Тем не менее он был обвинён в государственной измене и все заподозренные в преступной с ним связи были арестованы и привезены на допросы в Тайную канцелярию.

14 февраля 1758 года, неожиданно для всех, был арестован и канцлер Бестужев. Его сначала арестовали и только потом стали искать, в чём бы обвинить. Сделать это было трудно, ибо Бестужев был честным человеком и патриотом, и тогда его обвинили, как впоследствии сообщала в своих «Записках» Екатерина, в «преступлении в оскорблении Величества и за то, что он, Бестужев, старался посеять раздор между Ея Императорским Величеством и Их Императорскими Высочествами».

Дело окончилось тем, что Бестужева выслали из Петербурга в одну из его деревень, но в ходе следствия подозрения пали на Екатерину, ювелира Бернарди, Понятовского, бывшего фаворита Елизаветы Петровны генерал-поручика Никиту Афанасьевича Бекетова и учителя Екатерины Адодурова. Все эти люди были связаны с Екатериной, Бестужевым и английским посланником Уильямсом. Из них лишь Екатерина, как великая княгиня, да Понятовский, как иностранный дипломат, могли бы чувствовать себя относительно спокойно, если бы не их собственные интимные отношения и сугубо секретные дела с канцлером Бестужевым, которые нельзя было расценить иначе, как антиправительственный заговор. А дело было ещё и в том, что Бестужев составил план, по которому, как только Елизавета Петровна скончается, Пётр Фёдорович станет императором по праву, а Екатерина будет соправительницей. Себе же Бестужев предусмотрел особый статус, который облекал его властью не меньшей, чем у Меншикова при Екатерине I. Бестужев претендовал на председательство в трёх важнейших Коллегиях — Иностранной, Военной и Адмиралтейской. Кроме того, он желал иметь звание подполковника во всех четырёх лейб-гвардейских полках — Преображенском, Семёновском, Измайловском и Конном. Свои соображения Бестужев изложил в виде Манифеста и прислал его Екатерине.

К счастью и для себя, и для Екатерины, Бестужев успел сжечь и Манифест и все черновики и таким образом лишил следователей серьёзнейшей улики в государственной измене. Более того, через одного из своих преданнейших слуг — камердинера Василия Григорьевича Шкурина (запомните имя этого человека, мы вскоре вновь встретимся с ним в обстоятельствах более чем неординарных) Екатерина узнала, что бумаги сожжены и ей опасаться нечего.

И всё же подозрение осталось, и Елизавета Петровна стараниями братьев Шуваловых, Петра и Александра, была уведомлена об альянсе Бестужев — Екатерина. Импульсивная и неуравновешенная императрица решила, хотя бы внешне, выказать своё неудовольствие Екатериной и перестала принимать её, что повлекло охлаждение к ней и значительной части большого двора.

А Станислав-Август оставался по-прежнему любовником великой княгини, и есть много оснований полагать, что в марте 1758 года Екатерина именно от него забеременела ещё раз и 9 декабря родила дочь, названную Анной. Девочку унесли в покои Елизаветы Петровны сразу же после рождения, и дальше всё происходило, как и четыре года назад, когда на свет появился её первенец — Павел: в городе начались балы и фейерверки, а Екатерину вновь оставили одну. Правда, на этот раз у её постели оказались близкие ей придворные дамы — Мария Александровна Измайлова, Анна Никитична Нарышкина, Наталья Александровна Сенявина и единственный мужчина — Станислав-Август Понятовский.

Анна Нарышкина, урождённая графиня Румянцева, была замужем за обер-гофмаршалом Александром Нарышкиным, а Измайлова и Сенявина были урождёнными Нарышкиными — родными сёстрами гофмаршала и доверенными наперсницами Екатерины. В «Записках» Екатерина сообщает, что эта компания собралась тайно, что Нарышкины и Понятовский прятались за ширмы, как только раздавался стук в дверь, а, кроме того, Станислав-Август прошёл во дворец, назвав себя музыкантом великого князя. То, что Понятовский был единственным мужчиной, оказавшимся после родов у постели Екатерины, выглядит достаточно красноречивым свидетельством, подтверждающим версию о его отцовстве.

