Скроуп происходил из старинной йоркширской семьи и был двоюродным братом Уильяма Скроупа, графа Уилтшира, казненного Генрихом IV в 1399 году во время вторжения последнего в Англию. Прелат был хорошо знаком с королем, объявив Парламенту об отречении Ричарда II, прежде чем подвести Болингброка к трону. Однако такое знакомство не помешало архиепископу выступить на стороне Перси, и к маю 1405 года к нему присоединился Томас Моубрей, граф Норфолк, сын того самого герцога Норфолка, изгнанного из королевства в 1398 году из-за вражды с Болингброком. Скроуп и Норфолк считали короля ответственным за гибель своих родственников и жаждали мести. Вскоре они собрали солидную армию и подошли к Йорку, где их встретили королевские войска под командованием Ральфа Невилла, графа Уэстморленда.

Граф, желая защитить корону своего шурина, а вместе с ней и перспективы своей жены Джоанны Бофорт, убедил мятежников сдаться, пообещав им, что их требования будут искренне рассмотрены королем. Но это была уловка. Два лидера мятежа были арестованы и заключены в замок Понтефракт, где четырьмя годами ранее умер свергнутый Ричард II. Король Генрих и Томас Бофорт, отозванный с моря, прибыли в замок 3 июня, где между архиепископом и вспыльчивым единокровным братом короля произошла неприличная перебранка. Скроуп встретил короля, демонстративно опираясь на архиепископский посох, и тогда Томас Бофорт громко отчитал его, заявив, что мятежник недостоин носить священный посох. Бофорт попытался отобрать посох у архиепископа, но натолкнулся на яростное сопротивление клирика, который ответил, что только Папа может отменить такое право.

На следующий день Томас был одним из восьми человек, назначенных для рассмотрения дела нескольких йоркцев, обвиненных в совершении "измен, мятежей, восстаний и преступлений"[198], а четыре дня спустя, 8 июня, он вошел в состав комиссии, судившей Скроупа и Норфолка в собственном дворце архиепископа в Бишопторпе, в нескольких милях к югу от Йорка.

До сих пор король наказывал мятежников и изменников умеренно и, возможно, даже слишком слишком умеренно. Но на этот раз все было иначе, поскольку терпение Генриха было доведено до предела, из-за восстаний, продолжавшихся уже более пяти лет его правления. Он приказал казнить архиепископа и графа, что и было сделано в тот же день за стенами Йорка, вероятно, в присутствии Томаса Бофорта.

Казнь Скроупа принесла королю сомнительную честь стать единственным английским монархом, санкционировавшим убийство архиепископа и короля, и, возможно, стала самым ярким свидетельством того, что Генрих был полон решимости сделать все возможное, чтобы обеспечить будущее своей династии. Нортумберленд тем временем бежал в Шотландию в поисках убежища у своего традиционного врага. Два года спустя, после гибели своего сына при Шрусбери, Генри Перси не испытывал сомнений, но на этот раз ему грозит верная смерть, если он попадет в руки короля.

27 июня король Генрих возместил Уэстморленду и Джоанне Бофорт убытки, понесенные ими в своих землях во время восстания Скроупа. В рамках процесса компенсации несколько поместий в Камбрии и Нортумберленде были пожалованы Генри Бофорту, который, в свою очередь, передал их в пожизненное владение Невиллам,[199] а 20 июля король лично посетил графа и графиню в замке Рэби и остановился там на три дня в рамках своего длительного путешествия по северу страны[200]. Из других сестер короля только Елизавета осталась в Англии, а Каталина и Филиппа находились за границей, и, вероятно, он провел некоторое время, наслаждаясь обществом своей младшей сестры Джоанны. Если можно судить о близких отношениях короля с тремя Бофортами, то можно предположить, что у короля и Джоанны тоже была похожая связь.

