Хубилай не мог оставить неотомщенным столь обидное поражение. В марте 1286 г. он послал своего внука Есен Темура, сына своего сына Угэчи, на помощь командующему Ариг-Хайе, войска которого продолжали стоять у аннамской границы. Через несколько месяцев в ту же область был отправлен Насир ад-дин. В 1287 г. к ним присоединилась гораздо более мощная армия, которую вновь возглавил Тогон. Монгольские силы дошли до Ханоя, но обнаружили, что правитель Аннама и его сын уже бежали. Впрочем, монголы в конце концов очистили Ханой, так как жара и сложные условия вынудили Тогона отступить. Когда Хубилай узнал о неудачах Тогона, он не позволил сыну явиться ко двору. А чтобы дать ему почувствовать все свое разочарование, он перевел его в Янчжоу, считавшееся синекурой, и не разрешил вернуться в Даду. Однако, как бы то ни было, нельзя возлагать вину за неудачи на одного лишь Тогона. Ни один из способных и даже блестящих полководце, отправленных Хубилаем на войну с Аннамом и Чампой, не смог справиться с поставленными перед ними задачами.

Впрочем, аннамскому правителю стало очевидно, что монголы не прекратят опустошать его страну, если он формально не признает их гегемонии в Азии. Чтобы избежать дальнейших вторжений, он изъявил покорность, отправив ко двору Хубилая посла с данью и уверениями в верности. Хубилай принял его «подчинение» и не стал больше отправлять войска в Аннам. В свою очередь, Аннам начал регулярно посылать дань великому хану. Из сходных соображений правитель Чампы Джайя Индраварман VI также стал посылать к императорскому двору дипломатические миссии.

Между тем Хубилай не оставлял намерений наказать гордого правителя Пагана Наратхихапати. В 1283 г. он послал мощную армию, чтобы заставить его покориться, но Наратхихапати просто укрылся в горах. Только в 1287 г. Хубилай снарядил против бирманцев новый поход. Это войско под началом внука великого хана Есен Темура с боями дошло до столицы Пагана и несколько месяцев оставалось стоять в городе. Униженный и обесславленный, Наратхихапати был вынужден послать дань к монгольскому двору, чтобы вернуть столицу. Позорное поражение от монголов подорвало его престиж в родной стране, и этим воспользовался его сын, приказавший отравить отца. Впрочем, монголы не извлекли из этих походов особой выгоды. Бирма выплатила дань, но финансовые затраты на войны с Наратхихапати оказались неоправданно велики.

Еще сложнее найти разумное объяснение знаменитым походам против Явы. Как и в случае с вторжениями в Японию, экспедиции на Яву отправлялись морем, и потому главную роль в них должен был играть флот.

Опять же, войны с Явой, как и войны с Японией, были спровоцированы оскорблением, нанесенным монгольскому послу. Правитель Явы Кертанагара проявил такую же неуступчивость, как и Ходзё Токимунэ. Он объединил под своей властью значительную часть острова, обратился в буддизм тантрического толка и заключил союз с Чампой, скрепив его браком. Он стремился поставить под свой контроль доходную торговлю пряностями, шедшую через Молуккские острова, и сделать яванцев посредниками в этой торговле. Кертанагара вполне мог опасаться, что Хубилай намерен перехватить у него эту выгодную сферу деятельности.

Поэтому неудивительно, что он не оказал сердечного приема посольству великого хана. Посол Хубилая Мэн Ци прибыл на Яву в 1289 г. и потребовал от правителя изъявлений покорности. В ответ на это требование Кертанагара приказал спалить лицо злополучному послу. Этот инцидент дал повод Хубилаю начать подготовку к военному походу на Яву. В глазах монголов оскорбление или убийство послов было одним из самых отвратительных преступлений. Поэтому Хубилай приказал монголу Шиби, китайцу Гао Сину и уйгуру Икэмусы собрать войска и припасы в провинциях Фуцзянь, Цзянси и Хугуан. Шиби было доверено верховное руководство, Гао был назначен начальником сухопутных войск, а Икэмусы должен был руководить флотом. В конце 1292 г. 20-ти тысячная армия вышла в море из Цюаньчжоу на 100 кораблях. Она везла с собой годовой запас зерна и 40000 унций серебра для приобретения дополнительных запасов. В начале 1293 г. войска Гао Сина высадились на Яве; корабли Икэмусы остались у берега. Кертанагара, извещенный о надвигающейся опасности, уже отправил значительные силы в Чампу и на Малайский полуостров, где, как он полагал, должен был сначала высадиться враг, прежде чем двинуться на Яву.

Поскольку основная часть армии Кертанагары находилась вдали от Явы, он оказался в крайне уязвимом положении, дав возможность поднять голову неусмиренным и непокоренным яванцам. Один из их вождей, Джайякатванг, глава непокорного государства Кедири, поднял восстание против Кертанагары, разгромил его войска и убил его самого.

