15 мая 1464 года две армии во второй раз столкнулись лицом к лицу в двух милях к югу от Хексема. Если при Хегли-Муре армия Сомерсета потерпела лишь поражение, то под Хексемом она была полностью уничтожена. Лагерь ланкастерцев находился около моста Лайннелс через реку Девилс-Уотер к югу от Хексема. Как и при Таутоне тремя годами ранее, людям Сомерсета помешал рельеф местности, и в итоге они были разгромлены превосходящими силами йоркистов, в числе которых был Ральф Грейсток, внук Джоанны Бофорт, графини Уэстморленд, от дочери от первого брака. В отличие от битвы при Таутоне, Сомерсету не удалось спастись, и он попал в плен, в то время как многие его люди были перебиты, отчаянно пытаясь спастись от резни, перебравшись на противоположный берег реки.

Если Генри думал, что его герцогского титула, не говоря уже о короткой дружбе с королем Эдуардом и родства Бофортов с Невиллами, будет достаточно, чтобы спасти ему жизнь, то он ошибался. Сомерсета привели к Монтегю, который, как главный военачальник Эдуарда IV на севере, тут же принял решение о казни герцога. Победитель не хотел рисковать, опасаясь, что Эдуард снова помилует мятежника, а поскольку после измены Сомерсет заочно был приговорен к казни, Монтегю имел все юридические основания для принятия такого решения. В возрасте всего двадцати восьми лет бурная жизнь Генри Бофорта, неустанно боровшегося за восстановление былого положения своей семьи, оборвалась на деревянной колоде в сельской местности на севере Англии, а его изуродованное тело без церемоний похоронили в близлежащем аббатстве. Люди, казненные вместе с ним, были сравнительно незначительными фигурами: сэр Эдмунд Фицхью, Эдмунд Брэдшоу, Уолтер Хант и некий человек, известный только как Черный Джек[667].

Несмотря на то что Сомерсет потерпел несколько сокрушительных поражений, он был многообещающим полководцем, способным вести за собой своих соратников. В другую эпоху он мог бы даже стать одним из самых известных и знаменитых королевских капитанов Англии. Способности Генри не остались незамеченными современниками, так в январе 1461 года венецианец епископ Терамо в письме во Флоренцию отметил, что уважает герцога "за его редкие качества и любовь к королеве и стране"[668]. Как оказалось, события, произошедшие еще до его совершеннолетия, поставили Сомерсета на предопределенный и опасный путь, с которого он не смог свернуть. Если не считать его короткой связи с йоркистами в 1463 году, Сомерсет оказался полностью предан делу ланкастерцев и готов был раз за разом рисковать жизнью в отчаянных попытках отомстить за смерть своего отца. Это была всепоглощающая цель, которая оставляла Генри мало времени, чтобы остепениться и завести семью.

В мирное время, будучи герцогом королевского происхождения, Сомерсет мог рассчитывать на брак с представительницей одной из могущественных английских семей, союз с которой принес бы Бофорту дополнительные богатства, земли и политическое влияние. Его отец Эдмунд, например, женился на представительнице могущественного семейства Бошан, а дед Джон взял в жены племянницу короля Ричарда II из семьи Холланд. Генри из-за постоянного участия в войнах так и не представилась возможность жениться, хотя за некоторое время до того, как он был вынужден вести жизнь изгнанного мятежника, он зачал внебрачного наследника с любовницей по имени Джоанна Хилл[669].

Учитывая частоту отъездов Генри из Англии в последние четыре года его жизни, вполне вероятно, что он не проводил значительного времени в обществе своего сына. Тем не менее ребенок, которого окрестили Чарльзом, возможно, в честь друга герцога — Карла Шароле, был открыто признан его бастардом и со временем получил фамилию Сомерсет, чтобы обозначить свое происхождение. После пресечения рода Бофортов в 1471 году именно Чарльз возродил состояние семьи, участвуя вместе со своим кузеном Генрихом Тюдором в битве при Босворте 1485 года, за что был посвящен в рыцари, и получи пожалования от своего родственника ставшего королем, пиком которых стало возведение в графы Вустер в 1514 году.

