Однако подлинно «революционным» изменением явилась не смена на ливонской ландмейстерской печати одного религиозного сюжета на другой, а появление на ней родового герба ливонского ландмейстера. Этот шаг был прямым вызовом Уставу Тевтонского Ордена и самому Верховному Магистру в Мариенбурге, на чьих печатях (как на большой, так и на малой) личный (родовой) герб отсутствовал до конца XV в. Впервые родовой герб Верховного Магистра Тевтонского Ордена на орденской печати появился только при гохмейстере Фридрихе (сыне герцога Саксонского), стоявшего во главе Немецкого Ордена в 1497-1510 гг. Вплоть до его избрания Верховный Магистр избирался из числа «орденских братьев». Но к концу XV в. положение тевтонского орденского государства в Пруссии крайне осложнилось. После поражения, нанесенного Ордену объединенным польско-литовским войском в 1410 г. при Танненберге, Польское королевство значительно урезало территорию орденского государства. Внутриорденские противоречия доходили до военных столкновений. Против Ордена восстали его же собственные вассалы и подданные, объединившиеся в «Союз ящериц», а затем – «Прусский союз», и призвавшие на помощь польского короля. Вследствие христианизации Литвы приток новых рыцарей в Орден и добровольцев-крестоносцев резко сократился. Необходимость выплаты огромной контрибуции полякам и жалованья наемникам, которыми приходилось пополнять недостаток собственных воинов, ухудшили финансовое положение Ордена и вынудили его повысить налоги с подчиненных ему городов (Данцига, Кульма и др.), что, в свою очередь, вызвало их недовольство, вылившееся в нескончаемую цепь мятежей и вооруженных восстаний. В столь тяжелой ситуации высшие орденские чины решили, в нарушение традиции, избрать в Верховные Магистры не своего «брата-рыцаря», а «варяга» - знатного князя Германской Империи (в надежде получить военную и материальную помощь от последней, по принципу «Европа нам поможет»). Никакой действенной помощи Тевтонский Орден от Империи не получил, но прецедент введения родовых гербов в состав должностной печати состоялся. Избранный после Фридриха Саксонского Верховный Магистр Альбрехт фон Бранденбург-Ансбах (также до своего избрания в Ордене не состоявший и приглашенный тевтонами «со стороны») поддержал эту традицию и, подобно своему саксонскому предшественнику, ввел в гохмейстерскую печать свои родовые эмблемы. Ослаблениенм центральной орденской власти, кстати, не преминули воспользоваться и магистры Германии (дейчмейстеры), хотя родовой герб появился на их печатях позднее, при дейчмейстере Ульрихе фон Лентерсгейме, в 1464 г. (но, в отличие от печатей ливонских ландмейстеров, на печатях дейчмейстеров чеканилась не только должность, но и имя немецкого магистра, чего в Ливонии не практиковалась до самой ликвидации тамошнего отделения Тевтонского Ордена).
Как уже неоднократно говорилось выше, отношения между «ливонской провинцией» и «метрополией» Тевтонского Ордена были далеко не ровными. В XIII в., когда новый тевтонский филиал в Ливонии только делал первые шаги, нуждаясь в постоянной помощи и подпитке из Пруссии, ливонский ландмейстер безоговорочно подчинялся Верховному Магистру и беспрекословно выполнял все его указания. Нередко «земельный магистр» из Ливонии переводился на такую же должность в Пруссию и наоборот, как это было с Дитрихом фон Гренингеном (Грюнингеном) или Конрадом фон Фейхтвангеном. Известны даже случаи избрания ливонского ландмейстера Верховным Магистром (Анно фон Зангерсгаузен в 1256 или тот же Конрад фон Фейхтванген в 1291 г.). Мало того – в 80-е гг. XIII в. была даже предпринята попытка объединить в одних руках управление прусской и ливонской провинциями Тевтонского Ордена (тогда, в частности, прусский ландмейстер Мангольд одновременно исполнял обязанности ливонского вице-магистра), но она оказалась неудачной. Специфика задач, стоявших перед различными отделениями Тевтонского Ордена, да и географическая изолированность этих двух отделений друг от друга - между владениями прусского и ливонского ландмейстеров лежала литовская область Самогития (по-польски: Жмудь, по-литовски: Жемайте), которую тевтонам так и не удалось своевременно окрестить! - оказались на поверку негативными геополитическими факторами непреодолимой силы. В XIV в рамках самого ливонского отделения Тевтонского Ордена разгорелась неприкрытая борьба между сторонниками т.