В ханстве Уйгуристан или Турфан, Мансур оставил в качестве наследника своего сына Шах-хана, который правил с 1545 до примерно 1570 года. Согласно Мин-ши (Тарихи Рашиди заканчивается на этом правлении), [1344] Шах-хан боролся против своего родного брата Мухаммеда (Ма-хей-ма), который захватил часть княжества Ха-ми и получил против него помощь Ойратов или Калмыков. После смерти Шах-хана в 1570 г., Мухаммед стал правителем Турфана, но вынужден был в свою очередь обороняться от третьего брата по имени Суфи-султан (Софей-Су-тан), который искал через посольство возможной помощи Китая. Источники молчат относительно судьбы чагата-идского ханства Турфана после него. Тем не менее, мы знаем, что в 1647 г. один из Турфанских султанов, которого Китайцы характеризуют как подлинного Чагатаида, направил посольство в Пекин. [1345]

Он повторил это в 1657 г.

В другом чагатаидском ханстве, а именно, в Кашгарии, Саид-хан имел в качестве наследника своего сына Абд ар-Рашида (1533-1565). Новый правитель немедленно поссорился с мощным семейством Дуглат. Он приказал убить одного из лидеров этого рода, Сейида-Мухаммеда-мирзу, дядю историка Хайдара-мирзы. [1346]

Сам Хайдар-мирза, который верно служил Саид-хану и завоевал для него Ладак, не чувствовал себя в безопасности. Опасаясь подобного исхода, он уехал в Индию, где он завершил свои дни, оставаясь правителем Кашмира. Согласно Зубдатат-Таварик, правление Рашида проходило под постоянным давлением со стороны Киргиз-Казахов Старшей Орды, которые захватили район Или и Иссык-Куля. Доблестный Абд-эл-Латиф, старший сын Рашида, был убит в бою против киргизского хана Назара. [1347]

Несмотря на все усилия, Рашид не смог воспрепятствовать Киргиз-Казахам овладеть значительной частью собственно Моголистана, то есть регионом Или и Кунгеса, прекрасно понимая, что его владения в Кашгарии уменьшились. Это явилось фактором, который значительно стеснил Хайдара-мирзу. [1348]

Рашид умер в 1565 г. Наследником, в качестве хана Кашгарии он оставил одного из своих сыновей, по имени Абд-эл-Керим, который еще правил в 1593 г., когда писал Ахмед Рази. [1349]

Вероятно, в это время "столицей" Кашгарии, и резиденцией хана, был Яркенд. Кашгар составлял удел одного из братьев Абд-эл-Керима, по имени Мухаммед. Вероятно, это тот самый Мухаммед, который в Яркенде наследовал Абд-эль-Кериму, когда португальский иезуит Белуа Гоэс пересек страну в конце 1603 г. Аксу был под управлением племянника, а Джалиш (Карашахр, "Сиалис" по Гоэсу) под управлением внебрачного сына Мухаммеда. Источники допускают ошибку в дальнейшей истории династии. Н. Элиас думает, что можно включить сюда некоего Исмаил-хана, который жил в третьей четверти XVII в., [1350] однако в это время чагатаидское ханство Кашгарии должно было уже распасться на под-ханства Яркенд, Кашгар, Аксу и Хотан, и реальная власть уже была в руках Ходжей.

Ходжи, в том смысле этого слова, которое оно имеет в Трансоксиане и в Кашгарии, были благие мусульмане, которые считали себя наследниками пророка Мохаммеда, или четырех первых арабских халифов. Бухара и особенно Кашгар считались районами, где насчитывалось наибольшее количество семей, имеющих такое происхождение. Тарихи Рашиди подчеркивает, что значительное влияние этих святых персонажей ощущалось уже на хана Саида (1514-1533). Он был настолько набожным, что хотел даже сделаться дервишем: надлежало явиться своевременно ходже Мохаммеду Юсуфу, прибывшему из Самарканда в Кашгар, чтобы ему помешать. Ходжа внушил хану, что он должен сделать свое спасение веку. [1351]

Хан Саид воспринял с не меньшим почтением другого ходжу, Хазрата Махдум-и-Нура, также известного как чудотворец и врач, и Тарихи Рашиди нам указывает о его апостольстве в Кашгарии к 1530 г., затем его отъезд в Индию в 1536 г. [1352]

С другой стороны, в 1533 г., согласно местным традициям, один видный ходжа, прибыв из Самарканда в Кашгар для ведения переговоров, которые хан добивался с Узбеками, "обосновался в стране, и от двух женщин, одна из Самарканда, другая из Кашгара, оставил двух сыновей; они передали взаимную ненависть своим детям, и Кашгария стала раздираться между двумя группировками, Актаглыками ("люди белой горы"), которые преобладали в Кашгаре и Каратаглыками ("люди черной горы"), которые преобладали в Яркенде". [1353]

Вне зависимости от более или менее легендарного происхождения этого деления, эти две группировки ходжей, разделенные на основе религиозных споров и личных противоречий, разделенные с конца XVI в. и в течение трех четвертей XVII в. имели эффективную власть в Кашгарии! Первые, т.е. Актаглыки, поддерживались Киргиз-Казахами Или, вторые, т.е. Каратаглыки, поддерживались Кара-Киргизами южного Тянь-Шаня. Что касается светского ханства семейства Чагатая, оно вынуждено было постепенно подпадать под опеку "мусульманского духовенства". Вероятно, к 1678 г., последний Кашгарский хан Исмаил решился отреагировать на ситуацию. Он преследует лидера партии Актаглыков, ходжу Хазрата Апака, или Хазрата Афака, но тот, как мы увидим, обратился за помощью к Джунгарам, т.е. к западным Монголам (Калмыкам), которые вошли в Кашгар, пленили Исмаила и назначили на его место Хазрата Апака.

Джунгарская помощь позволила Хазрату Апаку одержать верх и в противостоянии группировок, то есть победить Каратаглыков Яркенда и сделать этот город своей столицей. Кашгария вновь сумела объединиться, но осталась "теократическим мусульманским" государством и под протекторатом новой Монгольской империи Джунгаров. [1354]

Это явилось последней реставрацией монголов, которую нам остается проанализировать.

Империя, основанная в Китае Великим монгольским ханом Хубилаем, была, как мы видели, низвергнута в 1368 г. в результате восстания Китайцев, и наследник Хубилая, Тогон Темур, преследуемый Китайцами из Пекина, умер в Нин-чане, или Кэ-лу, на Шара-мурэне, 23 мая 1370 г., трагически переживая грандиозность этой катастрофы. [1355]

Китайская династия Мин (1368-1644), выставив Чингизханидов за пределы национальной территории, поспешила взять реванш и распространить своё влияние вплоть до Монгольской территории.

Сын Тогон Тимура, принц Аурширидхара узнав о смерти своего отца, принял в Каракоруме титул Великого хана. Он правил с 1370 по 1378 год с надеждой на то, что в один прекрасный день вернет китайский трон. Однако, напротив, он подвергся атаке Китайцев, которые без колебания, снова отбросили его на Монгольскую равнину. В 1372 г. их лучший генерал, Сиу Та, продвинулся в направлении Каракорума, но был остановлен на реке Тула. После смерти Аурширидхара, его сын-Токуз Темир ему наследовал в Каракоруме, в этой монгольской империи, уменьшенной до размеров национального государства (1378-1388). В 1388 г., китайская армия в сто тысяч человек вновь вторглась в Монголию и успешно противостояла войскам Токуз Темура в крупном сражении южнее Буир-нора, между Халха-голом и Керуленом. В результате этого разгрома, Токуз Темур был убит одним из своих родственников.