— Отче игумен, оно и во благо: какой грех, ежели судьба вознесёт соловчан поближе к Всевышнему? То встанет храм храмов. Потому и нет с нас спроса за грехи.

Так и поднялся собор Преображения на Соловецких островах выше Успенского собора Кремля. Царю Ивану о том донесли, и он затаил гнев на дерзкого игумена Соловков. Но то была первая «дерзость» смелого боголюбца. Позже их будет множество.

Вскоре, однако, Филиппу пришлось на время покинуть обитель. Он был вызван в Москву. По воле царя Ивана в первой половине 1551 года намечалось провести церковный собор. Позже сей собор будет назван Стоглавым, потому как на нём приняли первый церковный Судебник, в который вошли сто глав церковного устроения.

Царь Иван в эту пору жил ещё по заветам Избранной рады, и отношение его к собору было доброе и пронизанное заботой о благе церкви. Но именно здесь, на соборе, и случилось первое резкое столкновение молодого царя со своим духовным священником Сильвестром. Ещё за несколько дней до начала заседаний собора отец Сильвестр пришёл вечером в покой, где царь Иван хранил и читал книги. Пользуясь хорошим расположением духа царя, Сильвестр сказал:

   — Государь-батюшка, сын мой, говорю, дабы ты ведал побуждения мои. Долгом и совестью чту потребовать от собора исправления церковного устроения.

   — Ты честен, прям и человеколюбив, отче. Но кипение страстей к чему тебе? — отозвался царь. — Скажи о сути пороков, и я оглашу их на соборе.

Сильвестр и впрямь был честный и прямодушный. Он продолжал:

   — За ними стоит митрополит Макарий. Тебе ли идти на владыку? То мне сподручнее.

Горячая кровь Ивана закипела. Он гневно крикнул:

   — Зачем попрекаешь Макарием?! Пойду на нечистую силу прямо, ежели встанет на моём пути!

   — Не серчай, царь-батюшка, сын мой. Сказанное мною забудь. И на собор я пойду в согласии с тобой. — Сильвестр решил закончить беседу мирно. Да не удалось легко отделаться от царя.

Упорный нравом Иван потребовал:

   — Отче, говори всё, как на духу. Тогда и пойдём в согласии. А по-другому и не быть.

Знал Сильвестр, что царь мог бы и не спрашивать о церковном неустроении и о взглядах нестяжателей на порядки, заведённые иосифлянами. Но Иван хотел убедиться, что Сильвестр — нестяжатель. И он добился своего.

   — Ты, царь-батюшка, ведаешь, что ноне пятая часть земель и крестьянских дворов в ярме у церквей и монастырей, что достатки и богатства, данные им, извратили священнослужителей и монашество. Они пекутся больше о мирских делах, нежели о спасении души. Потому следует царской властью отобрать у церквей и монастырей лишние земли и селения с крестьянами, устроить на тех землях вольную общинную жизнь. А церквям и монастырям оставить лишь нужное на прокорм.

Стихия подхватила Сильвестра, и он ещё долго излагал своё понимание церковного устроения. А царь Иван слушал его не перебивая и только темнел лицом. Да и в глазах его горел недобрый огонь. Сильвестр знал цену тому огню, но уже не мог изменить себе и, зная о грозящих ему последствиях, всё-таки продолжал:

   — Да пусть будет ведомо тебе, царь-батюшка, что духовенство, особенно низшее, утонуло в пороках, в пренебрежении к своему долгу и в непотребном духовному сану поведении. Потому собор должен запретить попам и монахам пить водку и чтобы они не лаялись и не бились до кровопролития. Аминь!

Когда Сильвестр закончил своё обвинение церкви, царь Иван долго молчал. Он думал о том, что духовник не только иосифлян не может терпеть, но и его, государя, казнит за допущения церковникам. Сказал он коротко и жёстко:

   — Ты огорчил меня, духовник. Иди к покаянию.

Об этой беседе с царём Иваном Сильвестр расскажет Филиппу на соборе во время перерывов на трапезу. Филипп подивится отваге Сильвестра и станет ждать, чем завершится их противостояние. А пока игумен на равных с прочими священнослужителями писал новые главы Судебника и слушал речи царя, митрополита и многих архиереев. Из сказанного царём Иваном Филипп понял, что молодой государь не нашёл в себе отваги вступить в противоречие с митрополитом Макарием и всеми его сторонниками иосифлянами. Он и словом не обмолвился о том неустроении церкви, суть которого раскрыл ему Сильвестр.

