Родился в г. Зарайске Рязанской губернии (ныне Московской области) в семье служащего. Русский. В 1919 г. записался в Красную Армию. Участник Гражданской войны. Демобилизовавшись из Красной Армии, работал токарем механической мастерской Зарайской прядильно-ткацкой фабрики «Красный Восток». В 1920 — 1923 гг. на комсомольской и партийной работе в Зарайске: секретарь укома комсомола, секретарь фабричной парторганизации. В 1926 г. окончил МГУ, в 1932 г. Институт красной профессуры. Учился одновременно с Д. Т. Шепиловым, был его другом, знал его родителей и братьев. В 1926 — 1928 гг. член, затем заместитель руководителя пропагандистской группы ЦК партии в Туркмении и Донбассе, позднее на преподавательской работе в вузах. В 1932 — 1934 гг. заместитель директора Историко-партийного института красной профессуры, в 1934 — 1937 гг. директор Института истории ВКП(б) при Московском комитете партии. С 1937 г. по 1943 г. работал в аппарате Исполкома Коминтерна: политреферент, помощник Георгия Димитрова, который, судя по его дневниковым записям, Б. Н. Пономарева особенно не жаловал. Занимался организацией коммунистических движений сопротивления. В 1937 г. на имя первого секретаря МГК и МК ВКП(б) Н. С. Хрущева поступил донос от секретаря парткома одного из коломенских заводов Х. Э. Рубинчика: «Считаю необходимым сообщить Московскому комитету, что мне известно об очень близких и трогательных, дружеских отношениях, которые были у ныне разоблаченного Горбульского с членом ВКП(б) Пономаревым, который сейчас работает в аппарате Исполкома Коминтерна. Горбульский у Пономарева во время пребывания в Москве дневал и ночевал, приезжал несколько раз в Воскресенск. Не знаю, сообщал ли об этом Пономарев своей парторганизации» (ЦАОДМ. Ф. 570. Оп. 1. Д. 11. Л. 116). Через несколько дней доносчик стал секретарем Коломенского райкома вместо разоблаченного Горбульского. Будущий академик Б. Н. Пономарев по счастливой случайности не пострадал. В 1943 — 1944 гг. заместитель директора Института Маркса — Энгельса — Ленина при ЦК ВКП(б). С 1944 г. по 1946 г. заместитель заведующего Отделом международной информации ЦК ВКП(б). В 1947 — 1949 гг. первый заместитель начальника, начальник Совинформбюро при Совете Министров СССР. С 1948 г. первый заместитель заведующего Отделом по связям с коммунистическими и рабочими партиями зарубежных стран (Внешнеполитической комиссии ЦК КПСС). После смерти И. В. Сталина решительно стал на сторону Н. С. Хрущева. С 1955 г. возглавил Отдел ЦК КПСС по связям с коммунистическими и рабочими партиями зарубежных стран. В 1956 г. в его кабинете М. Ракоши печатал документ — просьбу о вводе советских войск в Будапешт. На июньском (1957 г.) Пленуме ЦК КПСС обратился в президиум Пленума с письменным заявлением об осуждении «антипартийной группы» Г. М. Маленкова, В. М. Молотова, Л. М. Кагановича и др., требовал их сурового наказания. В 1961 — 1986 гг. секретарь ЦК КПСС. На ХХII съезде КПСС (октябрь 1961 г.), обличая В. М. Молотова, привел цитату из его статьи, написанной в апреле 1957 г.: «Мы знаем, что отдельные ошибки, и иногда тяжелые ошибки, неизбежны при решении столь больших и сложных исторических задач. Нет и не может быть гарантии на этот счет ни у кого». Назвал эти слова попыткой подвести своего рода «теоретическую» базу для оправдания ошибок и беззаконий, которые были допущены в период культа И. В. Сталина: «Другими словами, Молотов пытался доказать: ‘‘Так было при культе личности, так будет и впредь’’. Но партия, ее Центральный Комитет сказали: нет, так не должно быть и так никогда больше не будет!» (ХХII съезд Коммунистической партии Советского Союза. Стенографический отчет. Т. 2. М., 1962. С. 224). Потребовал исключения из партии всех участников «антипартийной группы» во главе с В. М. Молотовым. Весной 1965 г., находясь в «подвешенном» состоянии, руководил группой по подготовке доклада Л. И. Брежнева на Пленуме ЦК, первом после его избрания Первым секретарем ЦК КПСС. Доклад Л. И. Брежневу не понравился, и он высказал мнение, не лучше ли отменить Пленум. Вся группа пребывала в смятении, но руководитель сказал, что ничего экстраординарного не случилось, и предстоит за день-два написать новый доклад.  