До 1550-х гг. Соловецкий монастырь был небогат и даже не имел каменных зданий. Но с приходом игумена Филиппа (боярина Федора Степановича Колычева, новгородца по рождению, будущего митрополита) был сделан резкий рывок в его развитии. Прирожденный рационализатор, он восстановил монастырское хозяйство после пожара 1538 г. и ввел в него массу технических новшеств, описанных в его житии (ветряная мельница, механическая квасокачка, конные глиномялка и «севальня»). Обитель начала широкую торговлю солью, получила многочисленные земельные пожалования на Двине и в Поморье. Были проведены дороги и каналы, построены каменные соборы (Преображенский и Успенский). К середине XVII в. обитель достигла наибольшего расцвета, получала постоянные пожалования льгот и земель, и даже одалживала деньги государю. Самостоятельная, решительная и уверенная в себе братия монастыря не приняла реформы патриарха Никона (тем более, что была на него обижена: живший в свое время на одном из островов архипелага, Анзерском, Никон даровал ему самостоятельность. Кроме того, он передал Крестному монастырю на Кий-острове часть соловецких владений, а чтимые мощи митрополита Филиппа перенес в Москву). Монастырские книжники, владевшие прекрасной библиотекой, увидели в присланных в монастырь новых книгах «богопротивные ереси и новшества лукавые». В1663–1668 гг. они составили на имя царя массу прошений: девять челобитных, множество «сказок» и посланий, в которых доказывали верность старых книг и обрядов, подчеркивая готовность пострадать за веру. («Аще ли ты, великий государь… в старой вере быти не благоволишь и книги переменить извеолишь… вели, государь, на нас свой меч прислать царьской и от сего мятежного жития переселити нас на оное безмятежнье и вечное житие», — писали они.) В конце 1668 г. у правительства кончилось терпение: от монастыря отписали все вотчины и промыслы, объявили блокаду Соловецкого острова и послали на него стрельцов. Монахи и преданные им миряне решили защищаться, тем более, что было где держать оборону. Еще в 1570-х гг., когда возросшие богатства монастыря потребовали охраны, монахи обратились за ней к царю. В 1578 г. были построены первые деревянные стены, которые в 1582–1594 гг. заменили каменные, сложенные из огромных (по пять-шесть тонн весом) валунов, с восьмью мощными многоярусными башнями, приспособленными для орудийного огня. Монастырь стал одной из самых надежных крепостей Руси, но она так и не подверглась атаке внешнего врага, поэтому царский гарнизон простоял здесь недолго (до 1637 г.). Немудрено, что первые четыре года блокады не принесли результатов; посланное подкрепление разорило окрестности и сожгло монастырские суда, но и это не заставило монастырь сдаться. С 1674 г. новый воевода (Иван Мещаринов) командовал уже настоящей, хорошо вооруженной армией, но и обитель получала помощь извне (сюда, например, сходились воины отрядов Степана Разина). Наконец, предательство одного из монахов помогло стрельцам ворваться в крепость (январь 1676 г.). «Соловецких сидельцев» казнили с особой жестокостью — им рубили головы, жгли заживо, вешали на деревьях, топили и вмораживали в лед. Вскоре многочисленные списки «Истории об отцах и страдальцах соловецких», записанных со слов очевидца старообрядцем Семеном Денисовым, разошлись по всей стране.

Монастырь и позже играл заметную роль в истории страны, например в эпоху Северной войны, а в ходе Крымской войны середины XIX в. даже выдержал недолгую осаду англичан.

