Избавившись от соперников, Мункэ стал полновластным повелителем Монгольской империи. Он продолжил политику веротерпимости, проводившуюся его матерью, и выделял средства на строительство мечетей и буддийских монастырей. Один персидский историк, например, отмечал, что Мункэ «оказывал особую честь мусульманам и наделял их подарками и милостыней щедрее, чем прочих». Мункэ также провел перепись населения и установил налоговую систему, которая была для подданных-земледельцев менее обременительной, чем налоги, взыскивавшиеся Торэгэне и Гуюком. При новой системе налоги собирались не монгольской знатью, а государственными ведомствами, что должно было ослабить притеснение покоренных народов.

Подобно своим предшественникам, Мункэ стремился раздвинуть границы Монгольской империи. Следуя примеру своего деда Чингис-хана и своего отца Толуя, он набирал в войска не-монголов, сведущих в областях военного искусства, в которых сами монголы традиционно не были сильны. Военачальники Мункэ получали специальные указания, удерживавшие их от бессмысленного разорения завоеванных земель. Более того, им было приказано перед нападением на ту или иную область посылать ее правителю приказ подчиниться, и прибегать к силе только в случае отказа.

Мункэ назначил своего младшего брата Хулагу командующим войсками, отправленными на запад для «усмирения» мусульманских стран. Выступив в поход в 1256 г., Хулагу повел армию на твердыни могущественной мусульманской секты исмаилитов, известного широкой публике под названием «орден ассассинов», хотя это наименование не только отличается неточностью, но и способно вызвать неверные ассоциации. В крепости Аламут, расположенной высоко в горах Эльбруса к югу от Каспийского моря, исмаилиты «укрепили защитные сооружения и свезли в замок множество припасов». В уверенности, что им удастся успешно выдержать осаду, исмаилиты отказались выполнить приказ Хулагу сложить оружие. Тогда Хулагу начал бомбардировать Аламут каменными снарядами, и в начале 1257 г. исмаилиты были вынуждены сдаться. Поскольку они оказали сопротивление, Хулагу обошелся с ними без пощады, позволив своим войскам перебить большую часть сдавшихся. Аббасидский халиф в Багдаде, который также отказался покориться Хулагу, в свою очередь испытал на себе всю тяжесть монгольского гнева. В 1258 г. Хулагу разгромил халифат, разграбил Багдад и казнил халифа.

Западный поход увенчался крупным успехом. Однако на востоке Мункэ и его младший брат Хубилай столкнулись с еще большими трудностями. Тем не менее, именно в восточных походах Хубилай прославил свое имя и завоевал выдающееся положение, позволившее ему впоследствии выдвинуть притязания на каганат Монгольской империи.

В то время как Хулагу расширял пределы Монгольской империи на западе, Мункэ разрабатывал планы по завоеванию областей Китая, остававшихся под властью династии Южной Сун. Эти захватнические устремления были отчасти обусловлены набегами сунских отрядов на территорию, контролируемую монголами. Например, непосредственно перед тем, как Мункэ взошел на престол, сунские войска напали на город Юннин в современной провинции Хэнань. Мункэ и его военные советники решили вести наступление сразу в нескольких направлениях, так как лобовой удар с севера на юг вряд ли привел бы к успеху и, скорее всего, наоборот, был бы обречен на полный провал. Одним из вариантов являлось нападение с запада, но препятствием в данном случае служило государство Да-ли в современной провинции Юньнань. Монголам необходимо было покорить эту область, чтобы сделать из нее базу для наступления на Сун. В 1252 г. Мункэ поставил своего брата Хубилая во главе армии, отправившейся в поход на отдаленную провинцию Юньнань, которая по традиции даже не считалась частью Срединной империи.

