В последние годы правления курфюрста должность герренмейстера оставалась вакантной в течение еще десяти лет, пока ее не занял Фридрих князь Вальдекский. После его смерти герренмейстерами избирались поочередно сыновья «Великого Курфюрста» от первого брака, Карл и Альбрехт Бранденбургские. С тех пор герренмейстерами Бранденбургского бальяжа по сей день становятся исключительно принцы дома Гогенцоллернов. Фридрих Ш, большой любитель роскоши, специально разработал пышный церемониал введения герренмейстеров в должность. Сделавшись в 1701 году первым прусским королем, Фридрих сразу после коронации учредил в Кенигсберге орден Черного Орла. Первым кавалером нового прусского королевского ордена стал герренмейстер бранденбургских иоаннитов. Герренмейстер маркграф Карл в 1689 году стал шефом сформированного в 1676 году лейб-гвардейского полка курфюрстины Бранденбургской, получившего новые знамена пурпурного цвета с восьмиконечным белым иоаннитским (мальтийским) крестом, золотыми монограммами «МС» («Markgraf Carl») между лучами креста, княжеской шапкой над крестом и двумя пальмовыми ветвями по бокам креста. Основанному в 1702 году пехотному полку маркграфа Альбрехта (прусский №19) были пожалованы аналогичные красные знамена с белым иоаннитским крестом. При жизни шефа полка воротники офицерских мундиров, барабаны и обшлага музыкантов были также украшены иоаннитскими крестами. Все это лишний раз подчеркивало безоговорочное подчинение бранденбургских иоаннитов светской власти династии Гогенцоллернов и их окончательное превращение из рудиментарной структуры духовно-рыцарского братства в династический орден прусской короны.
В правление «солдатского короля» Фридриха Вильгельма I в Берлине было начато строительство нового орденского замка. В первые годы правления Фридриха Великого иоаннитам королевским указом 1745 году было высочайше дозволено увенчать свой Орденский крест прусской королевской короной «в знак признания их испытанной верности прусскому королевскому дому». Заметим в скобках, что столь тесной связи с прусским королевским домом, как у иоаннитов, у Тевтонского (Немецкого) Ордена – вопреки измышлениям позднейших фальсификаторов истории! – не существовало никогда! Комменды и герренмейстер бранденбургских иоаннитов верно несли военную службу королю Пруссии в Силезских войнах и в Семилетней войне. Тем не менее, после гибели комтура бранденбургских иоаннитов принца Луи Фердинанда Прусского от палаша наполеоновского кирасира в бою с французами под Заальфельдом и разгрома прусских армий под клмандованием двух других иоаннитских комтуров - герцога Брауншвейгского и князя фон Гогенлоэ – Наполеоном I Бонапартом под Иеной и Ауэрштедтом в роковом для Пруссии 1806 году, в условиях острейшей нехватки финансовых средств, король Фридрих Вильгельм Ш был вынужден 30 октября 1810 года распорядиться о секуляризации всех владений церкви, монашеских и духовно-рыцарских Орденов. Тем самым Орден иоаннитов лишился источников к существованию в Бранденбургской марке. Королевским эдиктом от 23 января 1811 года полномочия герренмейстера и капитула иоаннитов перешли к прусской короне и были аннулированы. Учрежденный вместо упраздненного Бальяжа Бранденбургского 23 мая 1812 года «Королевский прусский Орден иоаннитов» (Koeniglich Preussischer Johanniter Orden) стал простым объединением бывших членов Бранденбургского бальяжа, как физических лиц, чем-то в роде «закрытого клуба ветеранов», не занимавшегося никакой практической деятельностью. Во главе «Королевского прусского Ордена иоаннитов» стоял принц дома Гогенцоллернов, в течение последующих 40 лет носивший титул «Гроссмейстера» («Великого Магистра»). На протяжении всего периода существования «Королевского прусского Ордена» иоаннитский крест оставался формально включенным в систему прусских государственных наград, занимая в наградной иерархии место после ордена Красного Орла, хотя реально новых награждений им не проводилось.
