В 1949 г. КФб АН преобразована в Карело-Финский филиал АН СССР, что способствовало расширению объема научно-исследовательских работ. Силами научных учреждений Москвы, Ленинграда и Петрозаводска было организовано комплексное изучение природных условий и естественных богатств Западной Карелии с целью определения перспектив хозяйственного освоения этого района. Совместно с научными сотрудниками Центрального музея почвоведения в Ленинграде ученые филиала АН провели исследование почвенного покрова и агропроизводственных свойств почв Карелии. Институтом геологии проделана работа по изучению геологического строения территории республики и ее минерально-сырьевых ресурсов. В составе Карельского филиала АН появились новые институты, созданные на базе лабораторий и отделов, — Институт биологии (1953 г.), Институт леса (1957 г.), Институт геологии (1960 г.). За успехи в научных изысканиях почетного звания заслуженного деятеля науки республики в числе первых удостоены член-корреспондент АН СССР языковед Д. В. Бубрих, доктора биологических наук С. В. Герд и профессор И. Ф. Правдин, геолог профессор П. А. Борисов, гидролог С. В. Григорьев, доктор исторических наук профессор А. Я. Брюсов и др.

В 1950-1960-е гг. благодаря усилиям ученых нашли широкое применение на практике научные рекомендации по механизированной послойной заготовке торфяных удобрений, повышению эффективности использования минеральных удобрений в сельском хозяйстве, внедрению рациональных приемов лесовосстановительных работ и повышению продуктивности лесов. По инициативе отдела гидрологии предпринято комплексное изучение вод Ладожского озера, позволившее выявить его термический режим и степень загрязненности. Работы экспедиции имели практическое значение для рыбного хозяйства республики, водоснабжения населенных мест и промышленных предприятий, для гидротехнического строительства. В середине 1960-х гг. силами ученых Ленинграда и Петрозаводска была организована Онежская экспедиция, осуществившая комплексное исследование Онежского озера в связи с хозяйственным использованием его природных ресурсов.

В Институте языка, литературы и истории организовано планомерное изучение истории, археологии и этнографии Карелии, особенностей карельского, вепсского, саамского и финского языков, литературы республики и народно-поэтического творчества финно-угорских народов, а также литературы и истории соседней Финляндии. Учеными института были подготовлены диалектные словари карельского и вепсского языков, ингерманландского говора финского языка, «Грамматика финского языка» и «Русско-финский словарь», «Очерки истории Карелии», «Очерк истории советской литературы Карелии» и другие работы.

На развитии науки, как и в других областях культурной жизни республики, в 1940-1950-е гг. сказались жесткий идеологический контроль, ограничение тематики исследований. В особой степени они затронули общественные науки. На съезде Компартии республики в апреле 1949 г. подверглась критике рукопись первого тома «Истории Карелии», в котором «не были использованы высказывания классиков марксизма-ленинизма применительно к древней истории, не давалась большевистская критика реакционных шовинистических теорий финских националистов». Политическими были названы ошибки в работе сектора литературы ИЯЛИ, где «не проводилась разница между социалистическим реализмом и реализмом прошлого». Был подвергнут критике как последователь сравнительно-исторического метода в языкознании, основатель советского финно-угроведения член-корреспондент АН СССР Д. В. Бубрих.

Волюнтаризм в руководстве наукой сказался и в реорганизации Карельского филиала АН в 1963 г. В соответствии с решениями ноябрьского (1962 г.) пленума ЦК КПСС институты Карельского филиала АН СССР были переданы в ведение государственных комитетов по отраслям промышленности (за исключением Института биологии, переданного Петрозаводскому государственному университету, и ИЯЛИ, оставшегося в структуре АН СССР). Реорганизация филиала привела к ослаблению координации проводимых исследований, ухудшению материальной базы, распылению финансирования по многим каналам с учетом узковедомственных интересов, оттоку квалифицированных кадров из сферы науки. Единый Карельский филиал АН СССР был восстановлен постановлением Совета Министров СССР от 18 февраля 1967 г. К концу 1960-х гг. он стал крупным региональным центром по изучению производительных сил европейского Севера СССР, разработке научных основ рационального освоения природных ресурсов, развития экономики и культуры края. В 1970 г. Карельский филиал АН СССР объединял 4 института и 2 отдела с 35 лабораториями и 7 секторами, в которых было занято более 250 научных сотрудников, в том числе 8 докторов и 112 кандидатов наук. Возросла роль ученых в разработке актуальных проблем народного хозяйства, во внедрении достижений науки в производство. По рекомендации Института геологии началось использование шунгитовых пород в строительстве, отрабатывалась технология камнеобрабатывающих предприятий. Сотрудниками Института биологии и Отдела водных проблем разрабатывались эффективные способы применения минеральных удобрений и мелиорации земель. При организации лесохозяйственных работ в республике использовались рекомендации Института леса и лесной опытной мелиоративной станции.