До сих пор Хубилай устремлял все силы на укрепление своей власти в Северном Китае. В первые месяцы правления старшего брата Хубилай значительно расширил границы своих северокитайских владений. Конечно, он должен был получить разрешение Мункэ на увеличение территории, находящейся под его управлением, которую следует отличать от его собственного удела Синчжоу. Его требование было сочтено справедливым. Монгольские войска успешно захватили Северо-Китайскую равнину, но испытывали трудности с постоянным подвозом зерна и других продуктов. Доставка этих припасов оказалась сложным и хлопотливым делом. По предложению своего китайского советника Яо Шу Хубилай попросил позволения устроить военные поселения, получившие китайское название тунь-тянь, в Хэнани и Шэньси. Солдаты-китайцы, служившие в его войсках, должны были выполнять не только военные задания, но и сельскохозяйственные работы в этих областях. Такой план позволял войскам самим обеспечивать себя продовольствием и одновременно укреплял контроль за местным населением. В Бяньцзине (у Кайфэна, столицы династии Цзинь) для управления этими военными поселениями было создано особое ведомство, называвшееся по-китайски Цзин-люэ сы. В результате экономическое положение в области, где были организованы такие хозяйства, значительно улучшилось, и это в свою очередь весьма способствовало осуществлению замыслов Хубилая по созданию сильной базы в Китае.

Между тем Мункэ пожаловал Хубилаю новый удел в дополнение к Синчжоу, предложив ему на выбор Наньцзин (область близ Кайфэна) или Цзинчжао (в области Сиани, одной из древнейших столиц в Китае). Хубилай, не знакомый с этими местами, обратился к своим советникам, особенно Яо Шу. Они объяснили ему, что почвы и орошение в Наньцзине хуже, чем в Цзинчжао. Область Наньцзин иногда страдает от разливов Хуанхэ, а некоторые земли из-за высокого содержания соли непригодны для земледелия. С другой стороны, в Цзинчжао, главном районе в области Гуаньчжун, почвы гораздо плодороднее, но меньше население. Хубилай прислушался к этим разъяснениям и выбрал Цзинчжао. Мункэ, очевидно, не ожидавший, что его брат попросит менее населенные земли, вознаградил его, пожаловав еще один удел в Хуаймэне в Хэнани. В своих новых владениях Хубилай, среди прочих ведомств, учредил Управление по умиротворению (кит.: Сюаньфу сы) для поддержания мира и спокойствия, а также службу для печатания бумажных денег, способствовавшую развитию торговли.

Таким образом, интересы Хубилая оказывались все более и более тесно связаны с Китаем, по мере того как в экономическом и политическом отношении его положение все больше зависело от китайских владений. В то же время он все дальше отходил от ценностей, обычаев и способов управления своих монгольских предков. Тем не менее, он всегда оставался монголом, несмотря на необходимость приспосабливаться к некоторым китайским представлениям и привычкам, чтобы успешно управлять страной.

В конце 1252 г. Хубилай еще глубже погрузился в китайские дела, так как великий хан приказал ему покорить царство Да-ли. Эту страну населяли не-китайские народы, но китайцы на протяжении нескольких веков постепенно продвигались в этом направлении. Захват Да-ли представлял бы собой логичное развитие китайской экспансии, поскольку он устранял бы препятствия для торговли с Бирмой и Южной Азией. Таким образом, это предприятие нельзя считать собственно монгольской инициативой, поскольку такую цель, несомненно, поставила бы перед собой любая китайская династия.

Хотя Хубилай получил приказ Мункэ в июле 1252 г., он выступил в поход только в сентябре 1253 г. Характерно, что он тщательно, даже, может быть излишне тщательно, готовился к войне, не желая оставлять ничего на волю случая. Он считал, что его войска должны быть готовы к любым трудностям и не должны испытывать нехватку в припасах. К походу на Да-ли важно было подготовиться особенно хорошо, так как это была его первая крупная военная кампания. Наконец, в возрасте 36 лет он получил серьезное поручение, имеющее жизненно важное значение для Монгольской империи. Его отец и его старший брат Мункэ возглавляли монгольские армии, когда им не исполнилось еще и двадцати лет. Так как возможность проявить свои военные способности предоставилась Хубилаю в гораздо более зрелом возрасте, он вовсе не хотел ее упустить.