Царевна Софья и сам Петр I направляли в уездные центры страны своих сторонников — для обеспечения твердого контроля за всей территорией государства. Поэтому в 1691-1693 гг. воеводой Олонца являлся стольник Леонтий Афанасьевич Стрешнев (родственник царского свойственника по бабушке боярина Тихона Никитовича Стрешнева), а в 1694-1695 гг. — генерал-майор и воевода Клаус Андреевич Регельман (из компании окружавших молодого Петра «немцев»). Заканчивал же век на воеводстве Василий Никитович Зотов (1696-1700 гг.) — сын ближайшего приверженца царя, его воспитателя и первого учителя, затем «князя-папы всешутейского собора» Никиты Моисеевича Зотова.

Перед воеводами Олонца поначалу встала на первое место военная реформа, повышавшая боеготовность пограничья. Население же попало под более пристальный надзор не только в сферах оперативного управления, суда и фиска, как ранее, но теперь уже и непосредственно в области военной политики. В целом усиление воеводской власти шло в русле закрепостительной тенденции во внутренней политике, отчетливо проявившейся уже в середине XVII в. Олонецкие воеводы становились главными воинскими начальниками жителей в уезде. Одновременно исчерпало себя старое военное и податное пятинно-становое устройство Карелии, ориентированное на прежнее административно-территориальное деление и подчинение Новгороду.

Тяготы военной службы все ощутимее сказывались на благосостоянии основной части жителей. Освобождение от налогов не спасало от урона местное сельское хозяйство, промыслы и торговлю. Кроме того, в годы новых войн с Польшей и Швецией (1650-е гг.) полки нового строя из Карелии привлекались к боевым действиям. В боях были убиты, ранены или попали в плен около 1200 солдат и драгун. К середине же 1660-х гг. появились разорившиеся на воинской службе крестьяне, размещенные в уезде «корельские выходцы», бедняки, которых не брали в солдаты. Все вместе они составляли до половины всего взрослого мужского населения Олонецкого уезда.

В 1666 г. «пашенная служба» в Карелии была отменена. Способствовали этому обнищание многих крестьян, низкая собираемость налогов, отчего все большие суммы на жалованье приходилось присылать из центра, неоднократные челобитья-протесты жителей на имя царя о бедственном положении и, наконец, нормализация внешнеполитической и военной обстановки в Балтийском регионе: Россия заключила очередной «вечный мир» со Швецией и вела переговоры о мире с Польшей.

Упразднив полки, правительство возобновило налогообложение бывших солдат. Номинально общие подати возросли в три раза: 19 000 руб. в 1666 г. против 6355 руб. в 1640-х гг. Но необходимо учесть, что к 1666 г. в России потерпела крах денежная реформа (введение медных денег по номиналу серебра), в результате которой монета значительно обесценилась. Поэтому «тройное тягло» фактически не превышало размеры прежних податей полновесными рублями. Однако из-за бедственного положения население не могло выдержать давления восстановленного налогового пресса. Разорение продолжалось и появились новые челобитья-протесты.

Крепостническая политика царизма 1650-1660-х гг. резко усилила социальные противоречия. В 1667 г. началось казачье движение на Дону под предводительством Степана Разина. С 1669 г. оно приняло характер антифеодального восстания, а затем — и войны против господ-притеснителей. В Карелии в 1668 г. вспыхнуло Соловецкое восстание. Напуганное грозными известиями, московское правительство вынуждено бы прислушаться к крестьянским челобитьям. В 1669/70 г. оно отменило тройное тягло в Олонецком уезде, восстановив налоговый сбор в 6355 руб., но теперь уже обесцененными деньгами. И все же недоимки с разоренной части населения продолжали накапливаться, и в 1673 г. царь Алексей Михайлович списал этот долг ввиду крестьянской скудости.

С сентября 1679 г. в России вводилось новое подворное налогообложение: фискальной единицей становился двор, а не семья. В Олонецком уезде все денежные налоги заменялись сбором с каждого двора фиксированной стрелецкой подати, хлебная часть которой, в расчете на двор, в два раза превышала один из прежних сборов «посопный хлеб». Население ответило возрождением «большой семьи», состоявшей из двух и более малых семей близких родственников, живущих одним двором. И в расчете на экономически самостоятельную малую семью подати уменьшались.

