Второй этап (декабрь 1941 г.-июнь 1944 г.) — период стабильной обороны удержанных позиций и подготовки решающего контрнаступления. На третьем этапе (июнь-ноябрь 1944 г.) войска Карельского фронта провели ряд крупных успешных наступательных операций (Свирско-Петрозаводскую, Петсамо-Киркенесскую, на кестеньгском, ухтинском, Кандалакшском направлениях и др.), в результате чего была полностью освобождена временно оккупированная противником территория, и на всем протяжении восстановлена государственная граница с Финляндией и Норвегией. Тысячи солдат, офицеров и генералов Карельского фронта, проявившие мужество и героизм и достойно выполнившие свой воинский долг, были удостоены орденов и медалей СССР, 145 человек получили звание Героя Советского Союза, 12 человек удостоились ордена Славы трех степеней.

Жители Карелии с честью сражались на всех фронтах Великой Отечественной войны: на Украине и в Белоруссии, в Молдавии и Прибалтике, в Заполярье и Крыму. Так, сформированная в республике накануне войны, 71-я стрелковая дивизия, начав боевой путь на Севере, участвовала в прорыве блокады Ленинграда, в битве под Курском, в освобождении Украины и Польши, в разгроме вражеских сил на территории Германии. Многие из жителей Карелии, до конца выполняя свой долг, пали в боях за свободу и независимость Родины. В «Книге Памяти», изданной к 50-летию Победы, содержатся имена более 40 тыс. воинов, партизан, подпольщиков Карелии, погибших в 1941-1945 гг. За доблесть и мужество, проявленные в боях с немецко-финскими войсками, тысячи воинов из Карелии были награждены орденами и медалями СССР. Высокого звания Героя Советского Союза удостоены 26 человек: Ф. М. Александров, И. И. Артамонов, Т. Н. Артемьев, А. Н. Афанасьев, В. С. Басков, Н. Г. Варламов, А. П. Дорофеев, В. М. Зайцев, Ф. М. Крылов, А. М. Лисицына, А. Р. Машаков, М. В. Мелентьева, И. А. Мешков, Н. Т. Омелин, А. Н. Пашков, А. П. Пашков, П. М. Петров, Н. Ф. Репников, Н. И. Ригачин, А. Е. Румянцев, М. Т. Рябов, П. А. Тикиляйнен, И. П. Торнев, В. М. Филиппов, А. И. Фофанов, Ф. А. Шельшаков.

С освобождением территории Карелии началось возрождение ее мирной жизни, восстановление экономики и культуры, налаживание государственного административно-территориального управления. Решение новых задач было связано с преодолением больших трудностей, поскольку ущерб, нанесенный экономике и культуре Карелии в результате войны и оккупации, оказался исключительно велик. На основе материалов, собранных Чрезвычайной республиканской комиссией, утверждалось, что сумма ущерба составляла свыше 20 млрд руб., не считая потерь от прекращения промышленного и сельскохозяйственного производства.

В частности, на временно оккупированной противником территории подверглись полному разрушению все промышленные объекты. Огромные повреждения получили Беломорско-Балтийский канал, сооружения и флот Беломорско-Онежского пароходства. На Кировской железной дороге оказались разрушенными 540 км железнодорожного полотна, 511 мостов, 148 путевых зданий. На месте железнодорожных станций Масельгская, Медвежья Гора, Кивач, Кяппесельга, Уница, Лижма и других остались лишь груды кирпича и металлолома. При отступлении финские войска вывезли техническое оборудование и запасы продукции промышленных предприятий. В тяжелом положении оказалось сельское хозяйство: было подорвано поголовье рабочего и молочного скота, семенной фонд. Свыше половины колхозной пашни в оккупированных районах запустело, пришла в негодность мелиоративная сеть, подверглись разрушению машинно-тракторные станции и колхозы. Большой ущерб понесли учреждения культуры: подверглись разрушению здания университета, научно-исследовательского института культуры, публичной библиотеки, 255 школ, сотен клубов и библиотек. Десятки тысяч жителей остались без крова. Полностью были уничтожены 84 и частично 409 населенных пунктов. Сильно пострадал и Петрозаводск: в городе оказались разрушенными более половины жилых домов, здания учебных заведений, больниц, театров и т. д., выведены из строя водопровод, канализация и телефонная связь, взорваны все городские электростанции, мосты и плотины, уничтожены памятники. По существу, предстояло не восстанавливать, а строить все заново.

