По одной из версий ранней истории иоаннитов их братство возникло еще раньше, в самом начале XI в., основанное купцом Мавром из Амальфи. По этой версии, у Мавра был сын Панталеоне, сменивший его в качестве главы (ректора) иерусалимских странноприимцев, до самого взятия Иерусалима участниками I крестового похода в 1099 г. находившихся в подчинении православных Патриархов Иерусалимских (владевшие Иерусалимом мусульмане не вмешивались в местные церковные отношения, сохранившиеся неизменными со времен, когда Иерусалим принадлежал православной Восточно-Римской Империи).
Около 1048 г. монах бенедиктинского Ордена Петр Жерар (Герард) де Дорн (именуемый, впрочем, в иных источниках также «де Торн», «Тома Токе Жерар» и по-иному), выходец из Прованса, вместе с другими подвижниками основал в Иерусалиме на месте старого странноприимного дома времен аббата Проба новый госпиталь для больных паломников, освященный первоначально во имя патриарха Александрийского первых веков христианства Святого Иоанна Элеимона (Милостынедателя). Рядом вскоре появились церковь, освященная в честь Святой Марии Латинской и госпиталь при ней, на расстоянии всего лишь "одного броска камня от Гроба Господня". В нем было два отдельных здания: для мужчин и для женщин. В церкви служили монахи-бенедиктинцы. Постепенно День рождества Иоанна Крестителя, как бы «вытеснившего» первого покровителя госпитальеров – Иоанна Милостынедателя - становится у них особо чтимым праздником, а за монахами-госпитальерами вскоре закрепляется еще одно имя — “иоаннитов”.
Пример Герарда и его товарищей вдохновил многих современников, которые с радостью приняли на себя монашеские обеты безбрачия, нестяжания и послушания, и дали клятву “бедных братьев госпиталя Святого Иоанна”: “служить рабами и слугами своим господам и повелителям, каковыми являются все слабые и больные”. Одеянием госпитальерам-иоаннитам служили черные рясы монахов-бенедиктинцев.
С началом Крестовых походов (1096 — 1291 гг.) значение братства госпиталя Святого Иоанна оказалось поистине трудно переоценить. Больные и раненые прибывали в огромных количествах, и все они требовали лечения, ухода, а нередко и христианского погребения.
По старинной легенде, в ходе I Крестового похода (1096-1099 гг.) Герард де Дорн оказался в стане сарацин, в осажденном крестоносцами Иерусалиме. Насильно призванный мусульманами вместе с другими иерусалимскими христианами к обороне Святого Града от крестоносцев на крепостные стены, Герард бросал на головы крестоносцам не камни, как повелевали иноверцы, а свежевыпеченные хлебы, в которых очень нуждались осаждающие, ибо после длительной осады города в рядах крестоносцев начались голод и болезни. Узнав об этом, сарацины взяли Петра Герарда под стражу и привели к мусульманскому правителю Иерусалима. Герарда неминуемо ожидала жестокая казнь, но вдруг, на глазах у правителя и других мусульманских чиновников, хлеб в руках Герарда превратился в камень такой же величины. Герард был помилован, а 15 июля 1099 г. осажденный Иерусалим пал, и войска крестоносцев под предводительством Готфрида Бульонского вступили в город. Готфрид, известный своим христианским смирением (он даже отказался от предложенной ему крестоносцами короны короля Иерусалимского, ибо счел себя недостойным носить золотой венец там, где Сам Спаситель Иисус Христос был увенчан венцом терновым), благоволил к смиренному странноприимному братству. Приняв титул «охранителя Святого Гроба», он даровал госпитальерам полную автономию, а "ректор" иоаннитов Герард, прозванный Блаженным, реорганизовал свое братство в постоянно действующий монашеский Орден, члены которого стали, в память о своих основателях-бенедиктинцах, носить черные рясы и плащи, позднее украшенные белым крестом, который с середины XVI в., когда иоанниты под натиском магометан перебрались на остров Мальту, (но не ранее того!) стали называть "мальтийским".
