Боярская республика, однако, не упускала возможности грозно заявить о своих правах на Восточную Приботнию. Русские войска приходили туда весь XV в. и требовали с населения дань — вплоть до старой границы по Ореховецкому миру 1323 г. Последний такой поход новгородцы совместно с карелами совершили на р. Ийоки (к северу от Оулуйоки) около 1478 г.: ходили «за обиду детей корелских и на воины своея», то есть для очистки северных территорий от проникавших туда шведов и финских колонистов, наносивших урон давно освоившим те же места карелам, в конечном итоге для удержания этих земель под своей властью.

Карелы являлись ценными союзниками Новгорода на Севере. Поэтому, когда в конце XIV — в XV вв. бояре создали вотчинный «пояс обороны» в Обонежье от притязаний московских великих князей, им пришлось учесть владетельные права «пяти родов» на Карельском берегу Белого моря. Из нескольких десятков частноправовых актов XV в. лишь в двух документах зафиксирована продажа здешних земель, воды и ловищ детей корельских новгородской знати. Основные приращения своего землевладения на Беломорье бояре осуществляли южнее устья р. Выг. Выгозерский погост был покрыт густой сетью боярщин, тогда как ни один из сотен источников XVI в., например, не упомянул их бывших вотчин на Карельском берегу, в Кемской и Шуерецкой волостях. Новгород оставил широкий выход к промысловым богатствам Белого моря своим вассалам-союзникам — от устья Выга на юге до Сон-реки (границы Керетской волости) на севере.

Московские притязания на новгородскую независимость вызвали некоторое изменение способа управления на Севере в последнее десятилетие существования Новгородской феодальной республики. Материалы сфрагистики указывают на то, что обширные регионы Подвинья и карельского Беломорья оказались под управлением наместника новгородского архиепископа в Двинской земле. В частности, скрепление его печатью частноправовых актов детей корельских и новгородских бояр узаконивало их сделки на местные владения.

Старания Великого Новгорода по укреплению системы управления не только на Севере, но и по всей Новгородской земле не остановили великого князя Ивана III Васильевича. В результате московского похода 1477-1478 гг. вечевая республика пала. С этого времени Карелия вошла в орбиту общероссийской государственности. Начался новый этап ее истории. Но основные достижения новгородского периода в социально-экономической и государственно-политической областях не забылись. Ростки государственного феодализма, торгово-купеческие связи, обеспечение надежного управления и военной защиты границы получили дальнейшее развитие в следующие века.

В последние десятилетия XV в. стремительно образовалось мощное суверенное государство — Россия. Этапным шагом в ее централизации явилось присоединение Иваном III Великого Новгорода к своей державе в феврале 1478 г. Еще через два года, в 1480 г., Москва освободилась от вассальной зависимости Золотой Орде. Карелия оказалась в сфере внимания общероссийской внутренней и внешней политики. Как и вся страна, край подвергся воздействию главных политических и социально-экономических тенденций, изменивших его прежнее историческое бытие.

Примерно к середине XVI в. в России произошел переход от порядков феодальной раздробленности к сословно-представительской монархии, а в дальнейшем, со второй трети XVII в., утверждался абсолютизм. Поэтому в центре и на местах постоянно видоизменялись приемы и сам характер властвования. На Севере утверждалась система государственного феодализма. Кроме того, в условиях возобновления русско-шведского соперничества Карелия оказалась важной в стратегическом отношении пограничной территорией. Внешнеполитическая конъюнктура заставляла центральное правительство в Москве внимательно учитывать местные особенности.

Кремль ценил северные земли и по экономическим причинам. Уже в середине XVI в. обширный и богатый регион Поморья — от Карелии до северного Урала — давал около половины всех государственных доходов, в основном — в виде различных налогов с черносошного крестьянства (в будущем — сословной группы государственных крестьян) и горожан-посадских. Товарно-денежные отношения поворачивали северян в сторону рынка в большей степени, нежели население частновладельческих вотчин. Довольно высокий местный производственный потенциал дополнялся немалыми выгодами от заграничной торговли России на Севере.

