Дело в том, что к середине XVII в., в царствование Алексея Михайловича (1645-1676 гг.), положение в Новгородской земле стабилизировалось после разрухи. Новгородчина окрепла и могла взять на себя заботу о материальном обеспечении властей и гарнизона Новгорода. Отпала необходимость в дальнейшем существовании дворцового округа с льготным налогообложением в отдаленном Заонежье. И его людской и хозяйственный потенциал было решено использовать для создания из местных крестьян полков пашенных солдат (пехотинцев) и драгун (кавалеристов). Выяснив с помощью комиссии, что зажиточные и середняки согласны перейти в солдаты, и лишь часть беднейших жителей противится нововведению, Москва и провела в 1648-1649 гг. намеченную военную реформу в Заонежских и Лопских погостах.

Вообще создание полков нового строя осуществлялось в общероссийском масштабе и являлось попыткой государства создать регулярную армию по примеру Западной Европы. В соответствии с реформой крестьяне Карелии (кроме бедняков и увечных) в возрасте от 20 до 50 лет поступали на военную службу, в счет которой они освобождались от выплат всех основных налогов, а обеспечивались продуктами и доходами с собственного хозяйства. Реформу начали на землях бывшего кормления Дома св. Софии на Олонце, упраздненного в 1648 г. Местных крестьян записали в драгуны, и они приступили к охране русско-шведской границы. В 1649 г. в солдаты перевели крестьян Заонежских и Лопских погостов.

Конечно, у местного населения имелся богатый опыт проживания в неспокойном приграничье. «Новому строю» же их обучали нанятые правительством за границей военные специалисты — офицеры и сержанты. На их содержание в Карелию с 1649 г. казна распорядилась отпускать от 5 до 15 тыс. рублей в год (в основном деньги шли из местных кабацких сборов, а недостача присылалась из Москвы и Новгорода). Иноземцы проводили постоянные смотры и учения. За «государеву службу» (участие в боях, в осадах городов и «осадном сидении» по своим городам, нахождение в приграничных крепостях и ранения) солдатам и драгунам выдавалось жалованье из тех же источников, что и офицерам.

Первоначально в Карелии было развернуто два полка — полковников Александра Гамалтона и Мартина Кармихеля (позже — Вальтера Кармихеля). В 1657/58 г. появился полк Томаса Краферта. С 1659/60 г. командирами первых двух полков являлись Яган Трейден и Томас Гейс. Со временем «учительными и начальными людьми» на должности майоров, капитанов, поручиков и прапорщиков в полки стали назначать не только иностранцев, но и русских; звания подполковников давались толькоиностранным военным. За выслугу лет полагалось продвижение по службе и повышение жалованья. Таким образом проводилось обучение не только солдат, но и представителей русского дворянства премудростям западной военной науки. Недостаток данной системы заключался в отвлечении солдат на повседневный труд в своем хозяйстве. Кроме того, в 1648-1649 гг. жителей края мобилизовывали на строительство новой Олонецкой крепости. И все же в 1655/56-1661/62 гг. олонецкие полки, участвуя в русско-польской и русско-шведской войнах, показали неплохую выучку.

Основание города Олонца являлось следствием крупнейшего административного преобразования в Карелии XVII в. — создания Олонецкого уезда. В 1649 г. все Заонежские и Лопские погосты были выведены из состава Новгородского уезда и объединены в одно воеводство с центром в городе Олонце. Сам «город» (крепость) Олонец возвели в 1648-1649 гг. на стрелке при впадении р. Мегреги в р. Олонку.