Существует несколько гипотез о происхождении мальтийского креста. По одной, уже упоминавшейся выше, такой крест чеканили на монетах, а во время паломничества носили на одежде граждане итальянского города Амальфи, откуда был родом Панталеон Мавр. Символически данная форма креста толкуется следующим образом: четыре конца креста символизируют четыре христианских добродетели, а восемь углов — восемь категорий «блаженных», перечисляемых в Нагорной проповеди Спасителя, или восемь христианских добродетелей. Белый крест на красном поле (после того, как иоанниты из чистых "госпитальеров", т.е. странноприимцев, превратились "по совместительству" и в военных, они в походах стали носить под черными плащами красные полукафтанья) символизирует чистоту помыслов христианина и безупречность рыцарской чести на кровавом поле войны.
В 1104 г. король Иерусалимский Балдуин I, наследовавший Готфриду Бульонскому, еще раз признал и подтвердил привилегии "Братства странноприимцев", уже как военнодуховного Ордена. А в 1107 г. он выделил Ордену госпитальеров участок земли. С этого времени рыцари-иоанниты стали приобретать земли и в европейских странах. О самом блаженном Герарде рассказывали, что он, подобно юродивому, входил на четвереньках в зал королевского совета, приближался к трону и говорил нараспев: «Я – верблюд, пришел нести на себе грехи короля. Кладите на меня королевские грехи!». Обычно король, а вслед за королем – члены его семьи и присутствовавшие на совете вельможи, вспомнив каждый о своих грехах, клали ему в таких случаях на спину перстень, золотую цепь или какую-либо иную драгоценность, памятуя, что «не оскудеет рука дающего». В 1113 г. римский папа Пасхалий II утвердил братство Госпиталя Святого Иоанна специальной буллой, взял иоаннитов под свое покровительство и обеспечил им право свободно избирать своих предстоятелей, без вмешательства каких-либо светских или церковных властей. Папа также дал госпитальерам право обращаться непосредственно к нему по всем вопросам, касающимся дел их Ордена. Таким образом, пышные празднества, устроенные современным католическим «Суверенным Орденом Святого Иоанна Иерусалимского» по всему в 1999 г. и посвященные якобы «900-летию Ордена Святого Иоанна», были приурочены к абсолютно «дутой» дате! Как мы видим, 1099 год, хотя и был годом взятия Иерусалима крестоносцами, не играл в истории Ордена как такового ровным счетом никакой роли. Единственный смысл проводившихся в 1999 г. «юбилейных» торжеств заключался в стремлении современного папского Мальтийского Ордена навязать мировой общественности совершенно ложную точку зрения, согласно которой история Ордена Святого Иоанна началась только со взятия Иерусалима «латинянами».
После смерти Герарда в 1118 г. его преемником стал французский рыцарь Раймонд де Пюи. С сентября 1120 г. он первым из предстоятелей Ордена стал именоваться уже не «ректором», а Великим Магистром (Гроссмейстером), который с тех пор избирался (и избирается) пожизненно. Как настоятель Иерусалимского госпиталя, он именовался также и приором.
Сохранив в неприкосновенности первоначальный госпиталь, как основу странноприимного братства, Раймонд де Пюи установил и первый Устав Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, в основу которого лег Устав монашеского ордена августинцев. Для обеспечения госпитальерам возможности военной защиты паломников на дорогах Святой Земли, ведущих к Иерусалиму, Орден был разделен на три класса: рыцарей, которые должны были иметь благородное происхождение и выполнять как воинские, так и сидельческие обязанности; священников-капелланов, духовно окормлявших членов ордена; оруженосцев, которые должны были обслуживать представителей первого класса. В помощь им предусматривалась категория послушников (бельцов). Поощрялось также привлечение в Орден сестер-монахинь и послушниц. Все члены братства госпитальеров были обязаны верно служить своим религиозным и духовным идеалам.
