Но развития гражданской войны это не остановило — напротив, сразу за вступлением на престол Василия Шуйского последовала ее новая вспышка, в которой особенно ясно проявились движущие силы недовольства. Продолжался мятеж казаков, выдвинувших еще при Лжедмитрии своего самозванца, «царевича Петра» (якобы сына царя Федора и Ирины Годуновой) — их отряды шли от Каспия вверх по Волге. В начале лета 1606 г., после годичного перерыва, гражданская война вспыхнула с новой силой: дворяне южных уездов начали вооруженную борьбу с правительством Шуйского.

Костяк хорошо вооруженной армии Лжедмитрия I, распущенной после взятия Москвы, сохранился на Северянине, и ее было легко возродить. В пограничных южных уездах служилые воины несли все тяготы по защите границы, но их жалованье было недостаточным, земельные наделы малы, а крестьян у них почти совсем не было — многим пришлось самим поднимать целину, а на службу выходить пешими пищальниками. Добыв Лжедмитрию престол, они почувствовав свою силу, укрепились в надеждах на «доброго царя» и не хотели потерять полученные от него привилегии. Привычный к войне Юг хотел видеть на троне «своего» царя. Против Шуйского была вся южная вольница. Стрельцы и воины «по прибору», незнатные дворяне («дети боярские») и боярские боевые холопы, служилые и вольные казаки, а также посадские люди и крестьяне, которые хотели выйти из податного сословия и стать служилыми, — все были готовы выступить на стороне «старой» династии и стоять насмерть за «законного» царя. Начавшееся восстание раскололо страну надвое, открыв новый этап Смуты: его называют также крестьянской войной, поскольку крестьяне центральных уездов приняли в ней значительное участие.

Восставшие не опирались на иностранных наемников, не искали прямой поддержки враждебных России государств и не выдвинули своего претендента на престол. Они считали, что воюют все за того же «царя Дмитрия», и выбрали предводителями эмиссаров из Самбора, которые действовали от его имени. Это были казацкий атаман Иван Исаевич Болотников и сотник из г. Епифань Истома Пашков. Болотников, в прошлом боевой холоп князя А. А. Телятевского, прожил полную приключений жизнь: бежал со службы в казаки, прошел турецкий плен, побывал в Италии, Венгрии и Польше. Оттуда он летом 1606 г. был послан в Путивль, недавно бывший временной «столицей» Лжедмитрия I. Арсеналом его армии, которую поддержали города Северской Украины, стали запасы, собранные Лжедмитрием в Ельце для похода на турок.

Шуйский направил против восставших войско, собранное для похода на Азов. Оно выиграло первые сражения, но не смогло взять Ельца и Кром, которые осадила. Один город за другим отходил к восставшим: осенью 1606 г. их поддержали Орел, Калуга и Тула, чуть позже Рязань. Тульский уезд уже не относился к южным, он традиционно входил в состав центральных, его «лучшие» дворяне служили в составе государева двора. Призывы не подчиняться воеводам и разорять бояр имели успех у крестьянства, и волнения охватили огромные земли от Астрахани до Вятки.

Хотя Болотников и Пашков отбросили от рек Угры и Оки войска племянника царя, молодого полководца Михаила Скопина-Шуйского, сдача Тулы и Калуги показала, что раскол в рядах дворянства достаточно глубокий и опасный. Восставших поддержали служилый люд приокских крепостей и рязанские дворяне во главе с Прокопием Ляпуновым, и вскоре армия Пашкова вошла в Коломну. Брошенные против нее наспех собранные царские полки были разбиты под Троицким-Лобановым, недалеко от Москвы. В этой битве столкнулись две части одного и того же общерусского дворянского ополчения, стоявшие за разных государей: люди Пашкова уверяли, что царь Дмитрий находится у них в войсках в Коломне.