Все это ставило Карелию в ряд значимых для центра земель. Стремление Ивана III (1462-1505 гг.) и последующих русских монархов укрепить в них свою власть осуществлялось в первую очередь с помощью реформирования административно-территориального устройства и управления. Теперь властные институты на местах соблюдали интересы и обслуживали потребности внутренней, внешней и военной политики России.

После 1478 г. большая часть Карелии вошла в Новгородский уезд. Туда Иван III зачислил Заонежские погосты — земли бывших «боярщин» вокруг Онежского озера и Выгозера, на Олонецкой равнине и в Посвирье, а также Лопские погосты с беломорскими волостями Кемью и Шуей (в прошлом — владения «пяти родов корельских детей»). Область Корельского наместничества новгородских времен в 1500 г. он выделил в административно самостоятельный Карельский уезд с центром в городе Кореле. Керетская волость и земли саами на Крайнем Севере оказались в составе Двинской земли.

Основные органы управления Карелией находились в Москве и Новгороде и всегда оставались под жестким надзором русских монархов. Главными управленцами выступали наместники Новгорода. Они проводили в жизнь политику и интересы центральной власти. В наместники назначались бояре и окольничие, представлявшие в своем лице высшую управленческую элиту России — членов Государевой думы. Будучи кормленщиками, они ведали оперативным государственным управлением, творили суд, контролировали важнейшие военные и торговые коммуникации, получая с жителей корм и пошлины от суда и торговли.

Твердую власть над Новгородской землей с помощью наместников Москва дополнила новым приказным (пробюрократическим) способом управления — через новгородских дворецкого и дьяков Казны и Дворца. Приказные назначались Кремлем и властвовали вместе или параллельно с наместниками. Так, в Заонежских погостах дворецкий Новгородского дворца и его дьяки ведали местным землевладением. На основе указов из столицы они производили суд по возникавшим в данной сфере делам, разграничивали погосты и землевладения, наделяли монастыри вотчинами.

Дьяк Новгородской казны собирал налоги в городах. Кроме того, ему подчинялась на севере Карелии Кемская и Шуерецкая волости — обширная территория от Карельского берега Белого моря до фактической границы со Швецией. Его подьячий приезжал туда ежегодно, взимая налоги и проводя следствие по судебным делам и искам их жителей. Но сам суд над «лоплянами» дьяк Казны вершил в Новгороде. Наместникам же правительство запретило вмешиваться в управление, судить и собирать подати с населения этих земель. В 1539 г. по указу из Москвы власть дьяков Казны над Кемью и Шуей перешла в руки новгородских дьяков Дворца.

В конце XV — первой половине XVI в. новгородские наместники и дворецкие совместно осуществляли функции военного управления Новгородской землей. Им были подвластны местные военные — помещики. В случае войны власти Новгорода проводили их мобилизацию и командовали поместными войсками. Поэтому и поместное землевладение, и суд над помещиками находились в общем ведении наместников и дворецкого.

Своеобразный характер отличал дипломатические связи России с ее северо-западными соседями, прежде всего со Швецией. С восстановлением национальной шведской суверенной государственности в 1523 г. и по 1610-е гг. Москва отказывалась признавать Стокгольм равным себе партнером в переговорах. По понятиям и терминологии тех лет она приравнивала свою «честь» (международный вес) к «чести» Священной Римской империи. Швеции же «по старине» выпадала участь дипломатических связей лишь с «Новгородским государством» русских монархов. Безусловно, внешнеполитический курс России по отношению к Швеции вырабатывался в Кремле. Но официально главными лицами в связях со Стокгольмом выступали новгородские наместник и дворецкий, а с последней трети XVI в. — воеводы Новгорода. Именно они, от своего имени и за своими печатями (а не от имени русского монарха и его печатью), заключали государственные договоры и соглашения с королями Швеции.