Бревенчатая Олонецкая крепость представляла собой довольно мощное фортификационное сооружение. Ее рубленые стены имели 19 башен, с трех сторон их окружали воды двух рек, а с четвертой — глубокий ров. Крепость внутри перегораживала еще одна стена, делившая укрепления на Больший город и Меньший город. Около крепости располагался посад. В пожар 1668 г. эта крепость сгорела и на ее месте в 1670-1672 гг. построили новую, уже при 13 башнях и без внутренней стены. Крепость строили жители всех Заонежских погостов: одни заготавливали и везли бревна, другие принимали участие в строительных работах, третьи оплачивали труд мастеров-строителей. Часть суммы (для покупки кирпича и извести на возведение каменных зданий в городе, всевозможных изделий из железа и меди) предоставила казна. Крепость выдержала осаду шведских войск зимой 1656/57 г. В следующем году частично разрушенные укрепления («быки и тарасы») отремонтировали за счет «мирских разметов» и налоговых поступлений.

Создание большого города с крепостью обычно требовало и назначения туда воеводы — воинского начальника и гражданского администратора. В подчинение ему определялась обширная сельская округа, составлявшая вместе с городом самостоятельную административную область — Олонецкий уезд, однако, вошли не только обособленный с XVI в. дворцовый округ Заонежских погостов, но и смежные с ним Лопские погосты. Челобитье-протест «лоплян» о несогласии с решением Москвы подчинить их Олонцу не возымел никакого действия. Для столицы политическая выгода была очевидна: почти вся российская часть приграничной Карелии — от Посвирья на юге до озер Куйто на севере — оказалась под единым централизованным управлением.

Через олонецких воевод правительство впервые получило возможность постоянно контролировать население и территорию этой северной окраины России. Воеводы имели и серьезные внешнеполитические (дипломатические) полномочия, поскольку по условиям Столбовского мира 1617 г. спорные дела, возникавшие между приграничными жителями России и Швеции, вершились обоюдно властями порубежных городов обеих держав. Система государственного управления России учитывала такой порядок: Новгородская четверть, надзиравшая за северными землями, как и вообще все приказы-четверти, а также Смоленский, Великороссийский и Малороссийский приказы, являлись отделениями главного внешнеполитического ведомства страны — Посольского приказа, и назначавшиеся в пограничные уезды воеводы входили в состав его номенклатуры.

Значимость поста олонецкого воеводы подчеркивалась назначением туда во времена царя Алексея Михайловича (и по 1677 г.) старшими воеводами лиц в правительственных чинах окольничих и думных дворян, то есть членов высшей управленческой элиты тогдашней России — Государевой думы. Им «в товарищи» назначались менее родовитые воеводы. Первый старший воевода Олонца окольничий князь Федор Федорович Мерин-Волконский в 1650 г. был сменен окольничим Василием Александровичем Чоглоковым, пребывавшим на воеводстве по 1658 г. и в 1663-1667 гг. Затем в Олонце воеводами побывали думные дворяне Замятия Федорович Леонтьев (1.667-1669 гг.), Иван Иванович Баклановский (1669-1672 гг.), Богдан Иванович Ордин-Нащекин (1672-1675 гг.) — родственник главы Посольского приказа, «печатника» (канцлера) и личного друга царя боярина Афанасия Лаврентьевича Ордина-Нащекина. В 1675-1677 гг. воеводствовал думный дворянин Иван Иванович Чаадаев. Только два старших воеводы не входили в этот «правительственный» разряд: Петр Пушкин, в 1656-1657 гг. командовавший войсками Олонецкого уезда во время войны со Швецией, и воевода князь Терентий Васильевич Мышецкий (1659-1663 гг.), которому Москва поручила разместить в Олонецком уезде несколько сотен семей карелов, бежавших из Кексгольмского лена после отвода оттуда русских войск.

В последнюю четверть XVII в. пост воеводы Олонца, как и вообще всех уездных центров России, за исключением главных городов (таких, как Новгород, Псков, Смоленск, Киев), занимали лица в придворных чинах стольников. И лишь в непредсказуемом для центральной власти 1689 г., принесшем победу юному царю Петру Алексеевичу, правительство царевны Софьи (правительница в 1682-1689 гг.) успело назначить в Олонец думного дворянина Ивана Богдановича Ловчикова (1689-1691 гг.).