После распада Парижского общества Месмер покинул столицу Франции и принялся путешествовать, начав с посещения новых провинциальных Обществ Гармонии. Неизвестно, сколько обществ он в результате посетил, в Европе к тому времени они существовали в Лионе, Страсбурге, Меце, Байонне, Монтпеллье, Дижоне, Нанте, Марселе, Бордо, Лозанне, Нанси, Остенде и Турине. Вне Европы месмеристы объединились только в одном месте — в колонии Санто Доминго. После смертельного удара, нанесенного отчетами комиссий, месмеризм мог спокойно существовать и даже процветать только в провинциях, а никак не в столицах.
Это очень смутный период жизни Месмера. Книга «Последняя зима Месмера» Пера Олофа Энквиста представляет собой вымышленное повествование о жизни великого магнетизера после Парижа и о его скитаниях по Германии. Относительно того, что делал Месмер в это время, можно придумывать какие угодно небылицы, поскольку на самом деле не известно почти ничего. В книге Энквиста Месмер (или Мейснер, как он себя называет) — грубый, недобросовестный и эгоистичный шарлатан, способный пойти даже на убийство, если оно потребуется для достижения цели, к тому же неравнодушный к пациенткам. Эти его качества вступают в противоречие с законом и порядком, комфортом и благополучием, благоразумием и наукой. Однако, несмотря на все отрицательные черты, Месмер и в книге остается одаренным целителем, умеющим справляться с истерией и психосоматическими болезнями во времена неразвитой еще психологии.
Если оставить в стороне беллетристику, то о Месмере доподлинно известно только то, что он попытался свернуть финансовые дела в Париже и вложить большую часть своего богатства во французские государственные облигации. Никто не знает, куда именно он ездил, слухи о его будто бы длительном пребывании в Англии, скорей всего, являются вымыслом. К началу революции он был за границей или, по крайней мере, не в Париже. Возможно, вследствие того, что большая часть его пациентов и последователей были аристократами — хотя на гильотину попали и последователи, такие как Бергассе и д’Эпремесниль, и противники, включая Байи и Лавуазье — он счел благоразумным держаться подальше от Парижа; кратковременный визит последовал лишь в 1792 году между посещениями Вены в 1791 и 1793 годах. Он также провел какое-то время в Германии у своего издателя Мишеля Макло в Карлсруэ в Бадене. В 1793 году при попытке вернуться в Вену он был задержан по частично сфабрикованному политическому обвинению. Во время какого-то разговора он зачем-то постарался провести различия между экстремизмом якобинцев и оправданной борьбой за свободу жирондистов. Тогда как в Вене начала 90-х годов XVIII в. политкорректными считались те, кто одинаково яростно проклинал всех французских революционеров, независимо от их оттенка или цвета. В самом деле, король и королева Франции были только что обезглавлены, и все королевские фамилии в Европе чувствовали себя весьма неспокойно. Таким образом, Месмеру приписали радикализм и отправили на два месяца в тюрьму. После освобождения 18 декабря 1793 года он, по всей видимости, отправился в Швейцарию, где несколько лет прожил в Фрауенфельде, столице кантона Тургау.
Естественно, Месмеру хотелось вернуть деньги, оставленные в Париже. В 1798 году, когда к власти пришла Директория и стало более-менее безопасно, он вернулся во Францию в надежде хоть как-то компенсировать финансовые потери, ибо государственные облигации, в которые он вложил состояние, обесценились революцией. Он тихо прожил три или четыре года в Версале и Париже, стараясь держаться подальше от животного магнетизма. В 1799 году вышла его книга «Мемуары Ф.А. Месмера, доктора медицины, касающиеся его открытия». В том же году он направил министру науки и культуры Швейцарии, почетным гражданином которой стал в 1798 году, предложение по устройству постоянной клиники. Повторилась все та же старая история. Министр написал ему: «Ваши труды по животному магнетизму, вне всякого сомнения, подкрепляют общепринятое мнение о наличии у вас плодовитого и во всех смыслах примечательного воображения. Но, откровенно говоря, не могу скрыть от вас моего нежелания способствовать развитию физической теории, до сих пор не подкрепленной экспериментальными данными». Заверив Месмера, что это вовсе не «слепое предубеждение», он наотрез отказался поддерживать идею создания клиники на швейцарской земле.
