В начале января 1405 года Томас все еще занимал эту должность, когда ему было поручено расследовать сообщения о том, что люди из Ньюкасла-апон-Тайн и деревень Блейкни, Клей, Виветон и Кромер рядом с Норфолком участвовали в преступном захвате двух голландских торговых судов, одно из которых называлось Marienknyght и принадлежало купцу по имени Исебранд Пирсон, а другое — Godesghevade — принадлежало Питеру Йонессону и Джону Бервольдессону. Эти два судна, груженные неназванными товарами из Пруссии, были захвачены англичанами, а их команда из тридцати шести человек бессердечно утоплена в море. Затем захваченные товары были проданы в разных местах, в том числе и в Скарборо. Подобные инциденты были крайне неприятны королю, стремившемуся сохранить дружбу с графом Вильгельмом Голландским, и Томасу, как адмиралу, было поручено арестовать преступников и наказать их в соответствии с английским и морским правом[193].

Генри Бофорт, тем временем, неустанно служил королю не мечом, а пером, и был вознагражден за свое похвальное рвение епископством Линкольнским и лорд-канцлерством — должностями, которые обеспечили ему место в Совете наряду с его братом Сомерсетом и зятем Уэстморлендом.

Как канцлеру, Генри было поручено произнести вступительную речь при открытии Парламента 14 января 1404 года в Вестминстере и "очень мудро и обоснованно" выдвинуть деликатный аргумент в пользу увеличения налогов для улучшения обороны королевства. Это была нелегкая задача для епископа, который сразу же столкнулся с враждебной и нежелающей сотрудничать аудиторией. Будучи глашатаем короля, Генри страстно отстаивал королевскую позицию, подчеркивая множество угроз, нависших над страной как изнутри, так и извне. После напряженных переговоров Генри все же добился своеобразного компромисса, в обмен на сокращение расходов на королевский двор и создание нового Совета для обеспечения "доброго и справедливого правления" в будущем, в состав которого вошли и два старших Бофорта[194]. Возможно, стремясь отметить успешное проведение первого Парламента в качестве канцлера, 27 февраля Уолтер Девениш и Уолтер Хилл получили от короля разрешение на поездку в Ирландию, чтобы добыть для епископа четырнадцать ястребов-тетеревятников и соколов[195].

К осени, однако, стало ясно, что требуются дополнительные средства, и епископ оказался в неловком положении, будучи вынужден снова обратившись к Палате Общин с просьбой о выделении дополнительных денег. На октябрьском заседании Парламента 1404 года, проходившем в Приорате Святой Марии в Ковентри, в центре ланкастерской гегемонии, Генри занял более твердую позицию и в первый же день обратился с прямым требованием о введении дополнительных налогов. Обнаружив некоторую враждебность среди тех, к кому он обращался, Генри упредил любые протесты, заявив, что Палате Общин "не следует удивляться, почему король созвал свой Парламент после столь короткого промежутка времени, прошедшего с момента последнего Парламента", поскольку очевидно, что предыдущая субсидия "не была такой достаточной, как предполагалось в то время". Все остальные дела были отложены, и после очередного раунда жарких дебатов, в ходе которых подчеркивалось тяжелое положение королевства, канцлер наконец добился своего: субсидия была предоставлена за счет налогов с мирян, а также возобновления взимания пошлины на экспорт шерсти и, что, возможно, наиболее спорно, взимания пятипроцентного подоходного налога со всех доходов с земель, превышающих 500 марок в год[196].

Несмотря на свой еще юный возраст, Генри завоевывал репутацию способного администратора, проницательного политика и убедительного переговорщика. Канцлерство не было той ролью, где можно было преуспеть только благодаря происхождению или связям. Например, с октября 1404 по август 1405 года было оформлено около 1.500 писем с использованием Большой печати, а епископ присутствовал на сорока трех заседаниях Совета[197]. Генри Бофорт явно был занят тем, что передавал приказы короля.

