Послав митрополиту зловещее предупреждение, царь Иван сделал, однако, видимость того, что внял опальному владыке, и созвал московских архиереев на собор. Он даже позволил соборным старцам навестить митрополита и вразумить его. Они пришли к нему скопом, и было моление и слёзы над головой убиенного боярина Михаила Колычева, кою Филипп получил от Ивана Грозного и не намерен был отдавать, дабы самому по православному чину предать земле. Позже, как успокоились старцы и Филипп, была долгая беседа. Иереи пытались убедить Филиппа покаяться перед царём. Он же не внимал им и пытался сам увещевать их:

   — Зову вас, разумные россияне, не попирать Священное Писание и вразумить бессудного государя остановить свои безумства. Голова достойного христианина, присланная мне в устрашение, должна устрашить и вас. Всех вас ждёт подобная участь, ежели не остудим безумца. Воспряньте духом!

Соборные старцы пообещали постоять за митрополита на суде и попытаться остудить Ивана Грозного. Но им ничего не удалось сделать, их всех увезли скопом в Суздаль. Многие архиереи божились постоять за митрополита, но, когда после следствия пришёл час суда в Благовещенском соборе, никто из Земской думы и из членов Освящённого собора не произнёс и слова в защиту митрополита Филиппа Колычева. Всех их устрашила голова убиенного Михаила Колычева, кою им довелось видеть. И митрополит был вынужден защищать себя сам. Вначале соборяне выслушали в течение дня все показания свидетелей и лжесвидетелей «законопреступлений» Филиппа Колычева, якобы совершенных им в бытность сотским, иноком и игуменом. Ему даже вписали в вину насильственный постриг в монахи злодея князя Василия Голубого-Ростовского. Когда обвинения были изложены, царь решил, что сего достаточно, чтобы наказать митрополита самым жестоким образом. Он потребовал от Филиппа опровергнуть сказанное свидетелями и лжесвидетелями.

   — Теперь говори в своё оправдание, ежели есть что сказать. — Иван Грозный смотрел на Филиппа пристально и пронзительно, пытаясь смутить его взглядом.

Но ещё в заточении в Богоявленском монастыре Филипп укрепил свой дух молитвами и теперь стоял перед грозным царём в полном бесстрашии и с жаждой защитить не себя, а россиян.

Он знал, что у него есть право донести до Освящённого собора всю ту правду о царе, кою он ведал. Филипп отважился обнародовать письмо князя Курбского, полученное царём: содержание его по воле случая стало известно митрополиту: «Уж ежели и быть клятвопреступником перед царём-аспидом, то с основанием великим», — подумал Колычев. То обличительное письмо хранилось у царя за семью замками. Но однажды царь перечитывал его, перед тем как принять на беседу митрополита, и оставил на минуту без присмотра. Филипп вглядывался в то письмо, может быть, с минуту, и цепкая память учёного мужа прочно схватила и удержала жестокое речение князя Андрея Курбского. И когда Грозный повторил: «Говори же в своё оправдание, ежели есть что сказать», — Филипп ответил: «Есть».

Он поднялся на амвон, распрямился во весь свой немалый рост, расправил ещё крепкие плечи и произнёс, обращаясь к соборянам, кои заполонили храм:

   — Мне есть что сказать в свою защиту. Но я знаю, что сие тщетно. Я уже давно осуждён государем. Скажу вам другое. Из моих уст вы услышите обвинение царю. Вот письмо благочестивому государю от его прежнего любезного князя Андрея Курбского. Он же писал не токмо царю, но и в назидание потомкам. Потому слушайте и внимайте. Говорю дословно. «Царю, некогда светлому, от Бога присновеликому, ноне по грехам нашим омрачённому адскою злобою в сердце, прокажённому в совести, тирану беспримерному между самыми неверными владыками земли. Внимай! В смятении горести сердечной скажу мало, но истину. Почто истязал ты Сильных Вождей знаменитых, данных тебе Вседержителем, и светлую победоносную кровь их пролил во храмах Божиих? Разве они не пылали усердием к царю и отечеству? Вымышляя клевету, — Филипп говорил это в лицо Ивану Грозному и видел, как тот наливается злобой и ненавистью, — ты верных называешь изменниками, христиан чародеями, свет разума тьмою. Чем прогневали они тебя, предстатели отечества? Не ими ли разорены Батыевы царства, где предки наши томились в тяжкой неволе? Не ими ли взяты твердыни Германские в честь твоего имени? И что ты воздаёшь нам, бедным? Гибель?»

Соборяне слушали разоблачение Ивана Грозного затаив дыхание. Но опричники уже полуобнажили сабли, ждали знака царя, дабы броситься на дерзкого обличителя. А царь был словно заворожён силою гневного обличения.

   — «Но слёзы невинных жертв готовят казнь мучителю, — продолжал Филипп. — Бойся и мёртвых: убитые тобою живы для Всевышнего; они у престола его и требуют мести!» — Филипп замолчал, сложил на груди крестом руки и спокойно, с чувством жалости и превосходства смотрел на соборян и на царя.

Иван Грозный тоже смотрел на своих клевретов. Взгляд его и весь вид были требовательны, голова подалась вперёд, клин бороды нацелился в груди опричных бояр.

   — Что же молчите? — спросил он их наконец. — Или согласны с изветом, сочинённым клятвопреступником?

И первую плаху на лобный помост положил хмельной до чёртиков конюший Алексей Басманов:

   — Сей извратитель достоин смерти! Знаю князя Курбского, он слаб в словесах и не написал бы иезуитской клеветы! — Басманов подбежал к царю, протянул руку. — Дай, батюшка, твою сабельку, я проткну ему грудь, пусть он примет царскую смерть!

   — Что ты несёшь, негодный! Я не дозволю проливать кровь во храме! — И Грозный повернулся к судьям. — Слушайте, призванные к праведному суду! Ваш государь не умножит мнимых грехов истинным. Грешу! И потому быть митрополиту помилованным и завтра же моим повелением ему служить Божественную литургию в Успенском соборе.

   — Но он порочен, и мы лишаем его сана! — вознёс голос архиепископ новгородский Пимен.

   — Сказано мною: завтра ему служить в храме! — твёрдо повторил Иван Грозный и ушёл в алтарь.

В этот день митрополит Филипп вольно вернулся в свои кремлёвские палаты и там в полном одиночестве попытался разобраться во всём, что случилось на судилище и почему Иван Грозный не пресёк его бренный путь, как сделал сие с конюшими Михаилом Колычевым и Иваном Фёдоровым. Филипп заведомо знал, к чему повёл себя, когда возносил обличительную речь, какой подвох приготовил ему царь-иезуит. И несмотря на то что Филипп промаялся в догадках остаток вечера и бессонную ночь, его потуги раскрыть суть поведения Ивана Грозного оказались тщетны. Да вскоре всё завершилось так, как было задумано извращённым и коварным царём.

На другой день, ближе к полудню, пришли из Успенского собора священник и служители. Они принесли пищу, и митрополит утолил голод. Потом Филиппа облачили в святительские одежды по сану, и он ушёл вести обедню — главное дневное христианское богослужение.

И всё шло по чину. Христиане праздновали день памяти архистратига архангела Михаила. Служба шла при большом стечении верующих. И в самый разгар её, когда хор пел канон архангелу-хранителю, в собор ворвались опричники во главе с Алексеем Басмановым и Василием Грязным, за спинами коих шли опять-таки не только русские воины, но и татары и черкесы. Они окружили митрополита на амвоне. В храме возникло волнение, верующие попытались вырваться из него, но на пути к вратам их ждала преграда. Там плотной стеной стоял ещё отряд опричников. И послышались вопли, крики тех, кого опричники отгоняли от врат силой. Но всех остановило громогласие Басманова:

   — Слушайте, россияне! — крикнул он. И когда наступила тишина, Басманов поднял над головой бумагу и продолжал: — Вот царский указ о низложении митрополита всея Руси Филиппа Колычева. И потому мы срываем с него святительские одежды и предаём изгнанию с церковного трона!

Тут пробился к амвону Малюта Скуратов. Он схватил с груди Филиппа панагию и закричал:

   — И сделаю это я по повелению батюшки Ивана Грозного! — Содрав символ святительской власти, Малюта в ярости начал стаскивать с митрополита одежды.