Гнев короля Эдуарда на решение Сомерсета вернуться на сторону Генриха VI можно проследить по записи в Parliamentary Rolls, сделанной вскоре после казни герцога. Эдуард подтвердил приговор, вынесенный Сомерсету в 1463 году, поскольку тот "вопреки природе джентльменов и всего человечества", оставался "полным жестокой злобой, направленной на подрыв законного правительства". Герцог "тайным образом" воссоединился с Генрихом VI в Нортумберленде, "великим противником и врагом" короля, и безуспешно пытался уничтожить его людей в битве, за что был справедливо казнен[670].

Сомерсет был не единственным ланкастерцем, обезглавленным после поражения при Хексеме. Его единоутробный брат Томас Рос, Роберт Хангерфорд и еще трое лордов были казнены двумя днями позже в Ньюкасле, а на следующий день еще семеро были убиты в замке Миддлхэм. Еще четырнадцать человек были казнены в Йорке между 25 и 28 мая 1464 г.[671] Братья Невиллы, Уорик и Монтегю, оказались более чем успешны в уничтожении ланкастерского сопротивления на севере. Оставшись без лидеров, замки Алнвик и Данстанборо 23 июня сдались Невиллам, за ними после непродолжительной осады последовал и Бамборо. За свою роль в подавлении восстания на севере страны, уничтожении рода Перси и казни Сомерсета Монтегю в награду был возведен в графы Нортумберленд[672].

После  отъезда Маргариты Анжуйской во Францию с остатками ланкастерского двора и казни Генри Бофорта Генрих VI оказался в одиночестве. Перед битвой он находился в замке Байуэлл, расположенном в восьми милях к востоку от Хексема, и сумел бежать, как только пришли вести о поражении Сомерсета. Свергнутый король, измотанный, всеми покинутый и, вероятно, безумный, тем не менее целый год избегал поимки, пока его наконец задержали в июле 1465 года. После того как Генриха демонстративно провели по улицам Лондона, он был заключен лондонский Тауэр, который стал его домом на следующие пять лет.

Последовательные поражения при Хегли-Мур и Хексеме, окончательная потеря Нортумберлендских замков и подтверждение пятнадцатилетнего англо-шотландского перемирия привели к тому, что сопротивление ланкастерцев было основательно подорвано. Во второй раз менее чем за десять лет семья Бофортов потеряла главу семейства при самых плачевных обстоятельствах. Для двух младших братьев Генри Бофорта, Эдмунда и Джона, оставаться в Англии стало опасно.

Вероятно, сначала они направились в замок Харлех на западном побережье Уэльса, поскольку 26 октября 1464 года Уолтеру Деверо, Уильяму и Ричарду Герберту были даны полномочия дававшие им право от лица короля миловать мятежников, за исключением "всех сыновей Эдмунда, бывшего герцога Сомерсета"[673]. Харлех был последним оплотом ланкастерцев в Англии и Уэльсе, между Ирландским морем и Сноудонией, предоставившим безопасное убежище для приверженцев Генриха VI. Однако надежды на то, что замок мог продержаться бесконечно долго не было, и Бофорты вскоре отбыли на континент "тайным, подлым и нечестным способом"[674]. Война закончилась; Ланкастеры, а вместе с ними и Бофорты, проиграли.

В середине сентября 1464 года, спустя всего четыре месяца после громкой победы йоркистов при Хексеме, из уст Эдуарда IV прозвучало поразительное заявление, повергшее собравшихся лордов его Совета в недоуменное молчание. Они собрались в аббатстве Рединг, чтобы обсудить, среди прочих вопросов, брак короля с принцессой из одной из ведущих королевских династий Европы. Вместо этого они узнали, что их государь уже взял себе жену, некую Елизавету Вудвилл, вдову рыцаря Джона Грея,  ланкастерца, павшего в бою с йоркистами при Сент-Олбанс в 1461 году[675]. Дочь Ричарда, 1-го графа Риверса и вдовствующей герцогини Бедфорд, Жакетты де Люксембург, была, несомненно, не самой подходящей парой для короля Англии, и его выбор, как заметил миланский посол, "сильно оскорбил народ" его королевства[676].