Плодотворную научную работу проводили другие научные учреждения республики — Северный НИИ озерного и речного рыбного хозяйства (СевНИОРХ), организовавший исследования в области рыбоводства на внутренних водоемах Карелии, Архангельской и Вологодской областей; Карельский НИИ лесной промышленности (КарНИИЛП), разработавший новые машины и механизмы для ведения лесозаготовительных и лесовосстановительных работ, комплексного использования лесосырьевых ресурсов; Карельский проектно-изыскательский НИИ (Карелпроект), лесная, сельскохозяйственная и мелиоративная опытные станции и др.

Окончание Великой Отечественной войны породило в обществе надежды на обновление культурной жизни. Конечно, жесткий идеологический диктат сдерживал развитие творческой мысли, и все же новые идеи и подходы пробивали дорогу, формировался нестандартный взгляд на многие современные явления, отстаивалась свобода творчества. Однако вскоре началось широкое наступление на идеологическом фронте, первыми жертвами которого стали литература, театр, кинематограф. В 1946-1948 гг. был принят ряд постановлений ЦК партии по вопросам литературы и искусства, в которых осуждались «аполитичность», «безыдейность» творческой интеллигенции, отступление от принципа партийности в художественном творчестве.

Пропагандистская кампания не обошла стороной и Карелию. Подверглась критике редколлегия журнала «На рубеже», печатавшего мало произведений на современную тему, руководство Финского и Русского драматических театров, отдававших предпочтение русской и зарубежной классике перед советской пьесой. Карельских художников упрекали в увлечении пейзажами, натюрмортами и портретами, а карельских композиторов — в предпочтении фольклорным произведениям, из которых они брали для переработки только грустные мотивы. Правительство республики приняло ряд постановлений, предусматривавших установление жесткого контроля за деятельностью театрально-зрелищных и концертных предприятий, продукцией изобразительного искусства. Проведение спектаклей, концертов, литературных вечеров допускалось только с разрешения Управления по делам искусств при Совете Министров республики и уполномоченного Главреперткома по КФССР. Виновные в нарушении постановления подвергались в административном порядке штрафу в сумме 100 руб. или исправительно-трудовым работам на срок до 30 дней.

Деятельность творческой интеллигенции регулярно обсуждалась на партийных пленумах и конференциях, заседаниях бюро, совещаниях работников культуры. Перед деятелями литературы и искусства ставились задачи изучения марксистско-ленинской теории, активного участия в воспитании строителей нового общества. Борьба за коммунистическую идейность творчества деятелей культуры вылилась в начале 1949 г. в широкую кампанию против космополитизма и «низкопоклонства» перед Западом. 30-31 марта 1949 г. в Петрозаводске состоялось собрание работников литературы и искусства, на котором были выявлены ошибки «космополитического» характера в работе творческих кадров республики. Руководство Финского драматического театра упрекалось в увлечении произведениями финских писателей, «чуждых советскому зрителю по своему идейному содержанию». Критике подверглась постановка национальным театром пьесы норвежского драматурга Г. Ибсена «Нора». Проявлением «космополитизма» было названо и то, что на кафедре философии университета из 70 часов по истории философии на русскую классическую философию отводилось лишь 30 часов. Навязывание сверху единомыслия, абсолютизация классового подхода к проблемам культуры привели к отказу от многих достижений мировой литературы и искусства. Однако первые, хотя и робкие шаги, сделанные обществом на пути духовного раскрепощения в первые послевоенные годы, были необратимы и подготовили почву для потепления идеологического климата в середине 1950-х гг.