11 июня Совнарком принял декрет о создании комитетов деревенской бедноты. Осуществление этого декрета раскололо деревню. Местным советским органам и большевистским организациям предлагалось создавать волостные и сельские комбеды, в задачу которых входило распределение продовольствия и сельскохозяйственных орудий среди нуждающихся крестьян, оказание содействия местным продовольственным органам в изъятии хлеба у кулаков. Развернулась широкая кампания травли трудового крестьянства, что вызвало недовольство в деревне. Левые эсеры стали призывать крестьян к саботажу декретов Совнаркома по продовольственной политике и организации комбедов. Им удалось склонить на свою сторону беспартийных делегатов на проходившем в Петрозаводске с 25 июня по 4 июля 1918 г. Чрезвычайном IV губернском съезде советов и провести по текущему моменту и продовольственному вопросу левоэсеровские резолюции. Съезд потребовал аннулировать Брестский мир и отказаться от создания комбедов. В избранный на съезде губисполком вошло 17 левых эсеров и 14 большевиков. Председателем губисполкома съезд избрал левого эсера И. В. Балашова.

6 июля 1918 г. в Москве и некоторых других городах левые эсеры подняли антисоветский мятеж, который сразу же был подавлен. Проходивший в те дни в столице V Всероссийский съезд советов осудил вооруженное выступление левых эсеров и принял первую Конституцию РСФСР, закрепившую победу советской власти в стране. Представители левых эсеров не вошли в состав нового советского правительства.

Как только в Петрозаводск пришла весть о мятеже левых эсеров в Москве, большевики стали добиваться изгнания их из местных советов. В ночь с 11 на 12 июля левые эсеры в Петрозаводске были разоружены, а 16 июля исключены из состава Олонецкого губисполкома, который объявлялся губернским революционным исполнительным комитетом. 17 июля председатель губревкома П. Ф. Анохин телеграфировал В. И. Ленину и Г. Е. Зиновьеву: «Окружной комитет коммунистов, Петрозаводский революционный комитет, военный комиссариат предложили левым эсерам оставить места в губернском исполкоме. Образован Олонецкий губернский революционный исполнительный комитет в составе фракции коммунистов».

Петрозаводская левоэсеровская организация отмежевалась от своего ЦК и осудила мятеж в Москве. Часть левых эсеров порвала связь с партией, а некоторые из них вступили в РКП(б). Вслед за ними в августе члены Петрозаводской организации социал-демократов интернационалистов подали коллективное заявление о приеме в партию большевиков, и окружком удовлетворил их просьбу. Одновременно шло очищение уездных и волостных советов от левых эсеров. Вместо них избирались большевики и сочувствующие им. Если на 1 апреля 1918 г. из 2 тыс. членов волостных советов Карелии большевики и сочувствующие им составляли 26%, то в августе-сентябре представительство их возросло до 61%. В результате большевики получили безраздельное руководство в местных органах власти. Отсутствие легальной оппозиции позволило им беспрепятственно проводить в жизнь декреты и постановления советской власти.

Кампания по организации комбедов проходила в острой политической борьбе. В деревнях не хотели разрушать мирские традиции общинности и поддерживали левых эсеров. В северных губерниях по указанию председателя Союза коммун Северной области Г. Е. Зиновьева в комбеды не допускали даже середняков. В течение лета и осени в Олонецкой губернии возникло более 1,6 тыс. волостных, сельских и деревенских комитетов бедноты. Комбеды развернули бурную деятельность по учету и распределению продовольствия, ссыпке семян в общественные амбары, установлению контроля за работой мельниц. В Петрозаводском, Олонецком, Повенецком и Пудожском уездах комбеды осенью 1918 г. взяли на учет около 210 тыс. пудов хлеба, 50 тыс. пудов картофеля, более 166 тыс. пудов сена. Все ресурсы продовольствия и товаров первой необходимости распределялись между нуждающимися под контролем комбедов. В результате зажиточные крестьяне и отчасти середняки лишились части своего урожая, что способствовало разжиганию Гражданской войны и усилению сопротивления властям.

На проходившем 3-6 ноября 1918 г. в Петрограде съезде комитетов деревенской бедноты Северной области собралось 15 тыс. представителей комбедов восьми северо-западных губерний, в том числе 1389 делегатов от Олонецкой губернии. В ходе опроса 718 делегатов от губернии, на вопрос анкеты: «Каковы функции комбеда?», 623 человека ответили: «Учет, реквизиция и распределение продовольствия», 43 — «Борьба со спекуляцией», 52 — «Ведение всех дел, кроме земельных». Пользуясь своими полномочиями, комбеды терроризировали трудовое крестьянство и сельскую общину, пока не натолкнулись на массовое сопротивление односельчан. Власти увидели, что сохранять комбеды дальше опасно, ибо они вмешивались в работу волостных и сельских советов и нередко подменяли их. Поэтому проходивший в ноябре 1918 г. VI Всероссийский съезд советов постановил упразднить комбеды, слив их с волостными советами.

В условиях начавшейся интервенции продолжалось осуществление аграрных преобразований. Крестьяне добивались прирезки земли к своим наделам за счет так называемых «нетрудовых земель», то есть частновладельческих, удельных, церковных, монастырских. В деревнях продолжался учет сельскохозяйственных угодий, вырабатывались нормы подушного надела. Однако работа подвигалась медленно, так как в губернском и уездных земельных отделах не хватало землемеров, ведущих отвод земли в крестьянское пользование. К концу 1918 г. по четырем карельским уездам Олонецкой губернии (Олонецкому, Петрозаводскому, Повенецкому и Пудожскому) было взято на учет 24,5 тыс. десятин, из них передано крестьянам 18 тыс. десятин, отведено под совхозы 4,5 тыс. и оставлено в качестве запасного фонда 2 тыс. десятин. Однако существенного увеличения крестьянских наделов не произошло.

Основная борьба развернулась за передел всех крестьянских угодий по едокам. Наиболее активно перераспределение земли и сенокосов шло в Петрозаводском, Пудожском и Олонецком уездах. Отчаянно сопротивлялись переделу земли зажиточные крестьяне, прибегавшие ранее к дешевой аренде или скупке земли у бедноты. При отводе земли во временное пользование возникало немало недоразумений и трудностей, поскольку в губернии не смогли выработать единой потребительско-трудовой нормы земельного надела. Каждый уезд предлагал свою норму. В итоге ломки земельных отношений пострадали зажиточные крестьяне. В то же время сотни и тысячи малоимущих через советы и комбеды получили прибавку к своим наделам и активно включились в политическую жизнь. В лице бедноты большевики получили опору в проведении своей политики на селе. К сожалению, произвол и притеснения в деревне не исчезли. Крестьяне так и не добились свободы вести хозяйство по своему усмотрению и пользоваться результатами своего труда.

К концу 1918 г. влияние большевиков в Олонецкой губернии заметно усилилось. Повсеместно действовали большевистские организации. Общая численность членов партии в декабре достигла 4,5 тыс. На местах выдвинулись сотни способных организаторов и вожаков масс, возглавлявших волостные и сельские советы и пользовавшихся заслуженным уважением среди населения. Однако основную часть новых руководителей составляли тогда малограмотные крестьяне-бедняки, не имевшие ни опыта в проведении политической работы, ни необходимых знаний. Всюду ощущался острый недостаток подготовленных работников, что, несомненно, отрицательно сказывалось на деятельности органов советской власти на местах. Упрочив свое положение в органах власти, большевики сосредоточили внимание на мобилизации всех сил и средств на отпор врагу.