Однако такая продуктивная деятельность была щедро вознаграждена. В ноябре 1404 года Генри был переведен в епископство Винчестерское, старейшую и богатейшую епархию королевства, включавшую в себя Гемпшир, Суррей и остров Уайт. Это было повышение в церковной иерархии, поскольку епископство Винчестерское давало преимущество перед всеми другими священнослужителями в стране, за исключением архиепископов Йоркского и Кентерберийского. Получив эту должность, Генри обзавелся множеством новых резиденций, а также, для своего удовольствия, несколькими парками с охотничьими домиками в графствах.

Из всех владений, которыми он владел в течение следующих сорока трех лет, два стали синонимом нового епископа, который быстро привыкал к изысканной жизни. Дворец Вулвси в Винчестере служил административным центром и находился всего в нескольких минутах ходьбы от собора. Дворец был укреплен в середине XII века Генрихом де Блуа, братом короля Стефана, и отреставрирован предшественником Бофорта Уильямом Уайкхемом, который перестроил стены и значительно переделал епископские апартаменты. Восточный зал, XII века постройки, высотой восемьдесят восемь футов был достаточно великолепен, чтобы в нем состоялся изысканный свадебный пир короля Генриха и Жанны Наваррской за год до перевода сюда епископа Бофорта.

Будучи человеком, прочно укрепившимся в политической сфере и сосредоточившимся на поддержке короля в управлении королевством, епископ Бофорт проводил значительное количество времени в Лондоне, где ему теперь был предоставлен в пользование Винчестерский дворец в Саутварке. Деятельность епископа сосредоточилась вокруг великолепного Большого зала, который имел восемьдесят футов в длину и имел прямой доступ к личным покоям епископа в восточном крыле. Заметной особенностью зала было Окно Розы, нововведение епископа Уайкхема, которое ярко освещало помещение во время пиров, особенно когда солнечный свет проникал сквозь красочные витражи.

Во дворце также находились обширные помещения для свиты епископа и гостей, которых он принимал, а для развлечения были разбиты обширные сады, пруд с рыбой и теннисные корты. Дворец, расположенный на южном берегу Темзы, имел на берегу деревянную пристань, что позволяло доставлять провизию на лодках. В сводчатом подвале, расположенном под залом, всегда имелись любимые блюда и напитки епископа, а также мясная лавка и пивоварня. Винчестерский дворец находился всего в нескольких минутах ходьбы от Лондонского моста, что позволяло Генри, обремененному королевскими обязанностями, легко добираться до города пешком, если он не хотел воспользоваться путем по воде.

Несмотря на то, что  2 марта 1405 года, Генри сложил с себя полномочия канцлера, епископ не собирался покидать Лондон ради более спокойного проживания в своей епархии. Видимо Генри уже привык к стремительному круговороту власти и, сохранив место в Совете, остался в столице, чтобы служить своим и королевским интересам. Это было как раз кстати: предательство снова стало распространенным явлением.

В феврале 1405 года Оуайн Глиндур, достигший успеха в своей кампании предыдущим летом, когда он был коронован принцем Уэльским в Махинллете, подтвердил свой союз с семьями Перси и Мортимеров, заключив трехсторонний договор, известный как Tripartite Indenture (Трехстороннее соглашение). В договоре, подписанном Глиндуром, Эдмундом Мортимером и графом Нортумберлендом, излагался план по разделу Англии и Уэльса между собой в случае успешного свержения Генриха IV. Согласно этому необычному документу, Глиндур получал Уэльс и часть западной Англии, а Нортумберленд — север страны. Мортимеры должны были править Лондоном и югом Англии. Это расчленение могло показаться надуманным, но их угроза королю Генриху была вполне реальной, усугубляемая не только помощью Франции, но и восстанием на севере Англии под предводительством Нортумберленда и архиепископа Йоркского Ричарда Скроупа.