Большую часть святилища занимают внушительный храм Асклепия и большой алтарь. Храм окружен дорической колоннадой (6х12 колонн) с крыльцом (продромос) и задним крыльцом (опистодромос) – каждая с двумя колоннами. Размеры храма 13.7х27.9 м., его первоначальная высота – около 9 метров. В адитионе (дальней комнате храма) за каменным парапетом стояла статуя бога.

Асклепион состоит из почти квадратного участка размером 71.9х66.7 м. с четырьмя внутренними стоями, обращенными к центру святилища. Северная и южная стои имели по 23 коринфские колонны, поддерживающие антаблемент, состоящий из ионического архитрава и фризов с рельефами бычьей головы, перемежаемыми чашами с цветами. Восточная и западная стои имели по 21 колонне. Внешняя колоннада северной и южной части имели по 14 колонн, восточная и западная – по 13. Вдоль стои были возведены многочисленные статуи – в основном политических деятелей. Считается, что здесь размещалось около 140 скульптур.

Вдоль западного крыла был расположен ряд помещений (oikoi), которые, согласно Павсанию, содержали статуи божеств (с юга на север): Аполлон и Музы, Геракл, Эпаминонд, Фортуна (Тихе), Артемида Фосфорос. Благодаря надписи, начертанной на стеле в передней части комнаты К (самой северной) и датированной 42 г., мы знаем решение сената Мессены о поручении возвести стелу с указом: "возле храма Артемиды". Здесь же была найдена посвятительная надпись в честь Артемиды Фосфорос и Орфии, (II-III вв.).

Вдоль северного крыла Асклепиона размещено здание из двух крыльев, размещенных на высоком подиуме с монументальной центральной лестницей. На север имеется выход к пропилеиону. Это здание было определено как Себастеион или Цезареион. Найденные здесь надписи были посвящены богине Рома, олицетворяющей город Рим, а также римским императорам. Одна из найденных здесь надписей I в. гласит, что секретарь городского Совета (глава города) взял на себя заботу о возведении стелы, указав место: "возле Себастеиона".

В восточной части северной стои размещен ойкос с постаментом, где, вероятно, существовала статуя Асклепия и его сыновей.

Вдоль восточного крыла размещен комплекс из трех небольшой зданий: "малый" театр или "актовый зал" Экклезиастерион, который отделен от двух других зданий внушительным Пропилеионом, а также Булевтерион (Синедрион) и архив.

Экклезистерион представляет собой амфитеатр с полукруглой орхестрой, вписанный в прямоугольную структуру. Ширина сцены составляет 21 м. Нижняя часть сидений сохранилась лучше и состоит из одиннадцати рядов и делится двумя лестницами на три клиновидные сектора. Еще две лестницы поднимаются вдоль рядов по их краям. На восток имеются верхний и нижний выходы. Верхний является продолжением коридора, разделяющего верхние и нижние ряды и снабжен подпорной стенкой.

Пропилеион ведет от святилища на восток в гору, на запад – к храму Асклепия. Посередине он разделен поперечной стеной с тремя дверными проемами – большим центральным и двумя боковыми малыми. Сохранились пороги и крепления петель. На восточной стороне было крыльцо с четырьмя ионическими колоннами. Крыльцо, выходящие на Асклепион, имело две коринфские колонны, от которых сохранились только базисы. Оно было отремонтировано в III-IV вв. Между внешней стеной и поперечной стеной с тройной проем сохранился пол, состоящий из крупных квадратных каменных плит.

Пропилеион и Экклезистерион

Булевтерион имел размеры 20.8х21.6 м. и служил местом сбора синедриона, представляющего города Мессении. Он имел четыре внутренние колонны, поддерживающие крышу. Сохранилась небольшая часть пола из известняковых плит. С севера, востока и юга сооружение имело глухие стены толщиной 1.2 м. С западной стороны находились два входа с трехстворчатыми дверями. Вдоль трех глухих стен размещался непрерывный ряд каменных скамей со спинками и резными львиными лапами с каждой стороны. Общая протяженность этих скамей – 56 м., всего 76 мест для представителей городов – Синедриона Мессении.

Архив в юго-восточном углу Асклепиона имел размеры 16.5х19.8 м. Он был перестроен в ранневизантийский период, и для этого были использованы практически все детали строения эллинистического периода. Учитывая близость Булевтериона, предполагается, что это помещение имело также государственное значение. Об этом позволяет судить надпись напротив восточного входа, извещающая, что здесь помещался архив секретаря синедриона.

На северо-западе Асклепиона размещается колоннада святилища Артемиды Орфии размерами 8.4х5.6 м. Внутри размещается квадратная целла. По фасаду были найдены основания статуй. Вдоль северной стороны раскопано большое количество керамики, а также два клада бронзовых монет Мессены и серебряных монет Ахейского союза, относящиеся к середине 2 в. до н.э., а также большое количество терракотовых статуэток, большинство из которых изображали Артемиду-охотницу и Артемиду-факелоносца (Артемида Фосфорос). Культу Артемиды Орфии принадлежит найденная там же мраморная статуя 4 в. до н.э. и постамент от бронзовой скульптуры Артемиды 3 в. до н. э. Святилище перестало действовать после строительства Асклепиона, куда переведен был ее культ (помещение К).

В Мессене также обнаружены руины другого храма Артемиды – к северо-востоку от современного поселка, на склоне Итомы (в месте под названием Спелоуза). Надпись 3 в. до н.э. позволяет определить этот ионический храм как храм Артемиды Лимнатиды. Две частично сохранившиеся надписи содержат тексты союзных договоров между Мессенией и Македонией (314 г. до н. э.), Мессенией и царем Македонии Лисимахом (306 – 281 гг. до н. э.). В настоящее время раскопан алтарь и храм Артемиды, разделенный на пропилеи и целлу.

На восточной стороне Асклепиона на длину около 80 метров вскрыта широкая улица, ориентированная с севера на юг. Ширина улицы 12 метров, она имеет дренажную систему и составлена крупными известняковыми плитами. Данную улицу пересекает другая, идущая между северной стороной Асклепиона и южной стороной агоры. Недалеко от перекрестка была найдена база и колонна к нему высотой 1,4 м. и диаметром 0,5 м., тройственное изображение Артемиды высотой 0,7 м. и надпись, определяющая принадлежность скульптуры к Гекатиону.

Также у пересечения дорог и на востоке Асклепиона был обнаружен густонаселенный квартал поселения V-VII в., тянущийся на юг вдоль дороги и на север до агоры. Это раннехристианское поселение включало две базилики, построенные на агоре. В этом поселении обнаружено более 40 христианских погребений с керамикой и бронзовыми фибулами в качестве погребальных даров. Стены домов были сооружены наспех из повторно используемого материала. Среди камней, уложенных в стены, были найдены два женских торса из мрамора, датированные 2 в. до н.э.

В восточной части улицы найден прямоугольный погребальный памятник эллинистических времен со множеством погребальных камер. Согласно надписи, здесь были захоронены шестеро мужчин и четыре женщины, которые, вероятно, погибли во время захвата Мессены тираном Спарты Набисом в 201 г. до н. э., во время неудачной попытки Деметрия взять город в 214 г. до н. э., а также позднее – в римский период. В могилах были терракотовые и стеклянные вазы, металлические предметы, золотые украшения, костяные булавки. Также здесь располагаются три урны, датируемые I в. до н. э., содержащие кремированные останки.