Но парадокс заключался в том, что слом системы должностных вакансий не позволил Горбачёву избрать желаемый состав Центрального Комитета. К 1990 г. централизованный контроль над партией был в значительной мере ослаблен, а настроения на местах существенным образом сместились в сторону противников процесса реформирования. В составе ЦК «стремительно нарастал негативизм по отношению к генсеку», поскольку его члены оказались не в состоянии убедить Горбачёва в необходимости обсуждения с ними текущей ситуации в стране, а не только более широких и абстрактных проблем. Валерий Болдин, возглавлявший Горбачёвскую администрацию, как-то во время XXVIII съезда партии обнаружил генерального секретаря, «одинокого и печального», занятого составлением собственного списка кандидатов на избрание в члены ЦК. К тому времени Разумовский уже был уволен, а Лигачёв стал открытым противником продолжения реформ[484]. Вопреки всем усилиям Горбачёва оказалось, что вновь избранный Центральный Комитет состоял «преимущественно из лигачёвцев и полозковцев»[485]. К тому времени система должностных вакансий фактически не действовала, и ничто не могло помешать делегатам съезда, настаивавшим на более адекватном представительстве в ЦК рядовых членов партии, воспользоваться своим правом вносить в список для голосования собственных кандидатов.

Генеральный секретарь и его заместитель были автоматически включены в состав нового Центрального Комитета, а остальные места в нём заняли люди, выбранные делегатами съезда из двух списков, предложенных на их рассмотрение руководством партии[486]. Первый список был традиционным, на основе выделенных республикам квот: по пять кандидатов от каждой республики плюс по одному кандидату от 100 тыс. членов республиканской партийной организации. Таким образом, набралось 311 кандидатов. Второй список был составлен централизованным образом и содержал 85 кандидатов, отобранных практически лично генеральным секретарём преимущественно из работников партийно-правительственного аппарата. В этот список входили Председатели Совета Министров, Госплана и КГБ, министры внутренних дел и обороны. Относительной сенсацией оказалось предложение делегатов съезда исключить из списка для голосования министра обороны Язова и начальника Генерального штаба Моисеева на том основании, что те не были искренними приверженцами перестройки. Борис Ельцин, недавно избранный председателем российского парламента, сам снял свою кандидатуру, а затем вообще заявил о своём выходе из партии. С аналогичными заявлениями выступил ряд других делегатов съезда, представлявших так называемую демократическую платформу. В конце концов для голосования утвердили оба списка, без Ельцина, но дополненные ещё 13 фамилиями, предложенными из зала[487]. В течение следующего года состав ЦК снова изменился в результате добровольных отставок его членов, перевода ряда кандидатов в полномочные члены ЦК и введения в его состав новых лиц в обход существующих правил[488].