На парламентских выборах 1998 года Марчук был вторым номером в партийном списке СДПУ(о). Возглавлял парламентскую фракцию партии, которую оставил к началу президентской избирательной кампании 1999 года. Состоял в так называемой «каневской четверке», куда кроме него входили Александр Мороз, Александр Ткаченко и Владимир Олийнык.

Александр Мороз считает, что в «каневской четверке» Марчук выполнял чей-то заказ: «Я не хочу утверждать то, что не могу документально подтвердить, но имею основания думать о внешнем влиянии на изменение взглядов Евгения Кирилловича». Сам же Марчук в развале четверки обвиняет Мороза: «После нарушений Морозом договоренностей за несколько дней до выборов „каневская четверка“ перестала существовать».

На тех выборах Марчука поддержало Всеукраинское общественное объединение «В XXI век - с Евгением Марчуком», в которое входили СДС, ХНС, УРП, УСДП и некоторые другие политические партии. На самом деле в тот момент Марчук действительно мог оказаться компромиссной фигурой для значительной части и левого, и правого электората.

Однако за время своей политической карьеры он столько раз менял свои политические взгляды, что созданная им теперь новая партия вряд ли имеет шансы на выборах 2006 года. Некоторое время он пытался позиционировать себя как «сильную руку», «третью силу» - не в последнюю очередь калькируя ныне покойного генерала Лебедя. Но теперь это невозможно, поскольку за период работы в СНБОУ и Минобороны Марчук сильно связал свой имидж с имиджем Леонида Кучмы. Со временем речь зашла уже о «спокойной силе», а после того как он стал секретарем СНБО, появились шутки об «успокоившейся силе».

Находился в конфликте с семьей Деркачей. Именно их он обвиняет в раскручивании вокруг его имени скандала, связанного с продажей оружия. Он говорил: «Это провокация, которая организовывалась давненько, где-то еще год тому назад, и она была нацелена на то, чтобы отстранить меня от должности секретаря Совета национальной безопасности и обороны. Я очень серьезно мешал этому семейству, я имею в виду, и Леониду Деркачу, и особенно Андрею Деркачу. Моя служебная деятельность, которая связана с выполнением решения Совета национальной безопасности и обороны, поручением президента, наконец, разоблачила тайные схемы, нечестные операции с приватизацией стратегически важного для Украины объекта, такого, как „Эксимнефтепродукт“. За несколько сот тысяч гривен они, Деркачи, вместе со своими подельниками, стремились и, кстати, еще сегодня стремятся приватизировать объект, стоимость которого, как минимум, полмиллиарда долларов Соединенных Штатов».

Все это говорит о его серьезном конфликте с семьей Деркачей, старший из которых представлял ближайшее окружение президента Кучмы.

В то же время о самом Кучме Марчук отзывался достаточно тепло: «Я знаю президента с 1994 года. У меня были разные отношения, я имею в виду, я был и в отставке, и был политическим оппонентом на выборах, то есть я не могу сказать, что у нас были всегда такие очень ровные и беспроблемные отношения, но они всегда базировались на принципах порядочности и уважения друг к другу как к личности».

Хотя такую тональность он выдерживал далеко не всегда: «А кто-то может привести примеры каких-либо положительных преобразований, которые состоялись за время правления Леонида Кучмы или в экономике страны, или на внешней арене?»

После отставки с должности министра обороны Евгений Кириллович заявил, что ему «печально видеть, на каком политическом фоне завершает свое президентство Леонид Данилович Кучма». При этом свое пребывание в команде Кучмы господин Марчук объясняет так: «Я знал, что многие меня не поняли, не поняли, почему я пошел к Кучме. Да, Кучма был президентом, а я был секретарем, но я не для Кучмы занимался этими проблемами, а для государства. И многого удалось достичь. Когда я смотрю на эти четыре года, я думаю, что поступил правильно. Я с уважением отношусь к оппозиционерам и к оппозиции, но я бы не смог сделать столько, находясь в оппозиции».

