В это время за линией фронта на мурманском направлении ширилось движение сопротивления интервентам и белогвардейцам. Люди не мирились с режимом насилия и террора. В поморских селах, на железнодорожных станциях, в белогвардейских частях активисты вели среди населения разъяснительную работу, распространяли листовки, призывали рабочих и крестьян на борьбу за освобождение. За выражение приверженности к советской власти и пропаганду своих взглядов белые немедленно сажали в тюрьму и даже расстреливали. За короткий срок хозяйничания на занятой территории Карелии интервенты и белогвардейцы уничтожили сотни людей. Однако это не могло остановить сопротивления белому режиму.

По данным белой агентуры, в Ковде «рабочие враждебно относятся к настоящей власти и ждут момента захвата власти в свои руки», в д. Летняя Река «даже в настоящее время есть ярые большевики, которые вовсе не признают никакого правительства и публично высказываются, что вот уже будет время, когда большевики победят и придут сюда, то мы перевернем все по-своему», в Кеми и на Поповом Острове идет подготовка к выступлению против англичан. Беженцы из-за линии фронта единодушно утверждали: «Все ждут с нетерпением, когда придет конец царству жандармов. И смеем вас уверить, что испытавшие белогвардейскую власть, лучше всякой пропаганды знают, какая власть лучше». Крестьяне и рабочие отказывались выполнять повинности и платить налоги. Железнодорожники срывали движение поездов, портили путевое хозяйство, выводили из строя паровозы и вагоны.

В борьбе с большевиками интервенты и белые стремились заручиться поддержкой населения северной Карелии. Они пытались играть на национальных чувствах карелов, оказывали давление, угрожая прекратить поставки хлеба. Со своей стороны Финляндия добивалась присоединения северокарельских волостей к своей территории. На заключительном этапе гражданской войны оккупированная часть Карелии стала предметом торга между Финляндией и Северной областью.

Карельское население твердо отстаивало право на самостоятельность и самоопределение. Когда в северокарельских волостях стало известно о поездке генерала Марушевского через Ребольскую волость в Хельсинки и планах белогвардейского правительства по вовлечению карелов в войну на стороне белых, там усилилась тенденция сопротивления белым. Эти настроения поддержало финляндское руководство, рассчитывавшее удовлетворить свои территориальные притязания. Стремясь привлечь на свою сторону местное население, Финляндия начала поставлять продовольствие в северокарельские волости, сняв тем самым зависимость карелов от белой администрации Мурманского края. Местные лидеры почувствовали свою независимость от Северного правительства и возможность противостоять его нажиму.

21 июля в Ухте собрался национальный комитет во главе с Г. Лежеевым, избранный в марте на кемском съезде. В его работе участвовали представители Вокнаволокской, Кестеньгской, Контокской, Ухтинской и Тихтозерской волостей. Собравшиеся образовали Временное правительство Архангельской Карелии (Тоймикунта). Председателем его стал С. А. Тихонов (Антти Виерма). Правительство заявило о стремлении к самоопределению карельского населения, живущего к западу от Мурманской железной дороги. Решение карелов встретило резкий протест правительства Северной области, которое направило в карельские волости карательную экспедицию во главе с бароном Э. П. Тизенгаузеном. Каратели были разоружены отрядами самообороны в Кестеньгской волости, а Тизенгаузен арестован. С тех пор белогвардейские карательные отряды не смели появляться в северокарельских волостях, а Тоймикунта развернула подготовку к проведению съезда карелов, назначенному на начало 1920 г.

