Правительство Северной области заявило о формировании «боеспособной русской армии». Но крестьяне не спешили в ряды славяно-британского легиона. Объявленная в конце августа мобилизация мужчин в возрасте от 18 до 25 лет вызвала массовое недовольство. 3 сентября 1918 г. официальный орган Верховного управления газета «Возрождение Севера» вынуждена была признать: «Трудно передать настроение солдат. Тут и злоба на богачей, которые остаются в деревнях, и зависть ко всякому, кто может спокойно сидеть дома, и... упорное нежелание воевать. Жутко становится, когда послушаешь их речи. Одни ни за что не пойдут на войну — пусть лучше их убьют в деревне, другие пойдут, но при первом же случае перейдут к большевикам, чтобы опять восстановить «власть народа», власть «бедноты». Никакие уговоры о необходимости спасти родину, о пользе настоящей войны для них, северян, прежде всего, не действуют». Не случайно мобилизованные солдаты массами дезертировали или переходили на сторону Красной армии. В течение августа 1918 г. в «Российскую народную армию» из одной тысячи завербованных на фронт отправились лишь 250 человек.

С захваченной интервентами территории Мурмана и Карельского Поморья хлынул поток беженцев. Люди лесными тропами и через болота переходили линию фронта. На станциях железной дороги к югу от Сегежи и в Повенце скопились сотни измученных голодом рабочих, не желавших служить интервентам. Эвакуационная комиссия оказывала помощь беженцам и производила расчет с рабочими, вырвавшимися из-под власти белых. За сентябрь и октябрь 1918 г. через комиссию прошло до 7 тыс. беженцев.

В результате оккупации интервентами Карельского Поморья северо-западные карельские волости оказались в трудном положении. Помимо Финляндии и Северного белогвардейского правительства на них претендовали англичане, имея целью использовать карелов в борьбе против большевиков, а также для возможного отражения белофиннов и немцев. Командующий союзными войсками на Мурмане генерал Ч. Мейнард, заручившись поддержкой отрядов красных финнов и карелов в Кандалакше и Кеми, решил вытеснить белофиннов из карельских волостей.

Снаряженный союзниками карельский отряд численностью около 250 человек под командованием И. Ахавы и Г. Лежеева двинулся в начале августа 1918 г. из Кеми вверх по р. Кемь, занял Панозеро и Юшкозеро, 10 сентября — Ухту и 20 сентября — Костомукшу. Серьезное сопротивление ему оказали лишь белофинны и отряды самообороны (шюцкор) во главе с финским капитаном Т. Куйсма в районе Вокнаволока. Но понеся большие потери, белофинны оставили Вокнаволок и 2 октября ушли за границу. Также успешно действовал и отряд красных финнов на Кандалакшском направлении. В ходе боев почти все шюцкоровские формирования из местных крестьян перешли на сторону освободителей, а белофинны вынуждены были покинуть территорию Карелии, исключая Ребольскую волость.

В освобожденных от белофиннов Вокнаволокской, Ухтинской, Контокской, Олангской, Кестеньгской, Тихтозерской, Тунгудской и Вычетайбольской волостях карелы восстановили свое самоуправление. Белогвардейские власти и интервенты не вмешивались в его деятельность. К концу 1918 г. карельский отряд И. Ахавы превратился в полк, насчитывавший до 3,6 тыс. человек. Мурманский отряд красных финнов по-прежнему располагался в Княжой Губе и Кандалакше. В задачу их входила охрана границы от проникновения белофиннов и немцев. Карелы и красные финны вынуждены были идти на временный компромисс с англичанами, пока те снабжали их продовольствием и военным снаряжением и не пытались использовать в операциях на петрозаводском направлении. Такое положение сохранялось почти до весны 1919 г.