В своих «Записках» Екатерина приводит любопытный эпизод, произошедший незадолго до родов в сентябре 1758 года: «Так как я становилась тяжёлой от своей беременности, то я больше не появлялась в обществе, считая, что я ближе к родам, нежели была на самом деле. Это было скучно для Великого князя... А потому Его Императорское Высочество сердился на мою беременность и вздумал сказать однажды у себя, в присутствии Льва Нарышкина и некоторых других: «Бог знает, откуда моя жена берёт свою беременность, я не слишком-то знаю, мой ли это ребёнок, и должен ли я его принять на свой счёт».

И всё же, когда девочка родилась, Пётр Фёдорович был рад произошедшему. Во-первых, ребёнка назвали точь-в-точь как звали его покойную мать — родную сестру императрицы, — Анной Петровной. Во-вторых, Пётр Фёдорович получил, как отец новорождённой, шестьдесят тысяч рублей, которые, конечно же, были ему более чем необходимы.

Девочка прожила очень недолго и умерла 8 марта 1759 года. Её почему-то похоронили не в Петропавловском соборе, который с 1725 года стал усыпальницей дома Романовых, а в церкви Благовещения Александро-Невской лавры. И это обстоятельство тоже не ускользнуло от современников, наводя их на мысль о том, была ли Анна Петровна законной царской дочерью?

А события за стенами императорских дворцов шли своим чередом. 11 января 1758 года войска Вилима Фермера заняли столицу Восточной Пруссии — Кёнигсберг.

Затем 14 августа последовало кровопролитное и упорное сражение при Цорндорфе, в котором противники потеряли только убитыми около тридцати тысяч человек. Екатерина писала, что в бою под Цорндорфом было убито более тысячи русских офицеров. Многие из погибших прежде квартировали или жили в Петербурге, и потому сообщения о цорндорфском побоище вызвало в городе скорбь и уныние, но война продолжалась, и пока ей не было видно конца.

Вместе со всеми переживала и Екатерина. Совсем по-другому и чувствовал и вёл себя Пётр Фёдорович.

С известием о Цорндорфском сражении в Петербург прибыл полковник Розен. Денщик Розена стал болтать, что русские под Цорндорфом потерпели поражение. За это денщика посадили на гауптвахту. Когда тот освободился, Пётр Фёдорович, хорошо зная, за что именно был посажен денщик Розена — тоже немец, — призвал его к себе. В зале, где произошла встреча, стояла группа офицеров-голштинцев. В их присутствии Пётр сказал: «Ты поступил как честный малый. Расскажи мне всё, хотя я и без того хорошо знаю, что русские никогда не могут побить пруссаков». И, указывая на стоящих рядом голштинцев, добавил: «Смотри, это все пруссаки, — разве такие люди могут быть побиты русскими!» Разумеется, и этот эпизод вскоре стал известен многим.

Меж тем 6 августа 1758 года, так и не дождавшись суда, внезапно скончался находящийся под арестом фельдмаршал Апраксин. Он умер, как сообщалось, от паралича сердца, но по Петербургу тут же распространились слухи о насильственной смерти — ведь это случилось, когда он был в заточении. Ещё более убедило сторонников этой версии то, что фельдмаршала похоронили без положенных ему по чину воинских почестей, наспех и втайне от всех на кладбище Александро-Невской лавры.

Косвенным признанием невиновности Апраксина было то, что все привлечённые к следствию по делу Бестужева — а оно возникло после ареста Апраксина, — были либо понижены в должностях, либо высланы из Петербурга в свои деревни, но никто не понёс уголовного наказания.

Екатерина ещё некоторое время пребывала в немилости у императрицы, но после того, как попросила отпустить её в Цербст, к родителям, чтобы не испытывать унижений и оскорбительных для неё подозрений, Елизавета Петровна сменила гнев на милость и восстановила с невесткой прежние отношения.

А на театре военных действий удачи сменялись неудачами, и, как следствие этого, сменялись и главнокомандующие: Фермера в июне 1759 года сменил фельдмаршал граф Пётр Семёнович Салтыков, а в сентябре 1760 года появился ещё один фельдмаршал, граф Александр Борисович Бутурлин. Любимец императрицы блеснул мимолётной удачей — без боя занял Берлин, малочисленный гарнизон которого ушёл из города при приближении русского кавалерийского отряда.