В ходе освобождения от оккупации на территории Карело-Финской ССР вновь организовывались органы советской власти и Компартии республики. Так, 30 июня 1944 г. возобновил деятельность Прионежский райисполком. Затем стали действовать Ведлозерский (4-7 июля), Шелтозерский исполкомы (7 июля), Петрозаводский горисполком (8 июля), Петровский (И июля), Заонежский (16 июля), Сегежский (17 июля), Кондопожский (18 июля), Олонецкий (23 июля), Пряжинский (29 июля), Питкярантский (9 августа), Суоярвский (август) райисполкомы, Сортавальский горисполком (16 октября), Ребольский (23 декабря), Сортавальский (31 декабря), Куркиёкский (7 февраля 1945 г.) райисполкомы.

7 июля 1944 г. Совнарком и бюро ЦК Компартии республики приняли постановление о переезде руководства Карело-Финской ССР из Беломорска, где оно находилось во временной эвакуации, в освобожденный от оккупантов Петрозаводск. В соответствии с данным постановлением переезд республиканских учреждений начинался 15 июля. Для этого были приняты специальные меры: выделены вагоны и железнодорожные составы, утвержден график отправления поездов и маршрутов. Таким образом, в июле 1944 г. Петрозаводск вновь стал столицей Карелии.

Руководящие кадры подбирались из состава партийно-советского актива, командиров и политработников партизанских отрядов. Некоторых отзывали из эвакуации и рядов действующей армии и направляли в освобожденные районы — главным образом тех, кто работал здесь до войны. Так, из 483 работников, направленных на руководящую работу в освобожденные районы, ранее работали там секретарями парткомов — 22, а председателями исполкомов — 9 человек. Среди них П. А. Фомин (Ведлозерский район), Н. И. Кукелев (Заонежский район), А. В. Денисов (Кондопожский район), Л. П. Жарков (Куркиёкский район), А. Я. Ястребов (Медвежьегорский район), Н. Ф. Карахаев (Олонецкий район), М. С. Данилов (Петровский район), Т. Н. Чесноков (Питкярантский район), И. Ф. Дружинин (Прионежский район), Н. М. Анхимов (Пряжинский район), И. А. Пошехонов (Ребольский район), Ф. И. Тимофеев (Сегозерский район), Я. С. Крючков (Сортавальский район), К. П. Варакин (Суоярвский район), Т. Н. Голубев (Шелтозерский район), В. И. Каргопольцев (г. Сортавала), Н. А. Дильденкин и Ю. В. Андропов (Петрозаводск). Всего к 1 августа 1944 г. в освобожденные районы на руководящую партийно-советскую и административно-хозяйственную работу было направлено 2295 человек, которые нередко прибывали к месту назначения вместе с частями действующей армии, освобождавшими города и села республики.

Изменения в территории и населении освобожденной республики выглядели следующим образом. В соответствии с Указом Верховного Совета СССР от 24 ноября 1944 г. Выборгский, Кексгольмский и Яскинский районы с городами республиканского подчинения Выборгом и Кексгольмом отошли от Карелии к Ленинградской области. Без этих трех районов территория Карело-Финской ССР уменьшилась на 7,3 тыс. кв. км. и стала составлять 178,5 тыс. кв. км. Перед войной на ней проживало 606 300 человек.

Основная часть населения Карелии находилась в эвакуации и в армии. К 1945 г. население республики составляло 196 тыс. человек, то есть в три с лишним раза меньше, чем до войны. В некоторых районах имелось лишь несколько процентов жителей от довоенного уровня. Например, в Кондопожском районе насчитывалось 4239 человек, тогда как до войны — 34 883 человек, в Прионежском соответственно — 6300 и 26 983 человек, в Шелтозерском — 3360 и 8135 человек. К тому же это были в основном женщины и дети. Поэтому исключительное значение для возрождения края являлось скорейшее возвращение жителей на родные места и заселение края выходцами из других областей и республик страны.