Согласившись с церковным клиром, царь Иван, однако, не спешил слать гонцов на Соловецкие острова за Филиппом. Он и сомневался в выборе клира, и боялся того боголюбца. И после долгих колебаний он надумал возложить всю тяжесть ноши на россиян: дескать, вы заварили кашу, вы её и расхлёбывайте. И родилось повеление царя собрать Земский собор. А как церковники согласились на его проведение, так и ушли гонцы на Соловецкие острова. Стояла майская благодатная пора для всяких начинаний, в московских садах благоухала сирень, цвели яблони, по берегам рек в зарослях ивняка ночи напролёт заливались соловьи. И в эти дни торжества природы в Кремле собрался Земский собор всей державы. На него съехались более трёхсот человек всякого звания и чина. И от боярского рода Колычевых вновь было двенадцать его представителей. Но самого Филиппа в Москве ещё не было: он не мог расстаться с Соловецкой обителью. Да, похоже, и не хотел, надеясь, что без него выберут кого-то другого. Однако игумен ошибался. Несмотря на его отсутствие, Земский собор вольно и единогласно избрал игумена Филиппа Колычева митрополитом всея Руси.

Царь Иван Грозный согласился с выбором Земского собора лишь после долгой беседы с конюшим Иваном Петровичем Фёдоровым, коего считал умнейшим и благоразумным царедворцем, к тому же провидцем. Конюший Фёдоров, по мнению царя, один имел обыкновение судить праведно. Знал Грозный, что Фёдоровы и Колычевы своими корнями прорастали от одного древнего боярского рода. И сие для царя сыграло более важную роль, чем голос Земского собора.

Земцы ещё продолжали работу, решалось, быть ли замирению с Польшей. Царь Иван Грозный тогда хотел мира с королём Сигизмундом Вторым. Да была у него к тому личная причина. Он страдал от измены князя Андрея Курбского, который, как считал царь Иван, сбежал из войска в самый трудный час войны России с Ливонией. Будучи знатным воеводой и начальствуя в покорённом Дерпте, он оставил рать и ночью с верным слугой исчез из крепости и, умчав в Вольмар, явился к королю Сигизмунду. Примирение с Польшей вселяло надежду в Грозного на то, что Сигизмунд выдаст изменника. И тогда бы... Царь Иван уже придумал Курбскому самую жестокую казнь. Он зашил бы его своими руками в медвежью шкуру и отдал бы на растерзание свирепым псам Федяши Басманова.

Однако переговоры с Польшей затянулись: Сигизмунд рассчитывал получить при замирении свои выгоды. А гонец той порой добрался до Соловецкого монастыря и вручил Филиппу царскую грамоту. Прочитав её, Филипп сильно загоревал и даже подумал о том, чтобы скрыться на острове Анзерский в Голгофо-Распятском скиту. Знал Филипп, что там его царские слуги не достали бы. Ведал он и то, что ожидало его в Москве. В монастыре он жил в покое и в движении к святости. В стольном граде ему предстояло окунуться в котёл с кипящими страстями, надо было вступать в непримиримую схватку со злом опричнины. И он, смертный человек, испытывал страх перед теми испытаниями, кои сулила ему Москва.

Но в грамоте из стольного града было не только повеление царя Ивана Грозного, но ещё и воля Земского собора, воля всей земли русской. И Филипп не нашёл в себе силы преступить волеизъявление россиян. Он счёл, что так угодно судьбе и Всевышнему, и смирился с неизбежностью. Да, он блаженствовал в Соловецкой обители. Он отдал ей тридцать лет жизни и здесь сложился как муж разумный и твёрдый, обогащённый знаниями Божественного писания, догм и канонов православия. В эту пору он не уступал многим мужам, владевшим вершинами богословия. Истинный боголюбец, он был правдив и мудр. И потому невозможным оказалось уйти от долга христианина, от долга перед православными россиянами и не отдать им себя на служение.

Отметив с братией своё шестидесятилетие, простившись с каждым иноком, выслушав советы досточтимых соборных старцев, Филипп Колычев выехал в Москву. С берегов Белого моря он взял путь на Новгород. Его тянуло побывать в граде достойных россиян, отслужить в Софийском соборе молебен, встретиться с архиереями, посмотреть на церковное устройство в Новгородской земле, в коей христианство процветало со времён великого князя Владимира Святого.