Под его редакцией осуществлялось первое обнародование новых работ классиков марксизма-ленинизма, выходили многочисленные издания официального учебника «История КПСС», переработанные и дополненные с появлением каждого нового вождя. Его предшественником в этом деле был И. В. Сталин, автор и редактор «Краткого курса истории ВКП(б)». Б. Н. Пономарев — автор книг по истории международного коммунистического и рабочего движения. Инициатор создания международного журнала коммунистических и рабочих партий «Проблемы мира и социализма», в редакции которого в Праге работало немало будущих ниспровергателей социализма в СССР в эпоху М. С. Горбачева. В 1962 г. был избран действительным членом АН СССР. Руководил аппаратом Конституционной комиссии и практически всей подготовкой «брежневской» Конституции СССР 1977 г. 15.11.1972 г. дипломатично ушел с заседания Секретариата ЦК, обсуждавшего опубликованную в «Литературной газете» статью «Против антиисторизма» первого заместителя заведующего Отделом пропаганды ЦК КПСС А. Н. Яковлева. 29.06.1979 г. по решению Политбюро ЦК КПСС был направлен в Афганистан для стабилизации обстановки и урегулирования отношений между афганскими лидерами Тараки и Амином. Отличался автоматическим послушанием директивам «сверху», безусловным согласием с мнением руководства и непротивлением ему в любом случае. Л. И. Брежнев, Ю. В. Андропов его не любили, но терпели, считаясь с профессионализмом. Был протеже М. А. Суслова, который держал его в строгости. Разговаривал с М. А. Сусловым по телефону почтительно, не без волнения. Обладал очень сильной памятью, остававшейся ясной до последних дней. 11.03.1985 г. на заседании Политбюро, обсуждавшем вопрос об избрании Генерального секретаря ЦК КПСС, поддержал названную А. А. Громыко кандидатуру М. С. Горбачева: «Я лично убедился, что он глубоко владеет марксистско-ленинской теорией, умеет разбираться в самых сложных программных вопросах. Активную позицию М. С. Горбачев занимает в беседах с деятелями коммунистических и рабочих партий зарубежных стран. Такое умение работать с иностранными представителями исключительно важно для Генерального секретаря ЦК. Поэтому мы все искренне желаем успехов Михаилу Сергеевичу Горбачеву на новом важном и ответственном посту, а каждый из нас будет активно ему помогать» (ЦХСД. Ф. 89. Коллекция рассекреченных документов). По мнению бывшего заместителя заведующего Международным отделом ЦК КПСС К. Н. Брутенца, ему был присущ узкий, нередко жестко догматический взгляд на вещи. В многочисленных публичных выступлениях никогда не рисковал выйти за пределы уже сказанного и одобренного, высушивал и обесцвечивал готовившиеся для него тексты. Своеобразие им придавал прием, который его спичрайтеры называли «пономаризацией»: группировка нескольких тезисов, каждый из которых начинался с абзаца, открывавшегося знаком тире. Эти тире составляли всякий раз, по ироническому определению сотрудника отдела А. С. Черняева, много потрудившегося на данной ниве, «учение Пономарева». Первой реакцией на любое крупное событие часто было: «Надо написать статью». Был человеком скучной лексики, но неожиданно мог произнести яркую речь. В отношениях с зарубежными компартиями придерживался коминтерновских традиций, главной из которых было положение о КПСС как непогрешимой руководящей силе, партии-отца. В начале 1986 г. подготовил проект международного раздела для Отчетного доклада ЦК ХХVII съезду КПСС. Когда редакционная комиссия обратила его внимание на то, что проект составлен по старым образцам без попыток отобразить новый подход или элементы нового мышления, возмущенно заявил: «Какое еще новое мышление? У нас правильное мышление. Пусть американцы меняют свое мышление. То, что говорит Горбачев за границей, так это только для них, для Запада!» (Добрынин А. Ф. Сугубо доверительно. М., 1996. С. 612). К слабостям своих сотрудников относился снисходительно, в поездках вел себя запросто, охотно участвовал в общих увеселениях, даже выступал запевалой. Тем не менее умел держать подчиненных на почтительном расстоянии. Депутат Верховного Совета СССР 5 — 11-го созывов. Герой Социалистического Труда (1975). Лауреат Ленинской премии (1982). Академик АН СССР (1962). С 1986 г. пенсионер союзного значения. Уйдя на заслуженный отдых, каждый день приезжал в ЦК, где по его просьбе ему выделили кабинет в Международном отделе. Помещение отстоял у новых властей и после роспуска КПСС в 1991 г. Носил небольшие чаплинские усики и неизменную, иногда соломенную, шляпу. Типичным выражением удивления или негодования была фраза: «Уму непостижимо». Любимая поговорка: «Кошку бьют, чтобы невестка понимала». Похоронен на Кунцевском кладбище в Москве.