Надежды королевы Маргариты на возвращение мужа на трон были сильно подорваны дезертирством Сомерсета. В июле 1463 года она вновь отплыла из Шотландии во Францию, взяв с собой большую часть изгнанного ланкастерского двора, включая принца Эдуарда, Эксетера, Пембрука, единоутробного брата Сомерсета лорда Роса, Джона Фортескью, Джона Мортона и нескольких придворных рыцарей[660]. Отец Маргариты, Рене Анжуйский, предоставил им убежище в своем замке в Кёр, который стал базой ланкастерцев на следующие восемь лет. Однако с ними не было короля Генриха VI, который остался в Эдинбурге, возможно, из-за того, что был слишком болен для путешествия, или больше не являлся для Маргариты ценной фигурой. Будущее Ланкастеров олицетворял десятилетний принц Эдуард, а не его постаревший и безумный отец.

Хотя англо-франко-бургундский договор между Эдуардом IV, Людовиком XI и Филиппом Бургундским в октябре 1463 года еще больше ослабил сопротивление ланкастерцев, Сомерсет начал испытывать сомнения в правильности своего перехода на сторону Йорка. Проявленная герцогом покорность Эдуарду выглядела искренней, за что он и его семья получили достойное вознаграждение. Летом 1463 года король во главе свиты из двухсот придворных отбыл из Лондона на север, намереваясь "увидеть и понять, жизнь тамошних жителей". Сомерсет был назначен начальником королевской охраны получив под командование небольшой отряд, состоящий из его собственных солдат, что не оставляло сомнений в том, что Эдуард "испытывал к этому герцогу в большую симпатию и полностью ему доверял".

Однако вскоре выяснилось, что некоторые подданные короля не разделяли его доверия. Когда 25 июля королевская свита прибыла в Нортгемптон, горожане взялись за оружие, увидев, что герцог Бофорт едет рядом с королем одетым в королевскую ливрею, и попытались его линчевать. Эдуард вмешался и избавил герцога от угрозы, умерив ярость горожан подарком в виде бочки вина. Сомерсет для его же безопасности  был отправлен в свое бывшее владение Чирк в северном Уэльсе, которое теперь находилось во владении брата короля Ричарда, а его люди были отправлены дальше в Ньюкасл[661].

Находясь в отдалении от королевского двора, Сомерсет, по-видимому переменил взгляды, подобно тому, как он разочаровался в деле Ланкастеров, когда проживал в Брюгге. Где-то в ноябре, когда вновь собранные силы ланкастерцев стали угрожать побережью Нортумбрии, Сомерсет покинул Чирк и направился к Ньюкаслу, где находился его отряд. Во время остановки в Дареме герцог был опознан агентами йоркистов, но ему удалось ускользнуть, хотя он был босиком и одет только в рубашку[662].

Какие же причины заставили Сомерсета отвернуться от Эдуарда IV, который вернул ему деньги, титулы и владения? Несмотря на упорство Маргариты Анжуйской и неустанные усилия ее сторонников, таких как Пембрук, Эксетер и единоутробный брат Бофорта Томас Рос, перспектива победы ланкастерцев казалась все более иллюзорными. Для Сомерсета было почти глупостью отвергнуть союз с Йорками на этом этапе, и можно только предположить, что ему было трудно по-настоящему отказаться от своей врожденной верности Генриху VI. Возможно, он даже сожалел о своем отступничестве. Герцог, по сути, выбрал жизнь нищего кочевого мятежника вместо жизни королевского фаворита. Возможно, Генри Бофорт, будучи солдатом до мозга костей, просто жаждал быть в центре военного движения, а не наслаждаться изнеженной жизнью богатого магната.