Однако смелый священник заставил говорить о себе и даже вынудил царя отвечать на его вопросы об исправлении церковного устроения. И хотя Иван ответил на вопросы Сильвестра и выразил своё порицание иерархам и самому митрополиту Макарию за то, что многие духовные чины служат сатане, но не Богу, на Сильвестра он сильно разгневался. В эти же дни царь позвал себе нового духовника, а Сильвестру вход в царский дворец был закрыт.

Вольно или невольно, но как человек чистых помыслов и чести Филипп встал на сторону опального Сильвестра. А потом и на сторону Алексея Адашева и многих других членов Избранной рады, ещё не ведая, что над этими благочестивыми россиянами была занесена тяжёлая рука царской опалы.

В эту пору в окружение царя Ивана пробивались уже другие люди, меньше всего расположенные к благородным поступкам. В дворцовых покоях замелькало лицо мелкого дворянина Григория Лукьяновича Бельского-Плещеева, которого чуть позже назовут Малютой Скуратовым. Пока ещё, как кот у ног господина, отирался близ Ивана захудалый боярин Василий Грязной, личность коего была сходна с его фамилией. Скуратов и Грязной вторглись в царский дворец, во дворцовый обиход не одни — за их спинами вставали, а то и таились до поры многие другие отродья. И были среди них мужи даже именитых фамилий и родов, как князь Афанасий Вяземский.

В дни работы Стоглавого собора игумену Филиппу постоянно приходилось встречаться с людьми, близкими к царскому двору, он общался со многими думными боярами. Ведь только из рода Колычевых — все близкие родственники Филиппа — на Стоглавом соборе присутствовало двенадцать думцев. Все они жили меж собой в мире и согласии. И в каждой семье Филиппа ждал тёплый приём, откровенные и доверительные беседы. В свои наезды в Москву Филипп теперь останавливался у двоюродного свата, окольничего Михаила Колычева. Он был старше Филиппа и дружил с его отцом Степаном. Филипп был Михаилу Ивановичу за сына. Несмотря на сан Филиппа, брат, как и в прежние годы, звал его Федяшей. Позже боярин Михаил сыграет важную роль в становлении его на престол Русской православной церкви. И сделано сие будет, казалось бы, во благо избранника. Однако сие хорошее дело обернётся бедой как для Филиппа, так и для Михаила.

Окольничий Михаил Колычев в пору Стоглавого собора был в чести у царя Ивана, но, несмотря на это, старался держаться от него подальше. Молодой царь менялся на глазах. Добрые духи уже потеряли над ним опеку, а другие — духи зла и тьмы — витали всё ближе, и их тлетворное дыхание вызывало в царе не отвращение, а жажду дышать их смрадом. Окольничий Михаил Колычев до открытия Стоглавого собора ещё защищал царя Ивана, говорил своим близким:

   — Наш государь-батюшка молод, всего-то двадцать один год. И ежели рядом с ним будут по-прежнему стоять Адашев, Сильвестр, Курлятяев и иные добрые мужи, нас ждёт благое царствование.

Но когда на Стоглавом порочили имя Сильвестра за его выступление против иосифлян, называли хищником и разбойником и царь не защитил своего духовника, а отдал его на травлю иосифлянам, Михаил Колычев усмотрел за спиной царя зловещие всполохи. С этого часа пристальный взгляд боярина уже не упускал из виду никаких мелочей в поведении царя и всему давал особую цену. Боярин Михаил рассказал Филиппу, что встретил в Кремле царицу Анастасию в великой печали и как она изливала душу.

   — Слава Богу, что повстречала тебя, сердешный, — молвила Анастасия, увидев Колычева. — Хоть ты, Михаил Иванович, развеешь мои страдания.

   — Поведай беду, царица-матушка, — отозвался боярин Михаил.

   — Вчера, уже к вечеру, ездили с царём-батюшкой в Коломенское. Там для него псарь Басманов потеху устроил. Тот медведь, что Прохором зовут, теперь по его воле всё живое мнёт под себя и разрывает. Как мы приехали, так Басманов втолкнул в загон к Прохору тёлочку-однолетку. Как он гонял её и рвал, как она малым дитём ревела — со мной худо приключилось. А царь хохотал и кричал: «Ату её! Ату!»