При структуре местной администрации, введенной Хубилаем и его советниками, Китай был разделен на провинции, каждая из которых управлялась особым отделением Секретариата. После завоевания Южной Сун в 1279 г. Китай состоял из десяти таких провинций, а столичная провинция, личные владения хана, которая включала в себя современный Хэбэй, Шаньдун, Шаньси и часть Внутренней Монголии, являлась важнейшей частью империи. Главным чиновником в каждой провинции был начальник (министр, кит. Чэнсян), которому помогали чиновники, занимавшие должности, по названиям сходные с чинами центрального Секретариата. Провинции далее делились на примерно 60 управлений по умиротворению (Сюаньвэй сы), которые состояли примерно из 180 округов (лу). На пост Главного Управляющего (Цзунгуань) часто назначались китайцы. Параллельно с Главным Управляющим действовали местные уполномоченные (монг. даругачи), часто посылавшиеся в эти округа. Должность даругачи обычно занимали монголы или выходцы из Средней Азии, а их функции пересекались с функциями Главных Управляющих. В сущности, они должны были следить друг за другом.

Одной из главных особенностей, отличавших монгольское управление от административной системы китайских династий, было стремление к всестороннему контролю. Борьба с Ариг-Букой, мятеж Ли Таня и сомнительные обстоятельства собственного восшествия на престол научили Хубилая остерегаться всецело доверять своим чиновникам, будь то монголы или китайцы. Хубилай требовал от должностных лиц, многие из которых не были монголами, чтобы они были верными, честными и неподкупными. Кроме того, даже в монгольских землях он стремился ограничить самостоятельность удельных князей. Таким образом, он наделил Управление Цензуры большей властью, чем все предшествующие китайские династии. Подобно Секретариату, Управление Цензуры имело отделения, надзиравшие за чиновниками на местах. Цензоры периодически объезжали страну, чтобы выискивать финансовые и политические нарушения, допущенные придворными, военными или местными чинами. Как пишет один ученый, «монгольская система цензуры проникала гораздо глубже, чем любая предшествующая, а степень ее централизации не имеет себе равных в китайской истории. Монгольский инспекционный аппарат можно считать одним из институционных чудес китайской истории». Подавив мятеж Ли Таня, Хубилай возымел желание создать такую структуру, чтобы обезвреживать и уничтожать любое сопротивление еще до того, как недовольство перерастет в вооруженное восстание. В этой связи надзор и контроль приобретали жизненно важное значение.

Другими весьма показательными отклонениями от китайской традиции являлись его установки и внутренняя политика. Главная цель Хубилая состояла в контролировании чиновников и ограничении их злоупотреблений властью. Его указы и эдикты были направлены на то, чтобы не дать чиновникам, пользуясь своим положением, угнетать местное население и подрывать престиж центрального правительства. Чиновников, плохо или медленно выполнявших свои обязанности, ждали палки или даже смертная казнь. Те из них, кто принимал от населения дары или взятки или же был уличен во лжи вышестоящим, подвергалась бичеванию. За тяжелые проступки чиновник снимался с занимаемой должности. За различные формы взяточничества и нарушений долга были установлены четко определенные наказания. Суровые наказания несли чиновники, использовавшие общественную собственность или военных в своих целях. Столь же строго взыскивалось с должностных лиц, вводивших тяжелые налоги или трудовые повинности или любым другим путем угнетавших своих подчиненных.

Судя по данным некоторых последних исследований, в действительности попытки Хубилая установить полный контроль за подданными были безуспешны. Центральный Секретариат эффективно функционировал только в Столичной Провинции, личных владениях Хубилая. По-видимому, он почти не имел влияния в других областях страны. Один современный ученый пишет, что «за важным исключением назначения чиновников, участие центрального правительства в управлении всей территорией империи была в лучшем случае краткосрочным или же было ограничено отдельными сферами деятельности». Могущественные отделения Секретариата часто игнорировали указания центрального ведомства. Функции многих служб пересекались, приводя к многочисленным проволочкам в принятии решений. Хубилай вовсе не столь уж безраздельно контролировал местные дела, как он бы того хотел. Таким же ограниченным был и его контроль над чиновниками. На всем протяжении своего царствования он выпускал указы, направленные против коррупции, но, как мы увидим в 7-ой главе, взяточничество продолжало оставаться проблемой, которую не удавалось искоренить Управлению Цензуры. И все же к началу 1260-х гг. Хубилай создал для Китая административную систему, которая, по крайней мере, на бумаге, казалась вполне эффективной.

Теперь Хубилай мог осуществить свои экономические и социальные планы. Он разработал систему, которая в теории обеспечивала монгольскую власть над Китаем. Правительственные учреждения были в целом знакомы китайцам, так как многие из них являлись лишь видоизмененными вариантами привычных ведомств. Хубилай намеревался предоставлять должности в администрации своим китайским подданным, но надзирать над ними должны были монголы и выходцы из Средней Азии. Чтобы предотвратить саботаж или измену со стороны китайских чиновников, было учреждено Управление Цензуры и выпущены строгие законы. Таким образом, Хубилай тщательно подготовился к проведению нужной ему политики.

Подобно, своим предшественникам на монгольском престоле, Хубилай понимал, что должен продолжать территориальную экспансию. Его войска были готовы к дальнейшим завоеваниям. В глазах монголов успешность правителя определялась по крайней мере отчасти его способностью увеличивать богатства и расширять пределы своих владений. Сходным образом, по китайским представлениям, добродетель истинного правителя и слава его государства должны принуждать иноземцев подчиниться китайской цивилизации. Чтобы оправдать ожидания как монгольского, так и китайского мира, Хубилаю было необходимо проводить активную, даже агрессивную внешнюю политику. Спорные обстоятельства воцарения Хубилая также вынуждали его доказывать свою состоятельность, чтобы искоренить любые сомнения относительно его прав на престол. Поскольку легитимность Хубилая была оспорена его родным братом, его правомочность в качестве повелителя Монгольской империи вызывала серьезные вопросы. А чем лучше всего подтвердить свой авторитет, как не территориальными приобретениями?

Главная цель Хубилая заключалась в покорении Южной Сун. Хотя под его властью находился традиционный центр китайской цивилизации, земли к югу от Янцзы не входили в его владения. Со времен ранней Тан юг приобретал все большее значение. Эти области были гораздо плодороднее, чем север страны, а морская торговля обогащала прибрежные города. Хубилаю нужно было покорить Южную Сун и для того, чтобы завоевать уважение китайцев, и для того, чтобы устранить постоянную угрозу, исходящую от враждебной династии, которая выдвигала притязания на земли, уже завоеванные монголами.

Еще одна причина состояла в обеспечении безопасности границ. Положение на южной границе с Сун было нестабильным и требовало укрепления. Северо-западная граница с Кореей не вызывала опасений, но ко времени воцарения Хубилая Корея только начинала признавать верховную власть Монгольской империи. На среднеазиатской границе существовала реальная угроза устремлениям Хубилая, так как Хайду, внук Угэдэя, отвергал верховенство великого хана в Средней Азии и время от времени предпринимал пограничные набеги. Хайду, хан среднеазиатских кочевников, также создавал напряжение на рубежах самой северной области владений Хубилая — Монголии. Вынужденный заботиться об обороне, Хубилай должен был увеличивать численность войск и снаряжать военные походы на север и северо-запад.