Царь, Лефорт и Меншиков взяли каждый по топору. Пётр приказал раздать топоры своим министрам и генералам. Когда же все были вооружены, всякий взялся за свою работу и отрубал головы. Меншиков приступил к делу так неловко, что царь надавал ему пощёчин и показал, «как должно отрубать головы».

Александр Данилович, способный к любому делу, тут же, на глазах у царя немедленно исправился и к концу дня отрубил двадцать стрелецких голов да ещё и пристрелил одного из колесованных, чтобы прекратить его мучения. Последнее милосердное деяние произвёл он, впрочем, не по собственной инициативе, а по приказу Петра.

Под пытками многие стрельцы признались, что они хотели возвести на трон царевну Софью. Всплыл и эпизод, случившийся на Двине, когда стрелец Маслов читал «прелестное» письмо Софьи, допрошенные признали, что письмо это дал Маслову стрелец Василий Тума, а тот, в свою очередь, получил его от некоей нищенки.

Отыскали и нищенку, но та умерла под пытками, не оговорив Софью. Тогда стали пытать старуху-кормилицу царевны княгиню Вяземскую и четырёх ближайших служанок Софьи, но ничего нужного следствию они не сказали. Тогда Пётр сам допросил Софью, но и она начисто отрицала хоть какое-то своё участие в бунте, решительно заявив, что никаких писем стрельцам не посылала.

Однако существовала трудно опровержимая косвенная вина Софьи, вроде бы подтверждавшая её связь с мятежниками, которая, по мнению Петра и его сторонников, особенно усугубила подозрение насчёт участия Софьи в делах стрелецкого бунта: попытка мятежников освободить её из Новодевичьего монастыря, где находилась она под охраной подполковника Преображенского полка князя Ивана Юрьевича Трубецкого — одного из верных соратников Петра.

В 1698 году Трубецкому было тридцать восемь лет, он был одним из первых «потешных» и предан Петру душой и телом.

Когда начался бунт, стрельцы сделали подкоп под покои Софьи, находившиеся на первом этаже, возле которых стояли солдаты-преображенцы. Сам же Иван Юрьевич находился в комнате Софьи. Группа стрельцов, проломив пол, вылезла в коридор и бросилась на стражу. Перебив и разогнав солдат, стрельцы ворвались в комнату Софьи, но князь Трубецкой сумел пробиться в коридор и, пробежав несколько саженей, заскочил в одну из келий и запёрся там.

Стрельцы бросились за ним в погоню. Впереди всех бежал стрелец, который до того был холопом Ивана Юрьевича. Он служил у него брадобреем и отличался особой преданностью своему господину. Стрелец и был единственным, кто видел, в какую келью заскочил князь, но, желая спасти Ивана Юрьевича, бывший брадобрей пробежал мимо, увлекая за собой преследователей и уводя их по ложному пути.

Вскоре прибыла подмога, стрельцов переловили, Софью вновь заперли в монастырь, и через несколько дней всех попавших в плен бунтовщиков повели на казнь.

Пётр присутствовал при казни, а вместе с ним и его приближёнными был и князь Трубецкой. Увидев своего спасителя, Иван Юрьевич рассказал Петру о его роли в собственном избавлении от грозившей смерти, и Пётр тут же велел отпустить верного холопа на волю.

В семье Трубецких из поколения в поколение передавалось это предание с добавлением, что Иван Юрьевич поселил его в одной из своих деревень, не только сделав лично свободным, но и освободив всех его родственников и их потомков от оброка и от барщины.

И хотя прямых улик соучастия, а тем более руководящей роли Софьи в организации её освобождения не было, царевну перевели в башню на второй этаж, а между зубцами стены Новодевичьего монастыря повесили сто девяносто пять стрельцов. А перед тремя окнами кельи висели тела трёх стрельцов со вложенными в руки челобитными, где излагались их показания о письме царевны стрельцам. И все мёртвые, и на стене, и перед окнами, висели пять месяцев, отравляя воздух трупным запахом и наводя ужас на всех, кто это видел.