н. «рейнландской» партии (ориентировавшимися на Верховного Магистра в Пруссии и его «франконцев») и «вестфальской» партией, стремившейся к проведению ливонским филиалом Ордена независимой или, по крайней мере, самостоятельной политики, в духе традиций гладиферов. Поначалу влияние орденской «метрополии» было преобладающим, и Верховному Магистру удавалось держать ливонский филиал своего Ордена под контролем. Это выражалось, в частности, в том, что до конца XIV в. все ключевые орденские должности в Ливонии занимали преимущественно представители партии «рейнландцев». Однако в начале следующего столетия партия «вестфальцев» перешла в контрнаступление и стала вытеснять «рейнландцев» с важнейших постов. Особенно заметным этот процесс стал после разгрома войска Тевтонского Ордена поляками и литовцами в битве под Танненбергом (по-польски: Грунвальдом, по-русски: Грюнвальдом, по-литовски: Жальгирисом) 15 июля 1410 г. Интересно, что ливонский филиал Тевтонского Ордена в этой битве не участвовал, поскольку имел с литовским князем Витовтом двусторонний договор о ненападении (!). И это при том, что на стороне Тевтонского Ордена при Танненберге сражались, кроме прусских вассалов Ордена и рыцарей-добровольцев из Австрии, Баварии, Вестфалии, Фризии и Швабии, французские крестоносцы – в частности, нормандский рыцарь Жан де Ферьер, сын сеньора де Вьевиль и сеньор Дюбуа д Аннекэн из Пикардии, крестоносцы из Чехии и Венгрии (в том числе палатин Миклош Гарай), трансильванский воевода Стибор и даже два польских князя – Казимир Щециньский и Конрад Олесницкий! Лишь в конце сентября 1410 г. орденское войско из Ливонии пришло на помощь своим прусским «старшим братьям», оказав им содействие в снятии польско-литовской осады с орденской столицы Мариенбурга и постепенном, путем непрямых действий, вытеснении польско-литовских войск из Пруссии! Кстати, и до злополучного 1410 г. ливонские контингенты «марианцев», если и участвовали в общеорденских военных кампаниях, всегда выступали отдельными отрядами и под своим собственным знаменем.
Весь XV в. был ознаменован закатом могущества Тевтонского Ордена, вызванным как военными поражениями, так и вышеупомянутыми внутренними конфликтами. Диктат прусской «метрополии» над орденской Ливонией поневоле становился все слабее. «Дом Пресвятой Марии Тевтонской в Ливонии» чувствовал себя все более самостоятельным от Верховных Магистров. Первый шаг к полной независимости был сделан ливонскими «братьями-рыцарями» в 1438 г., когда они впервые сами избрали себе магистра (хотя ливонские магистры по-прежнему должны были ездить в Пруссию «на поклон» к Верховному Магистру, который утверждал их в должности). К середине XV в. уже около 60% орденских рыцарей в Ливонии являлись выходцами из Вестфалии и только 30% - выходцами из Рейнской области. Следующим шагом Ливонской провинции Тевтонского Ордена к независимости стала смена ландмейстерской печати. В 1451 г. в ливонском филиале была введена новая «Большая печать». В ее верхней части было по-прежнему изображено бегство Святого Семейства в Египет, а в нижней 2 щита - один щит с тевтонским крестом, а другой – с родовым гербом ландмейстера Иоганна фон Менгеде, предка известного лифляндского рода фон Менгден (2 красные полосы на серебряном поле). Произошли изменения и в наименовании должности владельца печати. Отныне ни именовался уже не «коммендатором», как раньше, а «магистром Ливонии» (Sigillum Magistri Livonie=Печать Магистра Ливонии), хотя его конкретное имя по-прежнему не было указано (в отличие от печатей дейчмейстеров).
С тех пор на «Больших печатях» ливонских ландмейстеров изображались родовые гербы практически всех ливонских магистров, включая последнего из них – Готтгарда Кетлера (Кеттелера), родовым гербом которого служил «котельный крюк» и который, в ходе Ливонской войны, преобразовал остатки вверенных ему орденских владений в светское герцогство Курляндское.