Фискальная сторона внутренней политики правительства во второй половине XVII в. по-прежнему отражала его отношение к той или иной территории, к различным слоям общества. Царь Федор Алексеевич (1676-1682 гг.) проводил политику «советования» с властями земского самоуправления и верхушкой посада. Так, 5 сентября 1679 г. «царь указал, а бояре приговорили» принять «новый гостинный оклад». Суть предложения купцов-«гостей» сводилась к пропорциональному уравнению налогообложения между городами и уездами страны. Соответственно, подати снижались в тех землях, которые ранее несли наибольшую налоговую нагрузку, — за счет увеличения суммы налогов с наименее налогообложенных уездов. Например, налоги с уездов Поморья снижались в целом в полтора раза.

Олонецкий уезд изменения не затронули. Дьяки приказов Стрелецкого и Большой Казны высчитали, что местный уровень налогообложения по новой переписи равнялся среднестатистическому раскладу податей по всей стране: с 9984 дворов уезда пошли подати в размере 6081 руб. и 4992 четвертей хлебом (рожью и овсом пополам). Хлеб отдавался на жалованье олонецким стрельцам, а деньги — в Стрелецкий приказ на содержание стрелецкого войска. В расчете на один двор налоги — по 0,6 руб. и полчетверти хлебов — равнялись сборам в соседнем Кольском уезде (по 0,8 руб., но без хлебных выплат). Сбор налогов возлагался на свободно избираемых населением городов и волостей старост и «лучших людей» из всех имущественных слоев. Данное требование царского «наказа» олончанам призвано было гарантировать справедливость раскладки: чтобы никто не остался перед другим ни «во льготе», ни «в тягости» и «возможно было заплатить всякому человеку свою долю без доимки» (то есть полностью).

Вершиной фискальной пирамиды для северных земель при царе Алексее Михайловиче являлся Посольский приказ, чьим отделением была Новгородская четверть. Она аккумулировала все собираемые на Севере четвертные налоги, перечисляя их часть на содержание дипломатического аппарата. С 1676 по 1689 г., при царе Федоре Алексеевиче и правительнице Софье Алексеевне, подати пошли в приказ Большой Казны. Царь Петр Алексеевич (1689-1725 гг.) восстановил прежний порядок, отдав четвертные «денежные и иные доходы со всеми таможенными и кабацкими сборы» с приграничных северных и западных земель России в ведомство государственного Посольского приказа через подчиненные ему отделы-приказы — Новгородский (бывшую Новгородскую четверть) и другие бывшие четверти, Малороссийский, Великороссийский и приказ великого княжества Смоленского. Такой порядок продержался до конца XVII в. Налоговые материалы свидетельствуют о внимательном отношении московских властей к пограничным Олонецкому и Кольскому уездам. Москва не допускала чрезмерного увеличения тут налогового бремени. Посольский приказ контролировал сборы налогов и расходы в пограничных землях. Кремль продолжал ценить приграничье, оберегая его от разорения. Но прислушиваться к нуждам северян, вносить спокойствие заставляло и движение раскола, охватившее Север с середины 1660-х гг.

Крупнейшее религиозно-социальное «нестроение» в России второй половины XVII в. начиналось расколом в Русской православной церкви. Соловецкое восстание 1668-1676 гг. и массовые самосожжения — гари — получили общероссийский отклик, трагически запечатлевшись в народной памяти. Раскол имел корни и в политике верхов, и в жизни на местах.

Со времени Крещения церковные обычаи и установления в России приобрели некоторую самобытность, отличную от требований действующего устава Константинопольской патриархии. Правящие же круги и население воспринимали церковное устройство собственной страны как само собой разумеющийся миропорядок. Приверженность к самобытности особенно усилилась после падения в середине XV в. Византии и создания суверенного Русского государства. Но взгляды верхов изменились, когда к середине XVII в. перед Россией встал вопрос о «киевском наследстве» — присоединении земель Украины и Белоруссии, бывших тогда под владычеством Речи Посполитой.