Хотя одно крупное восстание было подавлено, беспокойство короля усугубилось, когда в конце лета в западном Уэльсе высадилась французская армия, чтобы поддержать повстанцев Глиндура. Хотя количество французов в конечном итоге сократилось, прежде чем они столкнулись с англичанами в бою, тем не менее это был опасный период неопределенности для ланкастерцев, пытавшихся противостоять приливу мятежа. Еще до высадки в Уэльсе французы доставили немало хлопот в районе Кале, где Джону Бофорту пришлось защищать вверенную ему территорию от объединенных франко-бургундских сил.

В мае 1405 года Марке, небольшое английское владение недалеко от Кале, было осаждено армией из 2.000 солдат под предводительством Валерана де Люксембурга, графа Линьи и Сен-Поль. После первого приступа опытные солдаты Сомерсета перегруппировались и отбили людей Люксембурга. Гарнизон Кале, вышедший из города, чтобы освободить Марке от осады, обманул французов, подойдя к их рядам под видом обоза с вином и провизией. Подобравшись к ничего не подозревающему противнику, англичане внезапно обрушили на него шквал стрел, нанеся многочисленные потери и заставив людей Люксембурга бежать. Несколько ведущих французских командиров были убиты, а около шестидесяти или восьмидесяти рыцарей взяты в плен. Воодушевленные успехом, люди Сомерсета через три дня вышли из Кале и осадили город Ардр, используя против защитников осадное оборудование, захваченное у французов при Марке. Их решительная попытка в итоге все же оказалась тщетной, и англичане вскоре отступили в Кале, но они все равно ощущали себя победителями[201].

Контратака при Марке была воспринята в Англии как большая тактическая победа, и 21 мая король с гордостью сообщил архиепископу Кентерберийскому об успехе своего единокровного брата. Генрих приказал прелату вознести благодарственные молитвы Богу, подчеркнув "великую опасность", которой он недавно подвергся, и "незаслуженные испытания, которые он получил с тех пор, как взял на себя управление королевством". Король также попросил архиепископа и его "религиозных людей" молиться за людей Сомерсета, которые "обратили в бегство" французов "к немалой чести этих господ, короля и королевства"[202].

То, что осажденному капитану Кале, несмотря на огромные финансовые трудности, удалось отразить атаку, защитив уязвимый форпост, только укрепило его авторитет как одного из ведущих военачальников Англии. Во время заседания Парламента в январе 1404 года Сомерсет страстно просил короля выделить средства для Кале, утверждая, что "очень большое несчастье, нужда и бедность, в которые погрузились солдаты", были вызваны непосредственно невыплатой жалования. Сомерсет жаловался, что он "несколько раз до этого" поднимал эту тему с королем, причем не только в письмах, но и при личной встрече. В ответ на это публичное обращение Генрих объявил о скорой выплате всего причитающегося жалования и о том, что в будущем выплаты будут производиться вовремя[203].

25 августа 1404 года Сомерсет получил 5.000 марок, чтобы покрыть жалование себе и своим людям, но этого едва ли было достаточно, чтобы долго содержать столь значительный гарнизон[204]. Несмотря на обещание короля, королевская казна была практически опустошена из-за подавления мятежа за мятежом, и это значительно повлияло на способность графа защищать Кале. То, что ему удалось сохранить гарнизон, поддержать оборону Англии и не дать деморализованным солдатам сложить оружие и покинуть свой пост, несмотря на нехватку продовольствия, свидетельствует о его мастерстве военачальника.

Король Генрих, понимая, в какую опасную ситуацию он поставил своего брата, попытался возместить ущерб Сомерсету другими способами. 15 февраля 1405 года граф получил от Генриха несколько пожалований, в том числе право на управление лесами Кларендон, Бакхолт и Мелчет в Хэмпшире, а также Гровели Вуд в Уилтшире[205]. Хотя небольшие доходы от лесов были приняты с радостью, положение Сомерсета в Кале оставалось отчаянным в течение всего оставшегося года. 6 октября он торжественно сообщил королю, что несколько жителей деревень Госфорд и Боудси в Саффолке были захвачены французами, которые при этом уничтожили несколько английских кораблей. Жителям деревни было поручено снабжать гарнизон едой и элем, и их захват привел к тому, что в Кале остро стало не хватать провизии.