Естественно, если Хубилай хотел выступать в роли правителя всего Китая, он должен был завоевать доверие не одних лишь конфуцианцев. Следовало прислушиваться к представителям других религий и культов. Хубилай проводил политику, направленную на привлечение симпатий всех религий в его владениях. Перед китайскими учеными он выдавал себя за поборника конфуцианской системы; перед тибетскими и китайскими монахами он стремился выглядеть ярым буддистом; европейцам, таким как Марко Поло, он предрекал массовое обращение своих подданных в христианство, а мусульманам он обещал свое покровительство. Такое хамелеоноподобное поведение весьма помогало Хубилаю управлять этнически и религиозно разнородным населением империи.

Одной из религиозных групп, которые Хубилай стремился привлечь на свою сторону, были мусульмане. Начиная с 1261 г. он все чаще доверял им правительственные должности и даровал особые привилегии. Например, мусульмане были освобождены от постоянных налогов.

Двор редко вмешивался в религиозные дела мусульман. Упоминания о мусульманских общинах часто можно встретить в китайских и персидских источниках.

Мусульмане жили в летней столице Хубилая Кайпине и в главной столице Даду. Среди них были ремесленники, торговцы и архитекторы; как известно, Хубилай высоко ценил эти професии.

Хубилай терпимо относился к мусульманам, которые во многих областях страны создали практически самоуправляемые сообщества, и иногда даровал им награды.

Общины часто возглавлялись лицом, носившим звание шейх ал-ислам (кит.: хуэйхуэй тайши), которое часто выступало в роли посредника между общиной и монгольскими властями. Мусульманские законы толковались кади (кит.: хуэйцзяоту фагуань). В мусульманских районах были свои базары, больницы и мечети. Хубилай не препятствовал мусульманам соблюдать такие религиозные заповеди, как обрезание и воздержание от свинины. Он также не пытался навязать им китайский или монгольский язык. Многие члены общины продолжали говорить на арабском, персидском и тюркском. Хубилай выказывал свою благосклонность мусульманам, поскольку они приносили ему большую пользу в делах правления. Они налаживали торговые связи с другими азиатскими странами и служили сборщиками налогов и управляющими финансами, ослабляя зависимость Хубилая от китайских советников и чиновников. Так как мусульмане полностью зависели от императорского двора, наделявшего их должностями и властными полномочиями, император мог рассчитывать на их верность больше, чем на преданность китайцев.

Политика Хубилая приносила успехи. На службе у двора состояло несколько человек, пользовавшихся уважением в мусульманском мире; самым знаменитым из них был Саид Аджаль Шаме ад-дин (кит.: Сай-тянь-чи Шань-сы-дин), который происходил из знатной бухарской семьи и вместе со своим отрядом в 1000 всадников сдался монголам во время похода Чингис-хана на Среднюю Азию. Очевидно, на монголов произвели впечатление его способности и преданность, так как вскоре после пленения они стали назначать его на все более ответственные должности. Мункэ сделал его главным управляющим округа Яньцзин. В 1260 г. Хубилай назначил его уполномоченным по умиротворению (сю-аньфу ши) в Яньцзин, а через год он получил должность в Главном Секретариате. Очевидно, он хорошо себя проявил, поскольку к 1264 г. Хубилай дал ему пост фактического губернатора области, расположенной на территории современных провинций Шэньси, Ганьсу и Сычуань. Здесь он по поручению двора провел перепись населения, которая повысила сбор налогов, и занимался организацией армии.

Хубилай также оказывал покровительство буддистам, которых поддержал на диспуте с даосами в 1258 г. Ко времени восшествия на престол Хубилай уже испытывал влияние со стороны нескольких школ китайского буддизма, особенно школы Чань. Однако ее учение отличалось крайней возвышенностью и не обещало осязаемых и практических выгод, к которым Хубилай был отнюдь не равнодушен. С другой стороны, идеальным орудием для практических целей служил тибетский буддизм. Он мог подвести идеологическую базу под захват власти монгольскими правителями. Хубилая привлекали его магические аттрибуты, его многоцветность и внешний блеск, но больше всего его связь с мирскими делами. Многие тибетские буддийские секты издавна принимали самое активное участие в мирской жизни. Главы сект были также светскими вождями, а монастыри зачастую являлись центрами местной власти. Тибетские секты были не столь далеки от политики, как буддисты течения Чань.