Псково-Печерский монастырь был основан на границе с землями Ливонии в 20 км от ливонской крепости Нейгаузен, в 70 км западнее г. Пскова в 1473 г. (дата освящения первой пещерной церкви, Успенской). В строительстве монастыря деятельное участие принял известный дьяк великого князя Мисюрь Мунехин, который, вместе с властями Пскова и духовенством, в 1519 г. «начата… назирати место, незнаемое никем же, под немецким рубежем», а в 1533 г. «поча здати монастырь», перенеся его центр с холма «в подол меж гор», где здания были лучше защищены и стояли вблизи воды. Необычно расположенный в котловине монастырь был в 1558–1568 гг. защищен крепостными стенами, проходившими по водоразделам и спускавшимися к реке. Неправильный прямоугольник его стен с боевыми башнями неоднократно выдерживал осады: его не смог преодолеть Стефан Баторий. Не смогли захватить крепость ни Лисовский, ни Ходкевич (пять недель осаждавший ее, используя сильную осадную артиллерию). Только однажды, в 1592 г., удалось захватить монастырь врасплох шведам, но их последующие нападения (1611 г. и 1615 г.) были отбиты. Не увенчались успехом их усилия и через столетие, во время Северной войны. Не особенно богатый, Псково-Печерский монастырь был очень известен. Еще при основании он рассматривался как северный аналог Киево-Печерской лавре. Его собор, освященный в честь того же праздника, что киевский, представляет собою пещерный храм с одной наружной стеной-фасадом. Здесь хранилась особо почитаемая Печерская икона Божьей Матери «Успение», а в XVI–XVII вв. сложился уникальный подземный некрополь. В стенах пещер, выкопанных в горе, прорезались ниши-локулы для погребений, которые затем закрывались особыми маленькими надгробиями, «керамидами». Их делали из покрытой зеленой или желто-коричневой глазурью обожженной глины, на которой оттискивали изображение Горнего Иерусалима в виде многоглавой церкви или креста, а также эпитафию, в которой сообщались сведения о погребенных, очень многие из которых погибли в сражениях на псковско-ливонском рубеже. Это огромный синодик, содержащий важнейшие сведения по генеалогии.

Воскресенский монастырь (Новый Иерусалим) основан в 1656 г. патриархом Никоном в качестве подмосковной резиденции в купленном Иверским монастырем селе Котельникове (45 км к западу от Москвы, на реке Истре). По замыслу патриарха, в Россию, как в последнее православное царство, должно было переместить и сакральный центр православного мира, то есть святыни Иерусалима. Действуя в духе средневекового европейского «благочестивого копирования», Никон пытался «перенести святость» путем повторения под Москвой топографии событий, описанных в Евангелии, и архитектуры храмов, возведенных в Палестине в раннехристианскую эпоху. Рельеф местности был частью преобразован, частично переименован (появились такие названия, как «Мамврийский дуб» и «Елеон», башнеобразный трехъярусный скит самого патриарха стоял на берегу речки «Кедрон»). Центром комплекса, как и в Иерусалиме, стал собор Воскресения, в котором были повторены главные святыни христианства: скала Голгофы, Гроб Господень, пещера Обретения Креста и многие другие. Для получения сведений об устройстве иерусалимского храма в Палестину была отправлена специальная «экспедиция», в качестве дополнительных материалов использовались первые обмеры, уже опубликованные в Европе, и одна из реликвий — деревянная модель храма Воскресения. Благодаря этому, мастера Никона достигли очень высокой степени копийности, повторив структуру сложного палестинского комплекса в ее главных частях (такой, какой она сложилась к XVII в., вплоть до обозначения мест погребений королей-крестоносцев). Однако внешний облик гигантского сооружения, с огромным шатром над центральной ротондой и массой глав, обозначающих или содержащих в своих барабанах маленькие церкви (общее число которых должно было, по преданию, приближаться к 365 — по числу дней в году), не повторял архитектуры иерусалимского образца. Во многом отличен был и его интерьер, существенную роль в котором играли яркие майоликовые иконостасы (изразцы, выполнявшиеся мастерами, привезенными Никоном из мастерской Иверского монастыря, а позже переведенные (то есть взятые в плен, или вообще по принуждению приведенные из-за границы) из Белоруссии, стали важнейшим украшением архитектуры резиденции). Ссылка 1666 г. помешала патриарху закончить строительство, вновь развернутое и завершенное только при царе Федоре Алексеевиче (1685).