Существенные изменения в политической системе страны, принятие Конституции РФ потребовали обновления конституционного законодательства Республики Карелия, что и было сделано 24 декабря 1993 г. Новая редакция Конституции РК предполагала введение должности Председателя Правительства РК, избрание двухпалатного парламента, учреждение Конституционного суда РК и другие принципиальные новации.

Отныне в республике создавалось Законодательное собрание РК, состоящее из двух палат: Палаты Республики и Палаты Представителей. Палата Республики состоит из 25 депутатов, работающих на постоянной основе. К ведению этой палаты Конституция РК отнесла конституционное законодательство, утверждение государственного бюджета, принятие законов по республиканским налогам и сборам, назначение референдума, выражение недоверия главе исполнительной власти и руководителям республиканских органов государственного управления и т. д. Палата Представителей, состоящая из 36 депутатов, работающих на непостоянной основе, контролирует исполнение республиканского бюджета, рассматривает вопрос о чрезвычайном положении на территории республики, ратифицирует договоры и соглашения и т. д. Срок полномочий всех депутатов — 4 года. Принятые законы подписываются Председателем Правительства РК.

Исполнительная власть в соответствии с новой редакцией Конституции осуществляется Председателем Правительства РК и возглавляемым им Правительством РК. Председатель Правительства является высшим должностным лицом республики, определяет структуру республиканских органов исполнительной власти, решает кадровые вопросы. Он наделен правом законодательной инициативы, разрабатывает и вносит на рассмотрение Законодательного собрания РК проект государственного бюджета, обеспечивает его исполнение, разрабатывает и осуществляет программы экономического и социального развития республики, представляет республику во взаимоотношениях с федеральными органами государственной власти и иностранными государствами. В соответствии с итогами республиканского референдума Конституция предусмотрела, что Председатель Правительства РК избирается на 4 года населением республики на основе всеобщего, прямого и равного избирательного права при тайном голосовании.

Первые выборы Председателя Правительства РК и депутатов Законодательного собрания РК состоялись 17 апреля 1994 г. Председателем правительства РК стал В. Н. Степанов, получивший 68% голосов избирателей, принявших участие в голосовании. В выборах депутатов участвовало 42% избирателей. Палату Представителей Законодательного собрания РК возглавила В. Н. Пивненко, Палату Республики — И. П. Александров.

На выборах 1998 г. Председателем Правительства РК во втором туре избирается С. Л. Катанандов, получивший 49% голосов избирателей, принявших участие в голосовании. В. Н. Степанов получил 43%. Депутаты Палаты Представителей нового созыва избрали своим председателем В. Н. Пивненко. Палату Республики возглавила Н. В. Коцюба.

Политический кризис 1993 г. оказал весьма существенное влияние на систему местного самоуправления. В октябре 1993 г. Президент РФ прекратил деятельность местных советов, избранных в 1991 г., и возложил их функции на соответствующие местные администрации. Субъектам РФ рекомендовалось осуществить реформу местного самоуправления на основе утвержденного тогда же «Положения об основах организации местного самоуправления в Российской Федерации на период поэтапной конституционной реформы» и провести муниципальные выборы в декабре 1993 г. — июне 1994 г. на основе также утвержденных Президентом РФ «Основных положений о выборах в органы местного самоуправления».

12 ноября 1993 г. Верховный Совет РК утвердил «Основные положения реформы местного самоуправления в Республике Карелия», назначил выборы в органы местного самоуправления на 17 апреля 1994 г. (в Петрозаводске — на 12 декабря 1993 г.) и установил, что полномочия местных советов народных депутатов созыва 1990-1995 гг. сохраняются до избрания новых представительных органов местного самоуправления, если ими не было принято решение о самороспуске. Такое решение противоречило предписаниям федеральной власти, но было оправданным, поскольку способствовало сохранению политической стабильности в республике.

23 декабря 1993 г. Верховный Совет РК уточнил, что до избрания новых представительных органов местного самоуправления и глав местного самоуправления (глав администраций) полномочия выборных представительных органов местного самоуправления осуществляют советы народных депутатов (за исключением принявших решение о самороспуске), а функции глав местного самоуправления (глав администраций) — главы администраций, назначенные Председателем Совета Министров Республики Карелия.

В январе 1994 г. принимается Закон РК «О местном самоуправлении в Республике Карелия». Республика оказалась в числе первых субъектов РФ, принявших подобные законодательные акты. Наличие «хорошей правовой базы позволило местным Советам, избранным в апреле 1994 г. начать работу в нормальной обстановке. Реформа местного самоуправления в Карелии прошла намного спокойнее, чем в целом по России. Основные проблемы в деятельности органов местного самоуправления республики связаны не с организационно-правовыми, а с социально-экономическими факторами.

В 1990-е гг. в республике продолжало формироваться гражданское общество, характеризующееся становлением многопартийной системы, созданием условий для свободного вероисповедания, свободы слова и т. д. К концу этого периода в Карелии действовало 91 общественно-политическое и 107 религиозных объединений. Наиболее активными общественно-политическими движениями являлись республиканские структуры КПРФ, ЛДПР, движения «Яблоко» и некоторые другие. Они получили широкое представительство в Законодательном собрании и представительных органах местного самоуправления республики, что свидетельствовало об определенной поддержке их деятельности со стороны населения.

Религиозная ситуация на протяжении 1990-х гг. характеризовалась ростом числа верующих и появлением приверженцев новых конфессий. Наиболее влиятельной религиозной организацией остается Русская православная церковь. Петрозаводская и Карельская епархия включает 31 приход, 3 монастыря и 2 подворья. На протяжении 1990-х гг. епархии и ее приходам было возвращено более 40 зданий культового и иного назначения. К началу 2000 г. действовало более 40 храмов и молитвенных помещений. Продолжалось строительство новых и ремонт старых храмов. В 1993 г. восстановлен православный приход на о. Кижи. Важнейшее духовное и нравственное значение имеют восстановление Спасо-Преображенского Валаамского ставропигиального монастыря и Александро-Невского собора в г. Петрозаводске, освященного в июне 2000 г. патриархом Московским и всея Руси Алексием II и ставшего кафедральным собором епархии. Епископ Петрозаводский и Карельский Мануил в 1999 г. был возведен в сан архиепископа, что стало признанием его заслуг в восстановлении православия в Карелии.

Помимо Русской православной церкви в Карелии действуют общества Российской православной свободной церкви и Истинно-православной церкви. В 1994 г. в Петрозаводске зарегистрирован приход Римско-католической церкви. Устойчиво растет количество новых для республики конфессий, прежде всего протестантских. Так, второе место после Петрозаводской и Карельской епархии РПЦ по числу религиозных объединений занимает республиканское религиозное объединение церквей Союза христиан веры евангельской — пятидесятников. Растет число объединений и верующих Ингерманландской евангельско-лютеранской церкви, адвентистов Седьмого дня, свидетелей Иеговы, Новоапостольской церкви и церкви Христа (харизматов).

Одной из основных проблем общественно-политического развития республики в 1990-е гг. оставался национальный вопрос. Суть его практически не изменилась по сравнению с периодом «перестройки». Но решение национальных проблем во все большей степени переходило в практическую плоскость.