Возросшая военная опасность потребовала от советского правительства и местных органов власти осуществления энергичных мер, направленных на организацию отпора интервентам и белогвардейцам. Первостепенное внимание уделялось созданию боеспособных частей Красной армии, организации слаженной работы тыла, обеспечению нужд армии. Олонецкий губернский военный комиссариат, возглавляемый А. В. Дубровским, и уездные военные комиссары Ф. М. Федулов и Ф. И. Егоров в Олонце, Н. Г. Савин в Повенце, Н. Г. Куделин и Ф. М. Перепелкин в Пудоже развернули активную работу по формированию добровольческих отрядов. В Петрозаводске был сформирован особый коммунистический полк, насчитывавший до 800 бойцов. В губернии летом 1918 г. записалось в Красную армию 7 тыс. добровольцев. Наряду с этим шло создание регулярных частей Красной армии. Благодаря разъяснительной работе среди населения в октябре-ноябре удалось провести первые массовые мобилизации на военную службу, в ходе которых уездные военкоматы призвали в Красную армию около 8 тыс. человек. Из числа мобилизованных формируется Олонецкая дивизия, насчитывавшая до 5 тыс. бойцов.

Тогда же началось создание Онежской военной флотилии на случай выхода интервентов на побережье Онежского озера. Рабочие Александровского завода и речники переоборудовали пароходы и баржи, покрывали их броней, устанавливали на них орудия и пулеметы. Одновременно комплектовались боевые команды из военных моряков. Командовали военной флотилией вначале Д. И. Федотов, а с ноября 1918 г. — Э. С. Панцержанский. В годы Гражданской войны в полной мере раскрылись организаторские способности и талант Панцержанского. В последующем он командовал военно-морским флотом Украины и СССР. Флотилия базировалась в Петрозаводске, Лодейном Поле и Новой Ладоге.

Огромную помощь в защите Карелии оказали подразделения петроградских рабочих, направленные на наиболее опасные участки фронта. В июле 1918 г. из Петрограда прибыли Белгорайский и Ораниенбаумский полки, которые разместились в Олонецком и Повенецком уездах.

Первые мобилизации выявили, однако, и нежелание части крестьян служить в Красной армии. На этой почве в декабре 1918 г. произошли крупные выступления в Поросозерской, Рыпушкальской и Ведлозерской волостях. В ведлозерском восстании участвовало до 400 человек, которых возглавил крестьянин д. Устье Трифонов. Восставшие разогнали волисполком и ожидали поддержки из Финляндии. Выступившему из Олонца отряду под командованием уездного военкома Ф. М. Федулова удалось подавить мятеж, расстреляв организаторов восстания. Часть крестьян вместе с Трифоновым ушла в Финляндию. В январе 1919 г. подобное же выступление вспыхнуло в Пудоже, но восставших удалось уговорить и отправить в Петрозаводск, где они были включены в состав маршевых рот, направлявшихся на фронт.

Иностранная интервенция обострила противостояние богатых и бедных в деревне. Активизировались все те, кто был недоволен или обижен советской властью. Зажиточные крестьяне вели антисоветскую пропаганду, отказывались выполнять решения советской власти.

Особую остроту приобрел продовольственный вопрос. После заключения Брестского мира подвоз хлеба в центральные и северные губернии почти прекратился. Украина, Поволжье, Сибирь и Северный Кавказ оказались под властью немцев, англичан и белых. Зажиточные крестьяне скрывали свои хлебные запасы и отказывались продавать продовольствие по твердым ценам. В мае 1918 г. советское правительство ввело в стране государственную монополию хлебной торговли и предоставило Наркомпроду чрезвычайные полномочия, разрешив отбирать «хлебные излишки» у крестьян, прятавших свои запасы. Борьба за хлеб выдвинулась во главу угла. Поскольку центр не мог обеспечить северные губернии хлебом, на местах начали отбирать его у местных торговцев и зажиточных крестьян. Но хлеба все равно не хватало. Тогда стали создаваться продовольственные отряды для посылки в хлебородные губернии. Почин положили коммунисты Петрозаводска, которые 18 августа на своем собрании постановили организовать продовольственный отряд. Примеру рабочих Петрозаводска последовали жители Вытегры, Вознесенья, Лодейного Поля, Повенца и железнодорожники. В августе-сентябре из Карелии выехало в южные губернии 8 продовольственных отрядов численностью 437 человек. Продотряд из рабочих Александровского завода отправил из Курской губернии в Карелию 73, а продотряды Мурманской железной дороги — 46 вагонов хлеба.