Государство Кертанагары перешло к его зятю, вероломному принцу Виджайе. Задавшись целью отомстить за убийство своего тестя, Виджайя предложил изъявить покорность монголам в обмен на помощь в борьбе с дерзкими мятежниками. Его подчиненные снабдили юаньские войска важными сведениями о портах, реках и топографии Кедири, а также подробной картой провинции. Монголы приняли предложение и согласились вступить в войну с Джайякатвангом. Китайско-монгольский флот направился к Кедири и по пути разгромил высланные против него морские силы. Гао Син высадился в Кедири, и за неделю монголы сломили сопротивление обороняющихся, перебив около 5000 солдат. В конце концов Джайякатванг сдался и, очевидно, был предан казни. Впрочем, хотя могло показаться, что монгольский поход увенчался поразительным успехом, возглавлявшие его полководцы проявили слишком большую доверчивость. Виджайя попросил, чтобы ему выделили 200 безоружных монгольских солдат в качестве эскорта, чтобы он мог отправиться в город Маджапахит, где он собирался официально принести изъявления покорности представителям великого хана. Начальники монголов согласились выполнить эту просьбу, не заподозрив неладное. По пути в Маджапахит отряды принца заманили китайско-монгольский эскорт в засаду и стали скрытно окружать основные силы монголов. Они действовали столь успешно, что Шиби, монгольский военачальник, едва спас свою жизнь. Ему пришлось проделать достаточно долгий путь, чтобы добраться до своих кораблей, а при отступлении он потерял 3000 человек. Когда все начальники экспедиции собрались, чтобы решить, что делать дальше, они не смогли придти к единому мнению, следует ли вернуться на Яву и наказать двуличного принца Виджайю. В итоге, разойдясь во взглядах, они отвели свой флот и двинулись обратно к берегам Китая.

Таким образом, провалом закончилась еще одна дорогостоящая экспедиция. И хотя затраты на яванский поход уступали расходам на войны с Японией, удар, нанесенный этой неудачей по престижу Хубилая, был столь же чувствителен. Кроме того, этот поход не принес никакой материальной выгоды. Правда, юаньские войска привезли в Китай пряности, благовония, рога носорогов, слоновую кость, карту Явы, перепись местного населения и письмо золотыми буками с острова Бали. Однако ценность привезенного вряд ли окупала стоимость экспедиции.

Возможно, еще больше подтверждали утрату Хубилаем контроля над управлением восстания в областях, теоретически находившихся под его властью — первое вспыхнуло в Тибете, второе — в Маньчжурии. Столь осязаемые свидетельства неверности наносили существенный ущерб притязаниям Хубилая на статус хана ханов и императора Китая. Правда, эти удары исходили из периферийных регионов, а не из центра его владений. Тем не менее, если мятежи поднимали пограничные области, что могло помешать центральным районам последовать их примеру? Поэтому Хубилай принял решительные меры для подавления обоих восстаний, очевидно, стремясь предотвратить распространение мятежных настроений на территорию Китая. Однако сам факт беспокойств в пограничных землях в 1280-х гг. подчеркивал трудности, с которыми сталкивался Хубилай в этот период.

Первым восстал Тибет. С первых лет своего царствования Хубилай поддерживал тесную связь со страной лам. Одним из его ближайших советников был тибетский буддист Пагба-лама, а при императорском дворе в Даду подвизалось много тибетцев. Для руководства делами буддистов Хубилай учредил особое ведомство Цзунчжи юань и назначил управлять Тибетом гражданского управляющего (dpon-chen, пончен, «Великий правитель»), пока Пагба-лама находился в Китае. Несмотря на это, в стране не прекращались волнения, вызванные отчасти действиями Хубилая, а с другой стороны местными проблемами и спорами между буддистскими сектами. Учреждение Хубилаем одновременно постов Императорского Наставника (который занял Пагба-лама) и пончена привело к напряженности. Между понченом Гунга-Санпо и Пагба-ламой часто возникали разногласия: как писал один ученый, настоятель и пончен Гунга-Санпо явно недолюбливали друг друга. Хубилай также основал Тибетское отделение управления по умиротворению (Сюаньвэй сы), которое составляли военные. Это ведомство еще больше усложняло и без того непростую структуру управления страной и создавало дополнительный класс чиновников, борющихся за власть. В 1280 г. Пагба-лама скончался в возрасте 45 лет, еще совсем не старым, от неизвестных причин. Главы секты Сакья обвинили пончена в отравлении ламы, заключили его в тюрьму, а затем предали казни. Хубилай оплатил похороны своего верного учителя и воздвиг ступу в его честь. В 1281 г. он назначил Императорским Наставником 13-летнего племянника Пагба-ламы Дхармапалу, и в Тибете на время воцарились мир и спокойствие.