После инцидента на бретонской границе он продвигался на юг, пока не достиг Пуансе, где оставался в течение двух месяцев, пока его люди грабили окрестности в поисках еды и припасов. Бомон-ле-Виконт пал в ноябре, а в декабре Сомерсет распустил свою армию, на два месяца раньше назначенного срока. К январю 1444 года он вернулся в Англию, много пообещав, но очень мало сделав[491]. Неудачная экспедиция герцога была дорогостоящим мероприятием для короля, даже с учетом займов у кардинала, и представляла собой растрату ресурсов в тщетной попытке потакать амбициям Сомерсета на севере Франции. Враг уклонился от решающего полевого сражения, что свело кампанию к грабительскому набегу, и, с учетом всех обстоятельств, вся экспедиция была провалена с самого начала.

Джон Бофорт вернулся в Англию находившуюся в состоянии политического и военного замешательства. Дело было не столько в том, что Сомерсет что-то потерял, сколько в том, что он поклялся совершить великие дела и не сдержал своего слова. Он растратил колоссальное количество королевских денег, пытаясь продвинуть свои собственные интересы в Анжу и Мэне —  без сомнения, отчаянная попытка, вернуть часть непосильного выкупа, который он заплатил за свою свободу. Предсказуемо, что король и Совет были в ярости от его действий как до, так и во время кампании, и кардинал больше не обладал достаточным влиянием, чтобы защитить племянника от любых обвинений. Сомерсет был отвергнут при дворе и удалился в свои поместья в Дорсете, где 27 мая 1444 года неожиданно умер. Даже его смерть оказалась противоречивой.

В Croyland Chronicle, которая, надо отметить, была написана в стенах враждебного герцогу аббатства, есть предположение, что Сомерсет покончил с собой, узнав, что его будут судить за измену — немыслимый для средневекового ума грех, который обрекал его душу на вечные муки в аду. В хронике говорится:

Последние несколько слов являются ключевыми и указывают на то, что автор сообщал лишь слухи, а не факты. В рассказе также упоминается, что Сомерсет предпочел "прервать свою печаль, нежели провести жизнь в страданиях, находясь под столь позорными обвинениями". Действительно ли Сомерсет покончил с собой? Фактических данных, подтверждающих это, нет, но и полностью исключить такую возможность нельзя. В хронике Brut лишь отмечается, что герцог умер "вскоре после Пасхи", скончавшись "в собственной усадьбе в западной части города", возможно, в замке Корф[493].

Болезнь нельзя сбрасывать со счетов. На момент смерти Сомерсету было всего около сорока лет — столько же, сколько его отцу, когда 1-й граф умер в 1410 году, но в начале 1443 года, когда король поинтересовался его самочувствием, он был явно нездоров. Неудача его экспедиции и последующее изгнание от двора, должно быть, вызвали стресс, и не исключено, что такое психологическое перенапряжение могло привести к внезапному физическому заболеванию. Кроме того, тот факт, что он умер без завещания, говорит о том, что смерть застала герцога врасплох, что впрочем не исключает и самоубийства.

Независимо от того, было ли это самоубийством или нет, смерть Сомерсета наступила всего за четыре дня до первого дня рождения его единственного ребенка. В промежутке между двумя французскими кампаниями 1440 и 1443 годов Бофорт женился на вдове Маргарите Бошан, единственной наследнице сэра Джона Бошана из Блетсо, Бедфордшир. Это была не самая удачная пара для Сомерсета, правнука Эдуарда III, но, учитывая его возраст и отсутствие достойных альтернатив, он не мог быть особо привередливым в выборе невесты. Возможно, герцог завидовал своему брату Эдмунду, который был женат на женщине из того же рода Бошан, Элеоноре, дочери 13-го графа Уорика.

