Особняком в административном устройстве Карелии стояла Керетская волость и земли саами на Крайнем Севере. Там военно-поместные преобразования не проводились. Волость Кереть и саамские становища не подчинялись ни Новгороду, ни Холмогорам (центру управления Двинской земли, куда они входили территориально). В Керети государственную власть осуществляли местные данщики и слободчики, а у саами — Кольский данщик. Все эти управленцы назначались московским казначеем и только ему были подотчетны. Дело в том, что из Керети прямо в столицу поступал редкостный налог — десятая доля жемчуга, добывавшегося керетчанами в местных речках. Кольский данщик ведал саамскими промыслами жемчуга в северной Норвегии.

Помимо государственной администрации московские государи управляли Новгородской землей еще и через ее церковную структуру. В конце XV — первой половине XVII в. она включала новгородского владыку — архиепископа (митрополита) и руководящий штат Дома св. Софии: его бояр, дворецких, дьяков, посылаемых на места сборщиков церковных налогов — десятинников и управителей церковных станов (в Карелии — Олонецкого стана). Все они исполняли не только церковные, но и государственные полномочия по управлению, суду, сбору податей, проведению сысков и дозоров на обширных землях новгородской кафедры, в монастырях и церквах. Повсюду в Новгородской земле владыка контролировал религиозную жизнь: судил мирян, священников, монашество и причт по всем духовным делам; в его казну шли немалые церковные сборы и пошлины.

Крупнейшим административным преобразованием в Карелии явилось создание в 1495/96 г. в Новгородской земле пятин — пяти военно-мобилизационных округов. Основой военной мощи России на Северо-Западе становились поместные войска, которые срочно создавались взамен упраздненных отрядов новгородского боярства. Корельская земля от Ладоги до Белого моря, как и земли Ижорская и Водская, населенные родственными карелам народностями ижорой и водью, вошла в состав Водской пятины. Заонежские погосты стали частью Обонежской пятины, которая объединила древневепсские земли и старые торгово-промысловые пути к Белому морю. Проводить данную реформу в жизнь Иван III поручил своим «государевым писцам», в том числе в Водской пятине — Дмитрию Васильевичу Китаеву и в Обонежской пятине — Юрию Константиновичу Сабурову. Именно они «испомещали» первых помещиков, наделяя их землей бывших вотчин новгородских бояр, а в Передней Кореле — и старинного кормления Дома св. Софии по границе со Швецией. Но карельская феодальная знать под общим названием своеземцев сохранила вотчины в приладожской части Корельской земли.

Реформирование на территории Карелии продолжилось в самом конце XV в. В 1496 г. под руководством писца Ю. К. Сабурова на землях бывших боярщин в Заонежских погостах Новгородского уезда были образованы станы — округа сельских кормлений во главе с волостелями. Независимые в своей деятельности от наместников Новгорода, кормленщики-волостели получали корм с подвластного им населения.

В станах они ведали оперативным государственным управлением и судом. Сложные вопросы военно-поместной системы и фиска оставались в компетенции наместников и дворецкого Новгорода с их аппаратами власти. Материалы обонежских налогово-кадастровых переписей (письма) 1496 и 1563 гг., однако, не разграничивают территории станов и не дают представления о числе составлявших их погостов. Но ряд других источников XVI-XVII вв. позволяют прояснить эту проблему.

Выгозерский стан — самый северный в Заонежье. В грамоте Ивана IV-(не позднее 1543 г.) выгозерским губным старостам отмечены волости Выгозерского погоста, давшего название стану — Выгозеро, Сума и Нюхча. К стану относился и Шунгский погост (местные крестьяне Палеостровского монастыря в 1550 г. освобождались царем Иваном IV от суда выгозерского волостеля). Судя по грамоте царя Михаила Романова толвуйскому попу Ермолаю 1618 г., в стан входил и Чёлмужский погост. Наконец, Платежная книга (список податей) Заонежской половины Обонежской пятины 1628/29 г. зачисляла в Выгозерский стан Выгозерскую волость, Чёлмужский и Толвуйский погосты, а Шунгский погост относился уже к дворцовому Олонецкому стану. Таким образом, на протяжении почти всего XVI в. Выгозерский стан включал четыре северных погоста Заонежья: Выгозерский, Шунгский, Толвуйский и Чёлмужский.

Погосты Водлозерский, Пудожский, Шальский и Андомский на восточном побережье Онежского озера составляли Водлозерский стан. Три первых погоста охватывали бассейн р. Водлы, а четвертый — р. Андомы. Вместе с тем в жалованной грамоте Палеостровскому монастырю 1550 г. упомянуты водлозерский и пудожский волостели, причем последний контролировал Пудожский и Шальский погосты. Следовательно, к середине XVI в. здесь имелись два стана — Водлозерский и Пудожский, которые затем, с отменой кормлений, объединились в один Водлозерский стан.

Южные погосты (Вытегорский, Мегорский, Оштинский, Остречинский, Важинский и Веницкий) в XVI — первой половине XVII вв. входили в Оштинский стан. Черносошные крестьяне Пиркинского погоста на устье Свири после 1563 г. выплачивали налог «за наместнич доход», что говорит об их принадлежности к обширному кормлению новгородских наместников, а не к Оштинскому стану.

Дворцовый Олонецкий стан XVII в. не известен по источникам XVI в. По восточному берегу Ладоги тянулись земли старинного Олонецкого стана Дома св. Софии с центром в Ильинском погосте. Восточная же половина Олонецкого погоста вместе с Шуйским и частью Кижского погостов относилась к землям Дворца и дворцового ведомства Конюшенного пути. Тем самым их власти получали немалые подати, контролируя доходный олонецкий торгово-промысловый путь из р. Олонки к Повенцу через Заонежский полуостров и богатейшие рыболовные промыслы в северной части Онежского озера. Видимо, государев Олонецкий стан был образован при проведении дворцовой реформы 1584/85 г. в составе трех погостов: Олонецкого, Шуйского и Кижского, а с 1628/29 г. — и Шунгского.

Итак, административные округа-станы в первой половине XVI в. включали, главным образом, оброчные черносошные земли бывших боярщин Заонежья (кроме Пиркинского погоста). Их состав: Выгозерский, Водлозерский, Пудожский и Оштинский станы — не совпадал с территориально-становой разбивкой конца XVI-XVII вв.

Важнейшим преобразованием в Карелии стало создание в 1500 г. Корельского уезда из приладожских Передней и Задней Корелы. Они были выведены из Новгородского наместничества и уезда и отданы в управление вновь назначаемым, теперь уже из Москвы, наместникам г. Корелы. Как и в новгородское время, наместники Корелы являлись кормленщиками: в корм шла доля податей с населения Задней Корелы и частично — Передней Корелы. В своем уезде они самостоятельно осуществляли административно-судебные полномочия, но надзор за сферами землевладения и фиска делили с новгородскими приказными властями.

Первыми великокняжескими наместниками в Корелу Иван III назначил близкого своей семье князя Ивана Ивановича Пужбольского-Ростовского и опытного писца-администратора Ю. К. Сабурова. В 1505 г. наместниками стали видный дипломат Иван Иванович Ощерин (сын окольничего в Думе Ивана III) и Иван Иванович Бобров, чей брат занимал высокую военно-придворную должность оружничего великого князя Василия III (1505-1533 гг.). Наместники Корелы представляли младшие ветви знатных правящих родов России. Такое положение их в феодальной иерархии подчеркивало подчиненное положение Корельского уезда перед «старшим» Новгородским. И действительно, наместники Корельского уезда подчинялись властям Новгорода в сферах внешней и военной политики.