Тибетец Пагба-лама из секты Сакья оказал Хубилаю ценную помощь, поддержав его устремления легитимизировать свою власть над Китаем. В ходе длительных контактов с монголами он усвоил многие их представления. Одновременно, будучи племянником одного из главных вождей секты Сакья и буддийским монахом, он пользовался уважением, граничившим с почитанием, у многих тибетских буддистов. Так как другой ценный тибетский союзник Хубилая Карма Пакши был обвинен в сочувствии Ариг-Буке, этот так называемый «кудесник» отошел в тень. Пагба-лама казался гораздо более надежным союзником.

Придя к власти, Хубилай осыпал Пагба-ламу почестями. В 1260 г. он назначил тибетца на новый пост Государственного Наставника (Гоши), а в начале следующего года поставил его во главе буддийского духовенства. В 1264 г. император даровал буддистам так называемый жемчужный указ, которым даровал буддийским монастырям освобождение от налогов. Впрочем, Пагба-лама не нуждался в особых поощрениях со стороны властей, поскольку он настолько проникся монгольским духом, что даже носил монгольскую одежду, навлекая на себя упреки соплеменников. И все же Хубилай продолжал укреплять с ним дружеские связи. В 1264 г. он основал Цзунчжи юань для управления Тибетом и надзора за отношениями правительства с буддистами, и первым начальником этого нового ведомства стал Пагба-лама. Их связи еще больше укрепились, когда младший брат Пагба-ламы женился на монгольской княжне, а позднее его примеру последовали его племянник и один из его внучатых племянников.

Последним шагом на этом пути была передача по крайней мере номинальной власти над всем Тибетом Пагба-ламе и настоятелям секты Сакьяпа. В 1264-1265 гг. Хубилай отправил Пагба-ламу в Тибет, чтобы убедить местное население признать монгольскую власть. Его младший брат Чагна-Дорчжэ-лама, который также воспитывался при монгольском дворе, прибыл в Тибет, получив от монголов титул «Главы всего Тибета» (тибет.: Bod-spyi’i steng-du bkos). Как распределялись полномочия между двумя братьями, не вполне ясно. Возможно, Хубилай хотел, чтобы Пагба-лама, как глава буддистов на всей территории империи, остался в Китае, а его младший брат, выполняя функции его агента, поселился в Тибете. Какие бы замыслы ни вынашивал Хубилай, предоставляя двум братьям по-видимому перекрывающие друг на друга сферы влияния в Тибете, они вскоре рухнули с неожиданной смертью Чагна-Дорчжэ-ламы в 1267 г. Секта Дигуп, являющаяся подсектой Кагьюпа, главного противник секты Сакьяпа, воспользовалась этим и подняла восстание против своих соперников и монгольского владычества. Хубилай отправил в Тибет карательный отряд и к 1268 г. монгольская власть была восстановлена. В том же году Хубилай начал укреплять связи с Тибетом. Он приказал провести перепись населения и создать систему почтовых станций. Хотя в источниках мы практически не найдем подробностей относительно дополнительных повинностей, возложенных на тибетцев, по-видимому, Хубилай ввел здесь систему налогообложения и военного призыва. В 1268 г. была создана и структура управления Тибетом. Во главе ее должен был стоять член секты Сакья (на тот момент Пагба-лама), который ведал делами буддистов на всей территории империи и должен был жить в Китае. Кроме того, монголы назначали особого тибетского чиновника (тибет.: dpon-chen — пончен, «Великий правитель»), который жил в самом Тибете и осуществлял непосредственное управление страной.