Осенью 1919 г. интервенты и белогвардейцы предприняли совместное наступление на архангельском, северодвинском и мурманском направлениях с целью прикрытия эвакуации союзных войск и укрепления занимаемых белыми позиций. В то время архангельская группировка союзников и белых располагала 32 тыс. солдат и офицеров, а мурманская — 14 тыс. Наши силы на Северном фронте, включая мурманское направление, имели всего 22,7 тыс. бойцов. Наступление противника в полосе Мурманской железной дороги началось по приказу Мейнарда 14 сентября. Интервенты применили химические отравляющие вещества и на время захватили станцию Лижму, оттеснив красноармейцев к станции Кивач и озеру Сандал. Но командир 1-й дивизии И. Е. Борзаковский принял ответные меры: в середине сентября советский десант при поддержке Онежской флотилии полностью очистил Климецкий остров, а 25 сентября флотилия высадила в северной части Лижемской губы Онежского озера батальон 3-го полка под командованием Е. Н. Линовского. Десантникам удалось вернуть станцию Лижму. Для развития операции 27 сентября сюда прибыли подкрепления 6-го финского полка во главе с Э. Г. Матсоном и отряд петрозаводчан под командованием Г. В. Зуева. В результате Лижемской операции интервенты и белогвардейцы в районе станции Кивач оказались отрезанными от своих баз. Красноармейцы отбросили белых на исходные позиции к Кяппесельге. Видя безнадежность положения, интервенты начали отвод своих войск в Мурманск. 8 октября туда прибыл последний железнодорожный состав с сербскими солдатами. 12 октября англичане и сербы покинули Мурманск. Военная интервенция на Севере завершилась. По данным военного ведомства Великобритании с июня 1919 г. было эвакуировано из Северной области 42,2 тыс. военнослужащих, включая солдат Мурманского финского легиона. Сотни англичан, американцев, французов, сербов, итальянцев погибли на русской земле.

Оставшись без поддержки иностранных войск, белогвардейцы оказались в сложном положении, поскольку не имели сил для серьезного сопротивления Красной армии. Продвижение красных в зоне железной дороги сопровождалось активными действиями и на других участках фронта. 9 октября Онежская флотилия высадила десант в составе двух батальонов 6-го финского полка в районе Кузаранды в Заонежье. В течение недели десант освободил большую часть полуострова, включая Шуньгу и Великую Губу. 11 октября, подавив батареи противника, десантники освободили остров Мег. На Пудожском участке перешел в наступление 9-й стрелковый полк и с 12 по 25 октября очистил от белых все восточное побережье Онежского озера и район Водлозера. Ему активно помогали моряки Онежской флотилии и отряды партизан из местного населения. 12 октября десант моряков флотилии захватил д. Челмужи, 17 октября высадился десант в д. Оровгуба (близ Повенца) и занял д. Габсельгу.

На освобожденной территории восстанавливалась советская власть. Однако белые переходили к бандитизму, терроризировали местное население, совершали вылазки и убивали активистов. Как только красные войска ушли из района Водлозера, туда нагрянули белобандиты. Они убили волостного военкома С. Н. Этерлея, до революции отбывавшего ссылку в Пудожском уезде, и увезли с собой председателя волисполкома В. Ф. Ермилина, которого расстреляли за д. Лузой. Подобные акции совершались и в других местах.

В конце октября — начале ноября 6-й и 9-й стрелковые полки при поддержке кораблей Онежской флотилии завязали бои за овладение Повенцом и Медвежьей Горой, которые окончились неудачей. Командование не располагало точными данными о противнике и недооценило его силы и возможности. К тому же боевые операции проходили в необычайно трудных условиях поздней осени, наступивших заморозков, снежной пурги и штормов. Командование вынуждено было в ноябре вывести 6-й финский полк в Петрозаводск. 9-й стрелковый полк в декабре отошел на свои позиции в район Чёлмужей.

Несмотря на эту частную неудачу советских войск положение белогвардейских частей становилось все более безнадежным. Северное правительство металось в поисках спасения. В конце 1919 г. оно начало переговоры с Финляндией в надежде заключить с ней военный союз против большевиков. Главным препятствием на пути к согласию по-прежнему оставался отказ руководителей белого движения признать независимость Финляндии и разрешить карельский вопрос. Доверенные лица белых в Финляндии сообщали Е. К. Миллеру, что соглашение с финнами возможно только на основе удовлетворения их требований.