По прошествии сорока лет Орден иоаннитов был восстановлен в Пруссии как рыцарский (но уже не духовно-рыцарский) институт, вернувшийся к своим первоначальным целям христианской благотворительности и милосердия – помощи больным и убогим. Вскоре прусский Орден иоаннитов (по старой памяти, именовавшийся также «Бранденбургским бальяжем») содержал уже десятки больниц и странноприимных домов. Его главой снова стал не «гроссмейстер», а герренмейстер, а верховным протектором – прусский король (являвшийся с 1871 года, года объединения Германии, также германским Императором). Члены прусского Ордена иоаннитов подразделялись на:
коммендаторов и почетных коммендаторов, входивших, наряду с «Капитаном Ордена (орденсгауптманом)», то есть старейшим из рыцарей Ордена (Ordenshauptmann), и орденскими чиновниками, в Орденский Капитул под председательством герренмейстера;
«рыцарей (по) справедливости» (Rechtsritter), приносивших при вступлении в Орден иоаннитов уставные обеты и принимавшихся в Орден с соблюдением всех необходимых формальностей, включая инвеституру, посвящение в рыцари троекратным ударом меча в Зонненбурге и т.п.;
«рыцарей чести», или «почетных рыцарей» (Ehrenritter).
Таким образом, в отличие от преимущественно католического (Мальтийского) Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, структура преимущественно протестантского прусского рыцарского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского Госпиталя была гораздо проще – в нем не существовало степеней капитулярных и конвентуальных бальи, бальи Большого Креста, бальи, «рыцарей милосердия» (принимавшихся в Орден «из милости», хотя они не удовлетворяли требованиям орденского Устава), «магистральных рыцарей» (принимавшихся в Орден по прямому указанию Великого Магистра), «обетных рыцарей», «облатов», донатов (жертвователей) и т.д.
Никто из прусских иоаннитов не мог стать «рыцарем (по) справедливости», не будучи евангелического (лютеранского) исповедания и не пробыв предварительно установленное число лет членом Ордена иоаннитов в степени «рыцаря чести».
Вопрос о приеме новых членов решался Орденским капитулом; при этом играли важную роль знатность рода, безупречный образ жизни, возраст (не моложе 30 лет) и социальное положение. Каждый «рыцарь чести» при вступлении в прусский Орден иоаннитов уплачивал вступительный взнос в сумме 1000 марок, после чего уплачивал ежегодный взнос в размере 60-90 марок, но уже не в центральную орденскую кассу, а в кассу того Орденского товарищества (Ordens-Genossenschaft), в которое входил по месту жительства. Орден имел 15 таких товариществ во всех прусских провинциях, а также в других германских землях – Вюртемберге, Мекленбурге, Гессене, Саксонии и Баварии. По состоянию на 1 января 1905 года в прусский Орден иоаннитов (Бальяж Бранденбургский) входили: Протектор – Император Вильгельм II Гогенцоллерн, герренмейстер – принц Альбрехт Прусский, 1 «Орденский капитан (орденсгауптман)», 18 коммендаторов, 4 почетных коммендатора, 973 «рыцаря (по) справедливости», 2 «почетных члена» (Ehrenmitglieder - к этой категории, в определенной степени сходной с категорией «магистральных рыцарей» католического Мальтийского Ордена, относились лица, причисленные к Ордену иоаннитов по прямому указанию его главы, хотя они и не соответствовали требованиям Орденского устава) и 1912 «рыцарей чести» («почетных рыцарей». Бранденбургский Бальяж содержал в Германии 50 больниц на 2860 коек, в которых, например, в 1904 году была оказана безвозмездная или весьма льготная медицинская помощь 18 000 больных.
Кроме того, Бранденбургский бальяж содержал госпиталь в Иерусалиме.
Со временем в Ордене иоаннитов появился также институт сестер милосердия – так называемых «услужающих сестер Ордена».
Почетным Коммендатором Прусского Ордена Иоаннитов являлся, между прочим, и наш Царь-Освободитель Александр II, шеф прусского лейб-гвардии полка своего имени. Сохранилось несколько портретов, на которых Царь-Освободитель запечатлен в мундире этого полка с орденским крестом прусских иоаннитов на шее. Некоторые не слишком компетентные современные исследователи, например, Юрий Милославский, автор книги «Странноприимцы», будучи введены в заблуждение этим обстоятельством, приняли этот прусский иоаннитский крест на шее Царя Александра II за крест Греко-российского Великого Приорства Державного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, якобы продолжавшего, по их мнению, существовать в России до 1917 г.[31], что, однако, совершенно не соответствует действительности.
