Прежде чем Хубилай начал выпускать власть из рук, он предпринял попытку справиться с одной из самых серьезных проблем и включить территорию Южной Сун в политическую и экономическую систему, которую он установил в Северном Китае. При этом он столкнулся с теми же финансовыми затруднениями. Войны между монголами и Южной Сун нанесли урон как землям, так и имуществу в Южном Китае. Экономические институты Сун отличались от северных, поэтому возникла необходимость подогнать их под общую структуру. Если Хубилай хотел достичь своих политических и экономических целей, он должен был создать единый и централизованный Китай.

Сначала Хубилай направил свои усилия на то, чтобы снискать доверие новых подданных. Он отпустил многих плененных сунских солдат и гражданских лиц. Свободу получили несколько десятков тысяч или, может быть, даже несколько сотен тысяч заключенных. Хубилай был полон решимости внушить южным китайцам мысль, что они являются не населением завоеванной страны, а почти равноправными гражданами или подданными монголов в едином Китае. Карательные меры только оттолкнули бы жителей Южной Сун, отдалив объединение обеих частей Китая. Поэтому указы и решения Хубилая были направлены на восстановление Южного Китая и сохранение многих традиционных черт южной экономики. Например, он запретил своим соплеменникам охотиться на пахотных землях. Он также приказал обустроить на юге амбары для хранения запасов зерна на случай неурожая при стихийных бедствиях, засухах или других непредвиденных обстоятельствах. Таким образом — он вновь давал южным китайцам понять, что не собирается уничтожать их сельскохозяйственную экономику.

Самым важным знаком для них явилось то обстоятельство, что Хубилай не стал вмешиваться в уже существовавшую систему долгов и обязательств. Как отметил один ученый, введенная им новая система не вносила коренных изменений в социальную структуру, подобных тем, которые были опробованы на севере. Император в общем и целом не конфисковал земли у главных южнокитайских землевладельцев и подтвердил их права и полномочия на местном уровне. Взамен он ожидал и обычно получал поддержку крупных землевладельцев в охране порядка и сборе налогов. Хубилай и его правительство не подрывало власть и права землевладельцев и чиновников в Южном Китае; монголы просто составили верхушку иерархической лестницы. Таким образом, юг претерпел меньше изменений, чем север. Крупные землевладельцы играли на юге гораздо более существенную роль, и Хубилай счел за лучшее не восстанавливать против себя этот могущественный слой. Он конфисковал некоторые земли, но по большей части только у тех китайцев, которые наотрез отказывались сотрудничать с монголами. Кроме того, конфискованные земли часто использовались к общественной выгоде. На части таких земель правительство основывало военные поселения (туньтянь) для защиты южных границ. Наконец, Хубилай отпускал часть дохода с этих владений на выплату жалования южнокитайским чиновникам.

Экономические требования монголов также не были слишком обременительными. Земельные налоги, которыми облагались китайцы, были относительно мягкими и в тяжелые времена отменялись. Как и на севере, монголы возлагали надежды на шэ, полагая, что они будут способствовать восстановлению сельского хозяйства. Южные шэ, подобно северным, имели в своем распоряжении амбары с зерном для благотворительных целей, которое распределялось среди неимущих. Это может служить еще одним примером неослабевающих усилий, которые монголы прилагали, чтобы завоевать доверие всех слоев южнокитайского общества. Как и на севере, на юге Хубилай также ввел государственные монополии на соль, чай, алкоголь и некоторые другие товары, но цены на эти продукты оставались достаточно необременительными.

Главным свидетельством того, что Хубилай стремился скорее поддержать, чем подорвать южную экономику, является его политика в вопросе бумажных денег. В сунском Китае существовала своя система бумажных денег, которую теперь следовало включить в юаньскую. Завоевание Южной Сун нанесло серьезный удар по сунской бумажной валюте, которая полностью бы обесценилась, если бы монголы не оказывали ей некоторую поддержку. И все же объединение страны требовало введения единой денежной системы. Южные деньги хуэйцзы не могли сосуществовать с чжунтун, ходившими на севере Китая. Некоторые советники Хубилая предлагали ему просто объявить сунские деньги недействительными. Подобный шаг произвел бы хаос в южнокитайской экономике и разорил бы многих купцов и землевладельцев. Однако Хубилай избрал другой путь, который не наносил ущерба экономическим интересам южных китайцев. Он позволил им обменять хуэйцзы на северные деньги за несколько лет. Северная валюта в таком случае должна была постепенно вытеснять хуэйцзы. Если бы монголы отказались принимать хуэйцзы или потребовали их немедленного изъятия из обращения, сунская экономика была бы, несомненно, разрушена. Хубилай предотвратил экономический крах, который грозил Южному Китаю.