Однако в Новгороде Филиппа меньше всего ждало приятное времяпровождение. На подъезде к городу его встретили с иконами избранные жители Новгорода. Филипп остановил дорожный возок, вышел навстречу новгородцам.

   — Дети мои, благочестивые христиане, что скажете? — спросил он.

Избранные поклонились митрополиту, и старший из них боярин Путята, муж одних лет с Филиппом, молвил:

   — Знали мы тебя игуменом и чтили. Отныне ты владыка всея Руси. Потому просим всей Новгородской землёй защитить нас от неправедных вольностей и порадеть пред царём-самодержцем. Уже слышно, как царь гнев держит на град сей.

   — Верю вам, новгородцы, и помню подобный гнев от матери царя Елены Глинской. Ноне он наследством перешёл к её сыну, царю венценосному. Постою за вас, елико сил хватит. Постойте и вы за себя. Сила ваша в бережении веры православной, в опасении от клевретов, — ответил новгородцам Филипп.

Не одну версту он прошёл пешком с избранными горожанами. И многое узнал о российской жизни. Вольнолюбивые новгородцы сетовали на то, что волею Ивана Грозного родилась не только сатанинская рать с мётлами и собачьими головами у седел, но и опричная дума. Филиппу от этой вести было горько вдвойне, потому как одним из вождей сей думы был его двоюродный брат боярин Фёдор Умной-Колычев.

   — Ноне опричники подминают под себя княжескую и боярскую знать, — продолжал рассказывать боярин Путята. — А в семибоярское правление не вошёл никто из бывших удельных князей, ни Шуйские, ни Патрикеевы, ни иные.

Пребывание Филиппа в Новгороде принесло ему одну печаль. Лишь молебен в Святой Софии согрел душу. Священнослужители и горожане жили в страхе и тревоге за будущее. Торговля и ремесла замирали. Никто не знал, что принесёт им день грядущий. А они, эти грядущие дни, уже проявлялись всё зловещее.

За два дня до въезда в Москву вновь избранного митрополита Иван Грозный учинил новое злодеяние. Многие участники Земского собора сразу же после его роспуска написали на имя царя челобитную, явились во дворец, взмолились в поклонами:

   — Ты, государь-батюшка, не зори нас и повели не быть опричнине. Все мы верно тебе служим и проливаем кровь за тебя. Ты же приставил к нашим шеям обидчиков с ножами. Они хватают братьев кровных, чинят обиды, тянут в пыточные и убивают. Останови разбойников, батюшка-царь.

Иван Грозный, слушая челобитчиков, ходил по гостевой палате с мрачным лицом и зорко всматривался в верноподданных вельмож. Когда они выговорились, он крикнул:

   — Григорий, где ты?

Тотчас вышел из тайного места Малюта Скуратов, и царь повелел ему:

   — Видишь сию чёртову дюжину? Они пришли жаловаться на царя, а ему то в урон. Чтобы я их больше не видел! Всех загони в земляную сидельницу!

   — Исполню, царь-батюшка, родимый! — отозвался Малюта.

Челобитчики только ахнули от страха да со слезами на глазах упали на колени, моля о пощаде. Но было уже поздно: царь ушёл. Появились подручные Малюты Скуратова и погнали земцев в земляную тюрьму, совсем недавно построенную по воле Ивана Грозного на склоне кремлёвского холма.

В тот же день вместе с челобитчиками оказался в земляной тюрьме и чтимый Иваном Грозным конюший Фёдоров. Его оклеветал перед царём кравчий Фёдор Басманов. Явившись в царскую опочивальню во время полуденной дрёмы Грозного, нашептал ему:

   — Царь-батюшка, ты и Ивана Фёдорова опали гневом. Он есть зачинщик у челобитчиков. И по его науськиванию они вломились во дворец.

Царь Иван ответил на навет Басманова кратко:

   — Иди и упрячь его моим именем туда же, в земляную.

В такие тяжкие для россиян дни лета 1566 года и въехал в стольный град бывший соловецкий игумен, а ноне волею народа митрополит всея Руси Филипп. Царь принял его не сразу. Дворецкий Василий Данилов прислал на подворье боярина Михаила Колычева, у которого, как всегда, остановился Филипп, посыльного. Тот сказал: