Лодку подняли через две недели (14 сентября) с глубины 42 фута (12,8 м) и привели в порядок. Тем временем Ханли, узнав о катастрофе, решил взять дело в свои руки. Он сам приехал в Чарлстон, чтобы возглавить новый экипаж. Поднятая и отремонтированная субмарина 11 октября под его командованием успешно имитировала на реке Купер атаку стоявшего на якоре парохода «Indian Chief» (Индейский вождь).

Но спустя 4 дня вновь произошла катастрофа. Утром 15 октября во время очередного погружения лодка затонула. В 9.25 она отошла от причальной стенки и в 9.35 начала погружаться. Расстояние от причала составляло всего лишь 500 ярдов (457 м). Хорас Ханли находился на своем посту под закрытым передним люком. Второй офицер Томас Парк (сын совладельца завода, где построили эту лодку) находился под задним люком.

Судя по материалам расследования, Парк не успел заполнить водой кормовую балластную цистерну одновременно с носовой, которую наполнял Ханли (возможно, что командир слишком поздно приказал Парку сделать это). В результате субмарина, продолжавшая двигаться вперед, внезапно получила значительный дифферент на нос и стремительно пошла вниз. Со всего размаха она вонзилась носом в дно под углом 35 градусов.

Попытки экипажа всплыть оказались безуспешными. Вода из передней балластной цистерны разлилась в носовой части корпуса, а задняя цистерна не успела наполниться водой, так что откачивать было нечего.

Мощность «живого мотора» являлась недостаточной для того, чтобы вытащить лодку из грунта задним ходом. Отвернуть заржавевшие болты, державшие съемный киль, обезумевшей от ужаса команде тоже не удалось.

Только через три недели водолазы нашли лодку на глубине 50 футов (15,2 м). Когда паровой лебедкой ее вытащили на поверхность, то обнаружили, что внутреннее пространство в основном свободно от воды, и что команда погибла от удушья.

Одним из первых внутрь поднятой на берег лодки спустился военный комендант Чарлстона, генерал П. Бэригард (Р. Beauregard). Позже он вспоминал:

В конце ноября третьим по счету командиром невезучей субмарины стал пехотный лейтенант из 21-го Алабамского полка Джордж Диксон (George Dixon). Перед ним стояли две трудные задачи. Во-первых, набрать новый экипаж лодки, получившей широкую известность как «плавучий гроб» и «убивающая машина». Во-вторых, научиться управлять этой посудиной таким образом, чтобы она могла не только плавать, но и воевать.

Что касается первой проблемы, решить ее помогли деньги. Бизнес в Чарлстоне и его окрестностях погибал из-за блокады федерального флота. Поэтому местные предприниматели учредили солидный призовой фонд. Так, 100 тысяч долларов (2,5 миллиона по нынешнему курсу!) гарантировались экипажу миноносца («Давида» или «Ханли») за потопление броненосца «New Ironsides». Алчность победила страх. Желание стать подводниками выразили пять матросов парохода «Indian Chief», еще три добровольца прибыли из Мобайла.

Со второй проблемой Диксон справился путем тщательного изучения на практике технических и эксплуатационных особенностей субмарины. Он тренировал экипаж на мелком месте, при этом прочный трос соединял лодку с паровой лебедкой на берегу, готовый вытащить ее по первому сигналу. За два месяца Диксон довел время пребывания под водой до двух с половиной часов. Наиболее целесообразная тактика ее применения выглядела следующим образом.

Выйти на рубеж атаки в темное время суток, в позиционном положении. Избрать целью корабль, стоящий на якоре. Взять курс, перпендикулярный центральной части его борта, закрепить руль и погрузиться тогда, когда до него останется не более 300 ярдов (274 м). Бросить все силы людей на то, чтобы преодолеть оставшееся расстояние буквально одним рывком. Ударить шестовой миной в подводную часть корабля и немедленно дать задний ход. Разумеется, вероятность того, что лодка погибнет вместе с жертвой, была велика, но ни на что другое столь примитивная субмарина просто не годилась.

В начале февраля 1864 г. экипаж был готов к бою. Лодке дали имя «ХЛ. Ханли» в честь погибшего капитана Ханли. Вечером 17 февраля 1864 г. субмарина наконец-то отправилась в свой первый боевой поход. Приказ гласил: «Пройти к выходу из гавани и потопить любое судно противника, которое встретится».

Увлекаемая отливом, она проскользнула между островами Салливан и Палм. В двух с половиной милях от берега стоял на якоре паровой корвет федералов «Housatonic» водоизмещением 1964 тонны. Он дежурил у входа в канал, что ведет в Чарлстонскую бухту. Глубина в этом месте составляла 28 футов (8.5 м).

Корвет был спущен на воду в 1861 году, его размеры составляли 62×11,5×5 метров, а вооружение — 13 орудий, в том числе 5 крупнокалиберных.

Дальнейшие события очевидец описал следующим образом:

Корвет затонул. «Ханли» тоже не вернулась домой. Сначала предположили, что лодку втянул в пробоину поток хлынувшей воды, и она утонула вместе с кораблем.

Однако, когда после войны корвет подняли, лодку в нем не обнаружили. Тем не менее, легенда о жертве, погубившей своего убийцу, более 100 лет кочевала из книги в книгу вплоть до недавнего времени.

Лишь в 1979 г. специалист по подводной археологии Марк Невелл и писатель Клив Касслер начали целенаправленные поиски. Изучив ряд документов, они пришли к выводу, что подводная лодка после успешной атаки направилась назад на базу и даже обменялась световыми сигналами с одним из фортов конфедератов. Однако по неизвестной причине после этого она потонула со всем экипажем, поэтому её и нет на месте гибели «Хаузатоника». Искать лодку следует на пути, ведущем домой.