Некоторые ученые обсуждали вопрос о том, насколько самостоятельно Хубилай принимал решения в политической, социальной и экономической сферах, определявшие курс первых лет его правления. Принимал ли он активное участие в разработке программ, осуществлявшихся в этот период? Или же китайские советники представляли ему проекты, которые он утверждал без особых раздумий? Конечно, Хубилай не мог выступать в роли инициатора многих мероприятий, осуществлявшихся впоследствии. Несмотря на тесную связь с оседлым миром, его относительная неопытность в управлении империей ставила его в определенную зависимость от советников. Однако он не сидел сложа руки в ожидании, когда ему поступят какие-либо предложения и проекты, он настоятельно их требовал. Один из чиновников приводит его слова: «Те, кто представляет докладные записки с предложениями, могут представлять их в запечатанных конвертах. Если предложения невозможно принять, наказания не последует. Но если предложения полезны, двор щедро вознаградит и возвысит человека, представившего их, чтобы поощрить верных и честных». Ван Юнь, живший в то время, сообщает, что Хубилай участвовал в совещаниях и что советники и чиновники имели к нему свободный доступ. За одну неделю в мае 1261 г. Вану было дано три аудиенции с императором для обсуждения государственных дел. Другие, более влиятельные советники, конечно, имели возможность видеть хана еще чаще. В те времена Хубилай, по-видимому, пристально следил за событиями, происходившими при дворе и в стране в целом и был прекрасно о них осведомлен. Как мы уже говорили, он не был инициатором многочисленных нововведений, но все они проходили через него, и при случае он вносил в них поправки, чтобы привести их в соответствие с монгольскими обычаями.

Проекты и предложения выдвигались не только китайцами. В начале 1260-х гг. Хубилай пользовался услугами интернационального штаба. Его доверенный тибетский советник Пагба-лама в 1260 г. получил титул Гоши (Государственный Наставник), и в конце концов император пожаловал ему власть над Тибетом. Хубилай приглашал на службу мусульман из Средней Азии для надзора за торговыми делами, а некоторые из них были назначены финансовыми управляющими. Еще более выдающееся положение при Хубилае занимали тюрки, служившие монголам со времен Чингис-хана. Они не только принимали участие в военных походах: из 73 тюрков-уйгуров, состоявших на службе у Хубилая, только 7 были военными. 21 занимали должности постоянных представителей (монг.: даругачи) или местных чиновников, несколько уйгуров были наставниками монгольских князей, а прочие — придворными переводчиками. Также на разных постах в правительстве Хубилая служили представители других тюркских племен (канглы, кипчаки и др.). В сущности, он собрал интернациональную группу советников, и его экономическая программа отражала более глобальный взгляд на мир, чем программы прежних китайских династий.

Одним из ключевых пунктов программы было развитие сельского хозяйства. В 1261 г. Хубилай учредил Ведомство Поддержки Сельского Хозяйства (кит.: Цюаньнун сы) и назначил 8 чиновников для разработки программы по земледелию. Во главе ведомства был поставлен Яо Шу, а этот выбор многое говорит о значении, которое император придавал этому вопросу. Эти чиновники в свою очередь подобрали людей, сведущих в сельском хозяйстве, чтобы помочь крестьянам с землей. В конечном итоге был создан мощный бюрократический аппарат, задача которого заключалась в обеспечении более эффективного использования пахотных земель. Пашни в Северном Китае сильно пострадали от беспрерывных войн, разорявших страну на протяжении полувека, и Хубилай должен был предпринять все возможное для их восстановления. Предоставить льготы, включая освобождение от уплаты налогов, было бы недостаточно. Следовало также строить амбары для излишков зерна на случай нехватки продовольствия в этих опустошенных областях. В конце концов в столице Хубилая насчитывалось 58 таких амбаров, в которых хранилось 145000 ши (ши равнялось примерно 133 фунтам) зерна. Однако это были паллиативные меры. Для поддержки китайских крестьян необходимо было предпринимать более серьезные усилия.

По указам и действиям Хубилая видно, что он пытался защитить интересы крестьян. Одна из его инструкций, адресованная монголам, была направлена на защиту самой большой ценности, какая находилась в собственности крестьянина — его земли. В начале 1262 г. император запретил кочевникам пасти стада на пахотных землях. Он не позволял своим соплеменникам захватывать крестьянские участки и причинять им ущерб. Этот указ и другие постановления раскрывают его растущую озабоченность благосостоянием оседлого населения. Однако эти меры не означают, что Хубилай занимался исключительно крестьянскими проблемами. Тем не менее, Хубилаю было очевидно, что китайскими владениями невозможно надлежащим образом управлять без процветающего или по крайней мере твердо стоящего на ногах крестьянского класса.

Таким образом, Хубилай стремился всемерно содействовать самоорганизации крестьян для возрождения экономики. К 1270 г. он обнаружил подходящее орудие для подобной организации, шэ, который, по-видимому, возник еще при династии Сун. Эта новая сельская организация, поддерживаемая государством, состояла из примерно 50 хозяйств под управлением сельского старосты, шэчжана, и имела своей главной целью поощрение сельскохозяйственного производства и возвращение крестьян на заброшенные земли. Хубилай возложил на шэ обязанность помогать крестьянам возделывать землю, сажать деревья, расчищать пустоши, налаживать ирригацию, увеличивать производство шелка и разводить рыбу в озерах и реках. Староста шэ должен был принуждать к работе ленивых и награждать работящих. Тот факт, что управление шэ было передано самим китайцам, в каком-то смысле был равнозначен дарованию им права самоуправления.

Однако Хубилай и его советники намеревались наделить шэ и другими функциями. Главной целью было установление стабильности. Похоже, что многие крестьяне желали объединиться не в революционные группы, стремящиеся изменить существующее социальное устройство, а в организации, ставящие перед собой задачу возродить прежнее социальное устройство и вернуть в села стабильность. Хубилай также планировал превратить шэ в орудия надзора и проведения периодических переписей. Возможно, самым крупным нововведением была мысль использовать эту новую единицу в образовательных целях. Каждая шэ получила задание устроить школы для крестьянских детей. Школы должны были обучать их наилучшим и наиболее эффективным способам ведения сельского хозяйства, а также преподавать им начатки грамоты. Хотя эта программа развития образования, выходящая за рамки традиционной подготовки к экзаменам на гражданский чин, не была осуществлена, она свидетельствует о том, что Хубилаю и его советникам были близки представления о грамотном крестьянстве, чьи интересы будет защищать правительство. Руководство страны больше не ограничивало свои заботы нуждами одних лишь кочевников. Часть его внимания перешла крестьянам. Например, Хубилай потребовал, чтобы шэ обустроили «благотворительные амбары» (кит.: ицан) для помощи беднякам при неурожае или засухе, а также для обеспечения зерном сирот, вдов и стариков.

Другим средством защиты крестьянского населения служила разработка четкой и постоянной системы налогообложения. Хубилай собирался отказаться от налогов на Земледелие, которые с трудом поддавались контролю и давали повод к многочисленным злоупотреблениям. Столь же важное значение имело его намерение ограничить власть удельных князей. При системе, введенной Хубилаем, деньги, которые крестьяне ранее выплачивали удельным князьям, теперь должны были передаваться правительству, а затем поровну делиться между центральным правительством и уделом. Крестьяне должны были платить ежегодные налоги, не озабочиваясь удельными податями, часто устанавливавшимися совершенно произвольно.