Еще одним свидетельством того, что Хубилай стремился восстановить благосостояние юга, может служить поддержка, которую он оказывал морской торговле. В общем и целом это было продолжением его политики по расширению внешней торговли. Как мы уже указывали, Хубилай увеличил число Управлений Морской Торговли. Он открыл южнокитайские порты для купцов из многих заморских стран. Торговля стала развиваться быстрыми темпами, и в Китай стали поступать различные товары, способствовавшие процветанию южных провинций. Меры, принимавшиеся Хубилаем и монголами, не следует целиком и полностью относить на счет альтруизма, поскольку правительство собирало с внешней торговли хорошие налоги, а также получало для двора полезные и редкие товары. Поддержка сельского хозяйства и постепенный перевод хуэйцзы в юаньскую денежную систему сулили существенные прибыли в будущем.

Несмотря на усилия Хубилая, враждебность населения Южного Китая к монголам не проходила. В некоторых южных областях вспыхивали восстания. Некоторые южные военные части отказывались складывать оружие. В 1279 г. Чэнь Гуйлун ввел остатки сунских войск, насчитывавшие, по сведениям китайских источников, «несколько десятков тысяч человек» в Цзяннань, подняв мятеж против монголов. Хубилаю и монгольской армии понадобилось два года, чтобы подавить восстание, захватить Чэня и обезглавить (если доверять китайским летописям) 20000 мятежников. В 1284 в Гуандуне поднялись менее значительные волнения, в которых приняло участие всего 10000 человек и которые монголы подавили без труда. Следующее восстание в Фуцзяне потребовало от монголов большего напряжения сил для восстановления контроля над этой областью. Для борьбы с мятежниками было задействовано 100000 монгольских солдат. Однако установить полный порядок в южных провинциях так и не удалось, и мятежи продолжали вспыхивать во все время царствования Хубилая. Многие южане не могли примириться с монгольской властью. Это непрекращающееся сопротивление вынудило Хубилая в 1289 г. издать указ, запрещающий жителям Цзяннани иметь луки и стрелы. Спустя десять лет после покорения Южной Сун Хубилай все еще считал необходимым уничтожать оружие на этой так называемой «завоеванной территории». Он был также вынужден держать на юге гарнизонные войска, особенно в городах.

Несмотря на все это, Хубилай проявлял по отношению к врагам снисхождение. Как сообщают китайские источники, он время от времени отпускал из тюрем многих плененных мятежников.

Ученая конфуцианская элита заняла, как мы уже отмечали, двойственную позицию в вопросе о сотрудничестве с монголами. Перед ней была открыта возможность присоединиться к новым правителям и попытаться подчинить своему влиянию этих «варваров». Или же, храня верность свергнутой династии, ученые могли проявлять свое неприятие нового режима, отказываясь сотрудничать с Хубилаем и его двором. Уходя в оппозицию по культурным или национальным причинам, они располагали рядом вариантов. Некоторые удалялись из общественной жизни, переходя в сферу частных интересов, включая живопись и драматургию. Некоторые отказывались служить монголам под предлогом того, что «варварам» чужда китайская цивилизация и ученость. Некоторые основывали особые ученые учреждения, чтобы заниматься наукой, одновременно избегая соприкосновения с завоевателями. Некоторые оказывали монголам активное сопротивление. В целом, хотя несколько ученых из Южной Сун заняли важные правительственные должности, Хубилаю не удалось привлечь на свою сторону большинство влиятельных и выдающихся южных ученых. Хотя император предоставил южнокитайским интеллектуалам значительную свободу выбора, требуя лишь исправной уплаты налогов, он не сумел завоевать у них то доверие, которым он пользовался в Северном Китае.