Тон этих и многих других высказываний явно зависел от того, во власти или в оппозиции в тот момент находился Марчук.

Накануне победы на президентских выборах Виктора Ющенко он не исключал, что его опыт пригодится новой власти. «Я уже был на многих постах. И у меня нет какого-либо пиетета перед ними. По большому счету, не имеет значения, кто президент, когда ты знаешь, как нужно работать, и что надо делать. Я вижу, что у Ющенко могут возникнуть многие проблемы после победы, поскольку у него за плечами много фигур, которые могут стать проблематичными. Очень большая разница, когда идет революция, и когда начинается мирная жизнь», - заявил Евгений Марчук в интервью агентству «Главред» в декабре 2004 года.

Но его никуда не позвали. И тогда, как бы объясняя случившееся, он сказал: «Если Виктору Ющенко удастся поставить и удержать высокую планку для всего общества, чего не удалось Леониду Кучме, он постепенно получит поддержку всех людей, а это - залог успеха. Но это очень трудная задача и для президента и, в особенности, для команды. Коалиционное правительство - это хорошо для консолидации стабильных обществ. Но для нас сегодня, а для Ющенко в особенности, исключительно важной будет монолитность правительства как единой и жизнеспособной команды».

Однажды Евгений Марчук сказал: «Я посоветовал бы кое-кому больше думать о своем будущем, чем о моем прошлом». Вот и я поставлю точку в этом небольшом исследовании.

В первый год второго президентского срока Леонид Кучма решил серьезно улучшить отношения с Западом и назначил премьером Виктора Ющенко, а вице-премьером - Юлию Тимошенко, которые принялись за перестройку украинской экономики. Вскоре стал ясен смысл этих преобразований: сломать сложившуюся систему, когда все условия созданы исключительно для тех финансово-промышленных группировок, которые лояльно настроены к президенту. Но это неизбежно привело бы к изменению в раскладе политических сил, и президент превратился бы в марионетку в руках могущественного премьера. И тогда Леонид Кучма нанес превентивный удар: появились сообщения о том, что он давал деньги на предвыборную кампанию Владимира Путина. А авторитет российскою президента был тогда непререкаемым и в Украине.

Обеспечив таким образом тыл, Кучма пошел дальше. Он прекрасно понимал, что истинным мотором всех этих попыток отодвинуть его в сторону был отнюдь не Ющенко, а чрезвычайно активная Тимошенко. Именно по ней следовало нанести удар.

Вначале президент поручил премьеру «определить целесообразность наличия в правительстве должности вице-премьера по вопросам энергетической политики». Потом вспомнил о «серьезных нарушениях», выявленных в деятельности «Единых энергетических систем Украины», которую в свое время возглавляла Тимошенко, и потребовал вернуть государству «украденные» корпорацией 300 миллионов долларов. А в августе 2000 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело против заместителя генерального директора ЕЭСУ Валерия Фальковича и члена правления Александра Тимошенко, мужа вице-премьера, - «за хищение государственного имущества в особо крупных размерах». Оба были взяты под стражу. В довершение, главная военная прокуратура России с подачи Генпрокуратуры Украины возбудила уголовное дело против нескольких чиновников Минобороны РФ, подозреваемых в получении взяток от ЕЭСУ в 1996 году. В ноябре 2000 года в Киев приехали российские следователи, чтобы допросить в качестве свидетеля Юлию Тимошенко - по делу бывшего начальника главного управления военно-бюджетного финансирования Министерства обороны России генерал-полковника Георгия Олейника.

Решение президента отправить в отставку Тимошенко, которое состоялось в январе следующего года, оказалось серьезным поражением не только самой Тимошенко, но и премьер-министра Виктора Ющенко. Кучма неприязненно относился к Тимошенко с первого дня ее назначения вице-премьером, однако Ющенко неизменно оказывал поддержку своему заместителю. Тимошенко была для него не только человеком, добившимся наполнения бюджета за счет изменения схемы получения доходов от ТЭКа, но и своеобразным громоотводом, позволявшим ему выглядеть компромиссной фигурой.