Маргарита ранее была замужем за сэром Оливером Сент-Джоном, с которым у нее был внушительный выводок детей. Она была явно плодовита и, предположительно, считалась идеальным вариантом для того, чтобы обеспечить Сомерсета наследником Бофортов, если не сказать больше. Единственный ребенок пары, нареченным Маргаритой в честь матери и бабушки по отцовской линии, родился 31 мая 1443 года, что, возможно, отчасти стало причиной нежелания Сомерсета отправиться во Францию той весной. Хотя Джон умер, так и не успев произвести на свет сына, который продолжил бы род Бофортов, со временем маленькая Маргарита стала самой известной персоной, носившей эту фамилию.

У Сомерсета была еще одна дочь, правда, внебрачная, которая родилась когда он находился в плену во Франции. Подробности рождения Томазины (Джакинды), неясны, но, скорее всего, она прибыла в Англию вместе с отцом, когда тот был освобожден в 1438 году. Одним из многочисленных условий отъезда Сомерсета во Францию в 1443 году было предоставление его дочери-иностранке подтверждения о дворянстве, наделяющего ее правами коренной англичанки, включая право на владение землей, которое было даровано королем 20 июня[494]. Неизвестно, использовала ли она фамилию Бофорт или Сомерсет, но в течение трех лет после смерти отца она заключила респектабельный брак с Реджинальдом Греем, 7-м бароном Греем из Уилтона.

Вероятно, у Сомерсета был еще и внебрачный сын, поскольку в завещании кардинала Бофорта от 1447 года упоминается "Джон, внебрачный сын Сомерсета". Он был также хорошо обеспечен; кардинал завещал ему 4.000 фунтов стерлингов и несколько серебряных сосудов[495]. Более поздних упоминаний о младшем Джоне нет, и, предположительно, он умер до Войны Роз, когда его королевская кровь, пусть и запятнанная внебрачностью рождения, могла стать поводом для преследования.

Джон Бофорт, 1-й герцог Сомерсет, был тихо похоронен в Уимборн-Минстер, бенедиктинском монастыре саксонской эпохи, посвященном аббатисе Святой Кутбурге, жившей в VIII веке. Монастырь был восстановлен королем Эдуардом Исповедником в 1066 году, и большая часть строения на момент погребения Сомерсета датируется XII веком. Гробница герцога, расположенная в южной пределе церкви рядом с главным алтарем, была построена из местного мрамора, а на ее основании было несколько трилистников с геральдическими щитами его предков. Сам Сомерсет был изваян в полных пластинчатых доспехах с герцогской короной на шлеме, и ланкастерской шейной цепью с SS-звеньями. На левом боку у него висел меч, некогда великолепно усыпанный драгоценными камнями, а под левым коленом виднелся знак Ордена Подвязки. Рядом с герцогом находилось надгробное изваяние его жены, Маргариты Бошан, которая еще раз вышла замуж и дожила до июня 1482 года. Пара была изображена держащейся за руки, что позволяет предположить, что изваяния были изготовлены только после смерти герцогини, а возможно, и по заказу их знаменитой дочери.

Маргарита Бофорт не забыла о своем отце, хотя он скончался до того, как она стала достаточно взрослой, чтобы помнить его. Воспользовавшись своим возвышенным статусом матери короля, Маргарита 1 марта 1496 года добилась разрешения на основание капеллы с одним капелланом в "коллегиальной церкви Уимбурна", которая должна была называться капеллой Пресвятого Иисуса и Святой Марии Девы. На строительство капеллы должно было быть выделено 10 фунтов стерлингов в год, но по неизвестным причинам она была завершена только в 1511 году, через два года после ее собственной смерти[496]. Желание леди Маргариты довести строительство часовни до конца прослеживается в ее завещании, где она подтверждает свое желание "основать и учредить вечную капеллу в коллегиальной церкви Уимборна", прося своих душеприказчиков действовать в этом "так, как им будет удобно"[497]. Хотя, она и не помнила своего отца, но для Маргариты было важно, чтобы его память и душа были достойно увековечены.