А вскоре после казни пришла в келью к Софье мать-настоятельница с инокинями и повела её в церковь, там поставили Софью посреди храма. Ей что-то говорили, что-то читали и пели, остригли волосы и, как сквозь сон, слушала она, что отныне нарекается раба Божья София инокинею, сестрой Сусанной.

Потому отвели её обратно в келью, где сидела она, забившись в угол, и неотрывно смотрела за окно, перед которым качался на ветру повешенный стрелец с выклеванными вороньем глазами...

Через несколько дней Софье сообщили, что сёстры будут посещать её только два раза в год — на Пасху и в день храмового праздника монастыря — праздник Смоленской Божьей матери — «Одигитрии». 25 июля она узнала, что из всех её сестёр признали виновной в связях с бунтарями одну лишь Марфу — её любимицу и наперсницу. Её постригли в монахини в Успенском монастыре Александровой слободы.

Ещё до того как следствие и казни закончились, стрелецкие полки были расформированы, а на их месте появились новые полки — регулярной российской армии. Много времени проводил Пётр в застенках Преображенского приказа, участвуя при допросах и пытках, организовывая массовые казни, но между этими государственными делами не забывал и о своих личных заботах.

Побывав в первый же день у Анны Моне и заехав потом ещё в несколько других домов, он лишь через неделю встретился с Евдокией. Причём не в её кремлёвских покоях и не у себя, а в доме одного из своих ближайших сотрудников — Андрея Виниуса, сына уже упоминавшегося Андрея Денисовича Виниуса, входившего в кружок сподвижников Алексея Михайловича. Сын Андрея Виниуса-старшего сначала был переводчиком в Посольском приказе, потом выполнял дипломатические поручения во Франции, Испании и Англии, а в это время возглавлял Почтовое ведомство. В его-то доме и состоялась встреча Петра с опальной женой.

Долгие разговоры ни к чему не привели: Евдокия наотрез отказалась уходить в монастырь и в тот же день попросила о заступничестве патриарха Адриана.

Патриарх заступился за царицу, но Пётр накричал на семидесятилетнего князя церкви, гневно заявив, что это не его дело, и он, царь, никому не позволит вмешиваться в его решения и его семейные дела.

Через три недели Евдокию Фёдоровну посадили в закрытую карету, и два солдата-преображенца отвезли её в Суздаль. Есть свидетельство, что Пётр даже хотел казнить Евдокию, но за неё заступился Лефорт, и дело ограничилось заточением в монастырь.

Там с ней и вовсе перестали церемониться: силой постригли, переменив её родовое имя Евдокия на новое, монашеское — Елена, и, не обращая внимания на крики и слёзы, заперли в тесную келью Покровского девичьего монастыря.

И об этом сёстры-царевны тут же сообщили Софье. А потом она узнала, что Евдокии не дали ни копейки на содержание и она вынуждена была просить деньги у своих опальных и обнищавших родственников. В одном из писем им Евдокия — ныне инокиня Елена — писала: «Здесь ведь ничего нет: всё гнилое. Хоть я вам и прискушна, да что же делать, покамест жива, пожалуйста, поите, да кормите, да одевайте, нищую». И об этом со временем тоже довели до сведения Софьи, которая не могла не удивиться собственному завидному положению. Со временем дела Евдокии немного наладились — родственники сумели установить связь её духовника и местного архимандрита Досифея и стали более-менее регулярно пересылать ей деньги и вещи. Многие окружавшие её монахини прониклись искренним сочувствием к несчастной царице, к тому же разлучённой и с любимым сыном — наследником престола Алексеем Петровичем.

Так, в страданиях и обиде, без всякого просвета и почти без надежды, и прожила инокиня Елена первые десять лет своего монастырского заточения...

А пока Софья доживала свои дни в Новодевичьем монастыре, Пётр, как впоследствии выразился Пушкин, «на высоту, уздой железной Россию поднял на дыбы». Он, как и князь Голицын, тоже совершил два похода против Крыма и Турции, только результаты этих походов были диаметрально противоположными успехам «братца Васеньки» — была взята сильная турецкая крепость Азов, и русские корабли, построенные перед тем на верфях под Воронежем, вышли в Чёрное море.