еще отдельные пережитки эпохи военной демократии (роль общего собрания воинов), Александр, объединяя македонян с персами, тем самым низводил и их до уровня подданных.

В этой политике разрыва со старыми македонскими традициями препятствием для Александра стала его собственная армия, до сих пор представлявшая основную опору его власти. Поэтому Александр стремится изменить ее характер, включив в нее 30 тыс. юношей, которые еще во время похода мальчиками были отобраны из местного населения и обучены греческой грамоте и умению обращаться с македонским вооружением. С этой целью, а также заботясь о подъеме боеспособности войска, царь велит отправить по домам воинов, «не годных к военной службе по старости и увечьям». Приказ вызвал настоящий бунт, в котором приняли участие и другие македоняне, но Александр круто расправился с зачинщиками и в результате 10 тыс. македонян были отправлены по домам. Он проводит и некоторые другие реформы в армии, включая в нее новые контингенты из местных племен, но теперь уже соединяя македонян и персов внутри отдельных подразделений.

Вместе с тем греки и македоняне оставались народами — завоевателями. Когда по возвращении Александру пришлось сместить многих сатрапов, которые во время походов в Среднюю Азию, считая маловероятным, что он вернется, почувствовали себя независимыми, то во всех важнейших областях сатрапами были назначены македоняне и греки.

Александр по существу мало изменил прежнюю административную систему Ахеменидов: сочетание сатрапий и зависимых государств. Правда, боясь сепаратизма сатрапов, он ограничил их власть гражданскими делами, поставив наряду с ними военных комендантов, подчиненных непосредственно ему самому.

Среди других мероприятий Александра в политической области особое место занимает указ 324 г. до н. э. о возвращении в греческие города всех изгнанников и восстановлении их в правах собственности. Отношения Александра с греками Балкан формально регулировались статьями соглашения о Коринфском союзе. Указ 324 г. до н. э. противоречил принципам невмешательства во внутренние дела полисов, предусмотренным этим соглашением. Изменения, которые произошли в характере власти Александра во время похода, сделали Коринфский союз ненужным, и если раньше Александр интерпретировал его принципы так, как ему это было нужно, то теперь он просто игнорирует этот союз, поручая Антипатру в случае необходимости применить против ослушавшихся полисов военную силу.

С греками связано еще одно мероприятие Александра — это насильственное обожествление его личности. Неясность свидетельств источников не позволяет решить, Александр ли потребовал своего включения в число олимпийских богов в качестве тринадцатого божества или греки сами пошли навстречу его желанию. Во всяком случае несомненно, что обожествление Александра шло в общем русле его политики и должно было освятить его власть.

В организации управления и эксплуатации местного населения немаловажная роль принадлежала вновь основанным городам. Проблема колонизации, вопрос о том, сколько именно городов основал Александр и с какой целью, вызвали оживленную дискуссию среди ученых нового времени. Согласно Плутарху, Александр основал 70 городов, но цифра эта справедливо подвергается сомнению. Сопоставление литературной традиции с данными археологии позволяет говорить примерно о 30 городах, важнейшие из которых — Александрия в Египте, Александрия Ариана (Герат), Александрия Арахозия (Кандагар). Почти все города были основаны на востоке империи, в Иране, Средней Азии и Индии. В историографии существует тенденция рассматривать эту политику Александра как стремление принести на отсталый Восток более высокую городскую культуру эллинов. Однако города в перечисленных землях существовали уже давно, а кроме того, Александр, основывая новые города, преследовал прежде всего военные цели, видя в них опорные пункты своей власти. Поэтому города и строились главным образом там, где сопротивление оказывалось наиболее сильным. Та цель, которую преследовал Александр при основании городов, соответствовала общим тенденциям его политики — города не были полисами со свойственными им органами самоуправления, состав их населения был смешанным. Это были подданные царя, поставленные под контроль его уполномоченных.

Что касается социально-экономических отношений, то война, сопровождавшаяся продажей в рабство огромных масс населения, несомненно, способствовала распространению рабства в его классической форме, а массовая чеканка монет из колоссальных сокровищ персидских царей стимулировала развитие товарно-денежных отношений.

Александр не успокоился на достигнутых успехах. Трудно сказать, насколько достоверны сохранившиеся у Диодора свидетельства о дальнейших планах Александра: походе против Карфагена, завоевании Италии и Сицилии, экспедиции к Геракловым столбам (совр. Гибралтар). Но жажда деятельности не оставляла его. Восточный поход во многом расширил географические знания, новый морской путь открыло плавание Неарха из устьев Инда по Индийскому океану и Персидскому заливу. Но этих знаний было теперь мало. Александр посылает экспедицию для выяснения, с каким морем соединяется Каспий — с Понтом Эвксинским или с Великим океаном. Он думал о заселении побережья Персидского залива и послал три экспедиции для изучения аравийского побережья и пути вдоль Аравийского полуострова к Египту. Александр готовился к походу в Аравию, отовсюду прибывали суда, строился новый флот, стекались войска, но в разгар приготовлений он умер, заболев лихорадкой (или, по другой версии, был отравлен), не дожив до 33 лет.

Грандиозность походов Александра, открывших грекам новые земли, масштабы его завоеваний произвели на современников огромное впечатление и в течение многих веков продолжали волновать умы и сердца людей. Александр становится героем не только исторических, но и литературных произведений. В античной историографии сложилось три основных направления в оценке деятельности Александра: апологетическое, сторонники которого превозносили подвиги и доблести Александра, его благородство, великодушие и другие добродетели; негативное, последователи которого видели в Александре тирана, восточного деспота, жестокого и несправедливого; третье направление связывают с философской школой перипатетиков (учеников Аристотеля), которые положительно оценивают деятельность Александра в первые годы, когда он следовал советам своего учителя, но пишут о порче нрава царя по мере роста его власти (переломным моментом они считают казнь Каллисфена). Уже в эллинистическую эпоху в Египте возникает чисто литературная традиция, мало связанная с реальной деятельностью Александра, — роман Псевдокаллисфена. Он приобретает огромную популярность, известно более 80 вариантов этого романа на 24 языках. Образ Александра вплетается в фольклор самых различных народов — Средней Азии и Китая, Исландии и Индии, он претерпевает фантастические изменения в легендах и сказаниях Запада и Востока. Низами, Навои и Фирдоуси сделали Александра героем своих поэм, литературные произведения об Александре создаются в Европе.