Вместе с ростом напряжения на землях Юга увеличивалась нестабильность и в старом Центре. С 1570-х гг., когда начался отлив населения из старых районов, возникла прямая опасность для устойчивости социальной системы. Теряя рабочие руки, помещики теряли возможность служить: им становилось, как тогда говорили, «не с чего». Вспыхнула борьба за рабочие руки, крестьян сманивали и незаконно «свозили», насильно удерживали на своей земле и требовали от правительства соответствующих законов. Государство провело перепись, запретив на ее время переходы даже в Юрьев день («заповедные годы»). Дело быстро шло к общему закрепощению. Но запреты «выхода» и сыск беглых крестьян вызывали сопротивление, усиливали стремление уйти к другому хозяину или на «новые землицы»: крестьянин не хотел оставаться на той земле, к которой его «прикрепляли».

Приходилось искать лучшей доли и горожанам: посадский человек, торговец и ремесленник, несший тягло (государственные повинности), не мог конкурировать со служилыми людьми, то есть служившими в приказах, и стрельцами. Ведь эти люди тоже имели право производить ремесленные товары и продавать их на городских рынках — но они были освобождены от повинностей, то есть не несли городского тягла, и могли продавать свои товары дешевле. В систему обороны города входили «осадные дворы» помещиков и бояр — на них жили их люди, также свободные от тягла (дворники). Это относилось и к жителям монастырских дворов. Понемногу служилый люд вытеснял свободное, тяглое население старых «замосковных» городов (по образному выражению С. Ф. Платонова, великого знатока Смуты: «московский город умирал медленною смертью; вместо него вырастала крепость») и уходил в поисках лучшей жизни все туда же, на Юг.

Разорение и ослабление старого Центра, террор Грозного, длительная и неудачная Ливонская война легко могли привести к взрыву народного возмущения. Это было видно даже иноземцам, многие из которых предсказывали надвигающуюся на Русь катастрофу. Англичанин Дж. Флетчер, напечатавший в 1591 г. книгу о России, прямо говорил о грозящем вскоре перевороте и гражданской войне, начало которой связывал со смертью царя Федора и пресечением московской династии. Окончить ее, по мнению Флетчера, должна была победа военных слоев и над знатью, и над простонародьем. Как мы знаем, во многом эти предвидения исполнились.

Центральная Русь после смерти Грозного (18 марта 1584) представляла грустное зрелище поросших лесом усадеб, брошенных крестьянами сел, где церкви стояли «без пения», и непаханных полей. Люди тысячами гибли от неурожаев и эпидемий, уходили в дикие места. Оставшиеся платили налоги за всех, и они выросли в 2–3 раза. Страна, как никогда, нуждалась в разумном и терпеливом правителе.

Иван IV оставил двух сыновей: маленького Дмитрия и Федора Иоанновича (1584–1598). Последний и вступил на престол уже взрослым женатым человеком (ему было 27 лет). Глубоко религиозный и скромный, он обладал важнейшими в тот момент для правителя качествами: внутренней добротой и мягкостью. Правда, у него было мало опыта управления: Федора начали готовить к занятию престола только после того, как погиб последний из старших сыновей Грозного (Иван). Но зато этот опыт был у членов его собственного маленького двора, который сложился вокруг Федора с юности: его ядром была семья Годуновых. Особое влияние на царя имела его жена, сестра Годунова, Ирина Федоровна, глубоко преданная мужу и брату, разумная и сильная женщина. В развернувшейся после смерти Грозного в придворных кругах борьбе за власть Годуновы с сородичами выступили на редкость дружно, брались за любые поручения царя, не местничали друг с другом. Они сумели вытеснить из круга ближних советников молодого царя влиятельных бояр Ивана Шуйского, Ивана Мстиславского, Никиту Романова-Юрьева (менее родовитый, но он приходился царю Федору дядей), известного опричника Богдана Вельского.

Венчание и помазание Федора Иоанновича на царство проводили по новому ритуалу, очень торжественно и при большом стечении народа, превратив его во всеобщий праздник. Новый царь казался особенно милостивым и добрым после правления своего отца: прекратились казни и убийства, конфискации и грабежи, опалы и ссылки. Политика государства стала более логичной и последовательной — она была направлена на успокоение и восстановление страны. Несколько ослабло налоговое бремя, чему способствовал довольно длительный мир. Положение России стремились укрепить путем заключения договоров с соседями и возведением крепостей на границах. На западе, в Смоленске, собрав воедино почти всех строителей государства, воздвигли огромную каменную крепость. Были укреплены и московские посады: по линии земляного вала со рвом поставили каменную крепость под руководством архитектора Федора Коня (Белый город), а позже, снаружи от него, провели еще одно кольцо деревянных стен и рвов (Земляной город). Построили крепости на юге (в их числе Царицын, названный так в честь Ирины Годуновой) и в Сибири. Сибирская дань рекой потекла в страну, быстро выравнивая ее финансовое положение.

Федор не имел большого военного опыта, но сумел вернуть часть потерянного после Ливонской войны: в 1595 г. возглавленная им армия отвоевала у шведов ряд прибалтийских городов (но важнейший, Нарва, остался у врагов). Хотя основные силы приходилось держать на границе со Швецией, где военные действия не прекращались, царь и его воеводы не испугались в 1598 г. огромной армии крымских татар во главе с ханом Казы-Гиреем и, собрав оставшиеся полки, успешно отразили нашествие: врага испугал мощный огонь артиллерии со стен Москвы и из временной полевой крепости (гуляй-города).

Укрепило государство и возведение московского митрополита в сан патриарха (сложные переговоры об этом велись под руководством Бориса Годунова). Получив его, глава Русской Церкви был отныне независим от патриарха Константинопольского, которому раньше формально подчинялся. Первым «патриархом всея Руси» стал Иов (1589 г.), преданный царской семье, обязанный ей возвышением (его отличал еще Грозный) и тесно связанный с окружением Годуновых. Патриархия стала надежной опорой трона, контроль над ней со стороны царя сохранился и даже упрочился.

Управление страной при царе Федоре сосредоточилось в руках рода Годуновых. У них был опыт жизни в кругу семьи Грозного, связи со служившими ему дворянами («двором») и с приказной средой. Энергичные, молодые, преданные царю лично, Годуновы наполнили Боярскую думу, контролировали главные приказы (Конюшенный, Большого дворца, Казенный, Разрядный), отвечавшие за царское хозяйство, сбор налогов, финансы, армию и раздачу поместий, а также внешнюю политику. Среди Годуновых были не только опытные царедворцы (Борис Федорович, брат Ирины и, следовательно, царский шурин), но и исключительно честный казначей, управлявший хозяйством (Григорий Васильевич, в прошлом дядька царевича Федора и самый близкий ему человек), дипломаты (Степан Васильевич), смелые военачальники (Иван Васильевич), и другие. Они стали надежной опорой царя и в дни мира, и на войне.

К концу недолгого правления Федора особое влияние при решении государственных вопросов приобрел царский шурин, Борис Годунов. Он встал во главе Боярской думы, возглавил Земский приказ и неслыханно обогатился. Его чины могли вызвать зависть в самом древнем боярском роду: он владел высшим, очень редко присваивавшимся титулом царского слуги, который (впервые в истории России) совмещал с титулом конюшего боярина. В 1590-х гг. у него был уникальный, ни до, ни после невиданный титул: «царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин и дворовый воевода и содержатель великих государств — царства Казанского и Астраханского». В переговорах с иностранными государствами, которые он пытался вести самостоятельно, Годунов, по сути дела, уже называл себя правителем страны.