Активная и конструктивная позиция Карелии в конституционном процессе не осталась незамеченной. Не случайно именно в Петрозаводске 12 августа 1993 г. Президент РФ провел совещание с главами республик — субъектов Российской Федерации. Они заняли осторожную позицию, высказавшись за одновременные досрочные выборы парламента и Президента, что и было обещано сделать в июне 1994 г. На этом совещании Б. Н. Ельцин впервые выдвинул идею создания Совета Федерации РФ.

Но осенью 1993 г. политическое противостояние в Москве переросло в острый конфликт, не только вышедший за конституционные рамки, но и сопровождавшийся вооруженными столкновениями в столице. 21 сентября 1993 г. Президент РФ прекратил полномочия съезда народных депутатов и Верховного Совета РФ, ввел прямое президентское правление на период до избрания нового парламента — Государственной думы, выборы которой назначил на декабрь 1993 г. К этому же времени предполагалось завершить работу над новой Конституцией страны. Верховный Совет РФ и часть депутатов съезда квалифицировали действия Президента как государственный переворот, приняли решение об импичменте Б. Н. Ельцина и о вступлении в должность Президента РФ вице-президента А. В. Руцкого.

В связи с событиями в Москве Президиум Верховного Совета и Президиум Совета Министров РК выступили с совместным заявлением о том, что органы власти Республики Карелия как субъекта Российской Федерации будут действовать согласованно и в строгом соответствии с Конституциями Российской Федерации и Республики Карелия. 22 сентября 1993 г. Верховный Совет РК принял постановление «О политической ситуации в стране в связи с Обращением Президента Б. Н. Ельцина к гражданам Российской Федерации и принятием Указа Президента Российской Федерации «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации», в котором отмечалось, что Указ принят с нарушением положений действующей Конституции и Присяги Президента РФ, что в результате неконституционных действий Президента Российской Федерации и ответных мер Верховного Совета Российской Федерации сложилась критическая ситуация в государстве, на федеральном уровне сформировалось двоевластие, опасное для существования Российской Федерации. Верховный Совет РК потребовал от Верховного Совета Российской Федерации немедленного созыва Съезда народных депутатов Российской Федерации для принятия решений о проведении одновременных досрочных выборов высшего органа законодательной власти и Президента Российской Федерации, для отмены неконституционных указов Президента Российской Федерации, а также для подготовки в двухмесячный срок с участием субъектов Федерации законов о высшем органе федеральной законодательной власти Российской Федерации и выборов в него.

В связи с решением Конституционного суда РФ о неконституционности Указа Президента РФ «О конституционной реформе в Российской Федерации» он был признан не действующим на территории Республики Карелия. Верховный Совет предоставил Президиуму Верховного Совета РК право по обращению Совета Министров республики приостанавливать действие на территории Республики Карелия любых нормативных актов федеральных органов власти Российской Федерации в случае несоответствия их Конституции Российской Федерации и Конституции Республики Карелия с последующим утверждением, при необходимости, Верховным Советом Республики Карелия. Верховный Совет обратился к гражданам Республики Карелия с настоятельной просьбой соблюдать спокойствие и выдержку.

Собравшийся 23 сентября 1993 г. чрезвычайный съезд народных депутатов РФ призвал граждан России встать на защиту конституционного строя. По распоряжению Президента 25 сентября здание Дома Советов было блокировано. Начавшиеся по инициативе Патриарха Алексия II переговоры между конфликтующими сторонами к успеху не привели.

29 сентября 1993 г. Верховный Совет РК, признавая реальность развала конституционного строя Российской Федерации, вызванную действиями Президента РФ Б. Н. Ельцина, во избежание углубления конфликта и возможного его перерастания в вооруженное противостояние, в целях придания легитимности процессу преобразования власти в Российской Федерации и сохранения федеративного государства подтвердил свою позицию о необходимости скорейшего проведения одновременных досрочных выборов высшего органа законодательной власти и Президента Российской Федерации. В связи с заключением Конституционного суда РФ о неконституционности Указа Президента РФ «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации» Верховный Совет РК признал не действующими на территории Карелии положения «О федеральных органах власти на переходный период» и «О выборах депутатов Государственной Думы», введенные в действие указом Президента. Парламент Карелии обратился к Президенту и субъектам Российской Федерации с предложением принять следующие меры: а) незамедлительно созвать Совет Федерации для согласования Положения о выборах в Федеральное Учредительное собрание; б) провести выборы в Федеральное Учредительное собрание до 12 декабря 1993 года; в) Федеральное Учредительное собрание избрать для принятия законов о федеральных органах государственной власти и порядка выборов в них, а также назначения даты выборов.

Карельские депутаты потребовали немедленно прекратить блокаду Дома Советов Российской Федерации, снять все ограждения, включить свет, воду, отопление, предоставить свободу передвижения и прекратить ограничение прав и свобод народных депутатов. 1 октября 1993 г. Верховный Совет РК заявил о возможности проведения одновременных выборов в органы федеральной власти России при условии достижения согласия по выходу из политического кризиса между Верховным Советом Российской Федерации, Президентом и Правительством — Советом Министров Российской Федерации и при участии Совета Федерации.

3-4 октября в Москве произошли вооруженные столкновения, в ходе которых, по официальным данным, погибло около 150 человек. В связи с этими событиями Верховный Совет РК 8 октября 1993 г. принял заявление, в котором выразил соболезнование родным и близким погибших в трагические дни 3-4 октября в г. Москве и осудил всех виновных в прошедших кровавых событиях. Таким образом, в дни политического кризиса, вызванного противостоянием Президента и Парламента России, вышедшим за конституционные рамки, органы власти Карелии заняли достаточно взвешенную и конструктивную позицию, не допустили обострения общественно-политической ситуации в республике.

Результатом октябрьского политического кризиса стала ликвидация советской формы организации власти в стране. События 3-4 октября 1993 г. означали фактическое прекращение деятельности съезда народных депутатов и Верховного Совета РФ. 26 октября 1993 г. указом «О реформе местного самоуправления в Российской Федерации» Президент РФ прекратил деятельность местных Советов и до выборов новых представительных органов местного самоуправления передал власть главам местных администраций.

Указы Президента РФ, изданные после октябрьских событий 1993 г., предопределили два основных направления внутренней политики Карелии: организацию выборов в федеральные и республиканские органы государственной власти и реформу местного самоуправления.

Необходимость скорейшего введения общественно-политического развития в конституционные рамки вынудили Верховный Совет РК изменить свое отношение к указам Президента и принять решение о проведении 12 декабря 1993 г. досрочных выборов в федеральные органы государственной власти. Одновременно были приняты решения о проведении досрочных выборов в органы государственной власти и местного самоуправления Карелии, а также о проведении референдума по вопросам реформирования органов государственной власти республики. На референдум выносился один вопрос: «Считаете ли Вы, что высшее должностное лицо (глава исполнительной власти) Республики Карелия должно избираться населением Республики Карелия?»

12 декабря 1993 г. 69% избирателей республики, принявших участие в голосовании, поддержали предложенный проект Конституции РФ. 80% высказались за избрание Председателя Правительства РК непосредственно населением. При выборах депутатов Государственной думы РФ наибольшее число голосов в Карелии получили избирательные объединения «Выбор России», ЛДПР, «Женщины России». Коммунисты заняли только шестое место.