Король Эдуард пришел в ярость, когда двуличие Сомерсета было разоблачено, и 20 декабря 1463 года объявил герцога мятежником, даровав своему младшему брату Ричарду Глостеру

Эдуард постоянно должен был думать о подавление остатков ланкастерского мятежа в северных районах королевства, что отнимало у него время и ресурсы. 9 декабря йоркисты, с целью обезопасить границу и лишить непокорных ланкастерцев удобного убежища, договорились с регентским советом Шотландии о десятимесячном перемирии с перспективой продления его в следующем году[664]. К счастью для Сомерсета, замки Бамборо, Алнвик и Данстанборо снова перешли в руки ланкастерцев в марте 1463 года, когда сэр Ральф Перси и Ральф Грей, несколькими месяцами ранее вместе с Бофортом перешедшие на сторону йоркистов, снова дезертировали. Поскольку Эдуард великодушно разрешил им сохранить свои должности констеблей, замки также перешли из рук в руки. Теперь и Генрих VI, и Сомерсет находились в замке Бамборо и оставались за его стенами до весны 1464 года.

Неизвестно, как был принят Сомерсет гарнизоном Бамборо, который совсем недавно явился туда из-за границы. Возможно, его заставили вновь присягнуть Генриху VI, а может быть, осажденные просто были довольны тем, что такой энергичный полководец вернулся в их ряды. Пребывание Сомерсета при дворе Эдуарде IV, возможно, укрепило решимость герцога возродить слабеющее дело ланкастерцев, и к марту 1464 года его войска захватили несколько замков в долине реки Тайн, включая Лэнгли, Хексхэм и Байуэлл, а также Норэм на границе с Шотландией и Скиптон в Йоркшире[665]. С учетом того, что Алнвик, Бамборо и Данстанборо обеспечивали ланкастерцам двадцатимильное господство вдоль побережья, захват нескольких крепостей внутри страны обеспечил Сомерсету идеальную базу для срыва планов Эдуарда по встрече с шотландцами в Йорке в апреле, для ратификации пятнадцатилетнего перемирия.

Эдуард IV, зная, что Сомерсет и его новая армия рыщут по региону, отправил на север своего верного лейтенанта Джона Невилла, барона Монтегю, которого он ценил "за твердость и мудрое поведение в делах королевства", чтобы тот сопроводил шотландское посольство на юг. Избежав расставленной ловушки под Ньюкаслом, Невиллу удалось добраться до Алнвика, где он повернул на северо-запад к небольшому поселению Вулер. 25 апреля барон добрался до Хегли-Мур, где обнаружил, что путь ему преградили войска Сомерсета, выстроившиеся в полной боевой готовности. После обмена залпами стрел барон Монтегю во главе своего авангарда атаковал левый фланг ланкастерцев, которые, "не нанеся ни одного удара", внезапно сломали строй и обратились в бегство. Сомерсет отбивался от превосходящих сил противника столько, сколько мог, но, видя неизбежность поражения, скрылся с болотах. Только Ральф Перси принял роковое для себя решение стоять до последнего, но в конце концов был окружен и "мужественно погиб"[666].

План Сомерсета провалился, и Монтегю удалось добраться до Шотландии, и благополучно вернуться в Йорк с шотландскими послами. Однако ланкастерцы, хотя и ослабленные разгромом при Хегли-Мур, быстро перегруппировались и все еще сохраняли свои позиции в долине реки Тайн. С тех пор как Сомерсет оставил йоркистов, его тактика стала очень смелой и даже безрассудной, и похоже, что герцог поставил на карту все. Его действия говорят о том, что он потерял терпение и был полон решимости попытать счастья на поле боя, а не проводить жизнь в бегах.

Когда в мае Монтегю вернулся на север страны в качестве хранителя восточного участка границы, Сомерсет был готов продолжить борьбу. Учитывая, что большая армия йоркистов под командованием самого Эдуарда IV готовилась отправиться из Лондона в Йорк, стратегия Сомерсета заключалась в том, чтобы попытаться разгромить силы йоркистов, уже находящиеся в регионе. Это было бы разумным решением, если бы не тот факт, что Сомерсет уступал Монтегю по ресурсам. Действительно ли Генри Бофорт верил, что сможет перехитрить своего соперника Невилла в поле, или он просто был готов умереть, пытаясь это сделать?