26 ноября отряд Пашкова был под Москвой и занял село Коломенское, куда затем подошло войско Болотникова. У Данилова монастыря в селе Заборье казаки устроили укрепленный лагерь. Армия мятежников составляли 20–30 тысяч человек, в Москве же почти не осталось войск, не было хлеба и корма для лошадей. Дворянство многих окрестных городов перешло на сторону восставших. На время Москва была блокирована, Шуйский вынужден был полагаться только на крепость ее стен, и мало кто верил, что он удержит город.

Но мятежники промедлили две недели, убеждая москвичей перейти, как в 1605 г., на сторону «законного царя». Вышло наоборот: посадские люди и священники начали убеждать восставших, что Дмитрий не мог уцелеть (ведь некоторые из них участвовали в убийстве). В войске Болотникова на самом деле не было претендента на престол, и горожане сумели склонить к переходу на свою сторону рязанских дворян под предводительством Прокопия Ляпунова. В результате запоздалая попытка штурма города не удалась.

Царь тем временем укрепил город с юга и вооружил посадскую молодежь, которой доверил защищать стены столицы. В Москву, откуда только возможно, собирались войска. Один за другим от повстанцев начали отпадать столь легко доставшиеся им города, и по открывшейся дороге подошли дворяне из западных уездов и крепости Смоленска. В решительном сражении 3–5 декабря армия Болотникова была разбита (только убитыми потеряли около 2000 человек) и оставила Коломенское. Дворяне и казаки Истомы Пашкова вернулись на царскую службу. Заборье смело оборонялось, но в конце концов было занято и оно. Захваченных казаков воеводы Шуйского приняли в свое войско, но тысячи восставших посадили в тюрьмы и казнили. Последний из командующих, Болотников, пробился с остатками армии к Калуге.

Частые «измены» и быстрый уход из армии Болотникова служилых людей объясняются просто: ее слабым местом было отсутствие реального претендента на царский престол. Шуйский жаловал всех приходивших к нему на службу немедленно и щедро. А Болотников мог обещать милости от имени «Дмитрия», но не мог давать поместья и чины в установленном порядке: без особой царской грамоты (так называемой «ввозной», обращенной к крестьянам, названным поименно) вступить во владение поместьем было невозможно. Также невозможно было подняться по служебной лестнице, получить думский чин.

Понимая это, вожди повстанцев стремились ускорить прибытие в Россию «Дмитрия» или иного претендента на трон. Они вступили в переговоры с «царевичем Петром Федоровичем» (под этим именем скрывался казак Илейка Коровин). Ядро его войска составляли терские, волжские и донские казаки, которые постепенно становились главной силой движения. Большинство их участвовало в походе Лжедмитрия I и вину за роспуск казацких частей возлагало на «бояр». Чтобы поправить дело, они решили посадить на трон собственного, казацкого царевича. Гарнизоны сильнейших степных крепостей (Ливен, Царева-Борисова) открыли перед ним ворота и выдали царских воевод; в ноябре 1606 г. «Петр» прибыл в неофициальную столицу самозванцев — Путивль.

По пути казаки жестоко расправлялись со всеми, кто поддерживал Шуйского или отказывался признать «Петра», особенно с духовенством и боярами; поголовно казнили свезенных в Путивль пленных дворян, ожидавших там царского суда. Правда, восставшие стремились создать подобие государственного порядка: образовать свою боярскую думу, привлечь на службу знать, давать пожалованья и чины. Но все точно знали, что у царя Федора Ивановича не было наследника: детская сказка о том, что царица Ирина утаила мальчика от Бориса Годунова, сказав, что родила «полмедведка и полчоловека», мало кого могла обмануть. «Царевич Петр», жестокий и совсем не образованный, не привлек симпатий служилых людей: видя, что перед ними самозванец, дворяне «вору креста не целовали» и за отказ присягать часто платили жизнью. Обычным делом стали ежедневные расправы, живо напомнившие времена Ивана Грозного: людей всех чинов и званий Петр «метал из башен, и сажал по колью, и по суставам резал». В результате дворяне Северской Украины предпочли поддержать Шуйского и к весне 1607 г. оказались в его армии.