В конце концов французское правительство пожаловало Месмеру пенсию в размере три тысячи франков в год. Этого вполне хватало на безбедное существование, но никак не компенсировало те четыреста тысяч ливров, которые он потерял. Он также жаловался на жену, будто бы растратившую все его состояние в Вене, но это совершенная неправда, ибо деньги были, в первую очередь, ее. Он вернулся на Боденское озеро и жил попеременно то во Фрауенфельде, то в Меерсбурге. Месмер вел уединенный образ жизни, пользуясь услугами экономки и пары слуг, и вряд ли был в курсе прогресса собственного детища. Он изредка принимал у себя посетителей, и один из них, доктор Иоганн Хайнрих Эгг, оставил нам весьма показательное сообщение о своем визите. В нем Эгг тепло отзывается об общительности и познаниях Месмера, о доброте, с которой тот бесплатно лечит местных пациентов, попутно автор признается, что Месмер в разговоре постоянно возвращается к одним и тем же больным для себя вопросам: собственной значимости, узколобости медицинских авторитетов, глупости современной медицины. В одном месте Эгг спрашивает, почему Месмер рекомендует брать для купания речную воду, а не ключевую, и без тени юмора Месмер отвечает, что речная вода, дескать, больше намагничена по сравнению с водой из источника, по той простой причине, что на нее светит солнце, которое он, Месмер, магнетизировал. Эгоцентризм этого человека демонстрировал также и висящий в гостиной портрет, изображающий Месмера в виде гения, празднующего победу животного магнетизма над всеми другими формами медицины.
Швейцарский министр не без оснований говорил о «плодовитом воображении» Месмера. Ибо в книге 1799 года тот впервые сообщил о применимости животного магнетизма к паранормальной деятельности. Ранее, пытаясь поставить свое учение на исключительно научную основу, Месмер всячески избегал этой области. Скорее всего, от зависти к успеху магнетизма Пюисегюра ему захотелось продемонстрировать, что он всегда знал об этой стороне вопроса. В книге он повествует о способностях месмеризованного пациента ставить диагноз своей болезни, предсказывать ее течение и, вообще, «ясновидеть», как о доказанном факте. Его объяснение состоит в следующем: в месмеризованном субъекте (равно как и в любом человеке, погруженном в сон) внешние чувства спят, однако внутренние чувства пробуждены и могут воспринимать сообщения непосредственно из космоса, который пронизан магнетическим флюидом. Магнетизированный субъект может черпать информацию из вневременной метафизической зоны и, таким образом, предсказывать события. Но даже применительно к паранормальным способностям объяснения Месмера выглядят научными и полностью материалистическими, а не оккультными: это все те же приливы и отливы магнетического флюида в человеческом теле, позволяющие пяти внешним чувствам функционировать в бодрствующем субъекте и пробуждающие внутренние чувства, когда внешние погружаются в спячку.
В 1812 году Карл Вольфарт, к своему удивлению, обнаружил, что Месмер все еще жив, и письменно попросил его прочитать лекцию в Прусской академии. Помешали этому война и естественное для старого человека нежелание путешествовать. Однако позднее Вольфарту удалось взять интервью у Месмера в домашней обстановке. Вольфарт поразился энергии старика: тот до сих пор лечил местный люд. Он прожил у Месмера месяц и привез домой в Германию последнюю его рукопись, опубликованную затем под заголовком «Месмеризм, или Система взаимовлияний; теория и практика животного магнетизма как универсального лечения, которое спасет человечество» (Автор — Фридрих (!) Антон Месмер). Наряду с основательным разбором теории и практики магнетизма Месмер рисует в этой книге утопическую картину общества, основанного на магнетических принципах, и критикует существующие законы, образование и прочее. Эта часть книги была в действительности написана гораздо раньше, в 1790-х годах, и предназначалась для французских революционеров в качестве модели перестройки общества, однако те отложили ее в долгий ящик. Основа модели та же, что и у животного магнетизма: каждое тело взаимодействует со всеми остальными телами посредством универсального магнетического флюида, и осознание этого факта должно, по мнению автора, подвигнуть людей к изменению социальных систем и образования с учетом данного взаимодействия.