Между тем, шансы на успех зависели от того, удастся ли Хубилаю обеспечить самодостаточное развитие городов и оазисов. Весьма важно было увеличить объем сельскохозяйственного производства, так как местные жители и китайские гарнизоны должны были отражать набеги Хайду. Хубилай был вынужден действовать одновременно в двух направлениях, с одной стороны обеспечивать снабжение войск, а с другой оказывать покровительство местным земледельцам. Чтобы создать благоприятные условия для развития земледелия в северо-западных областях современной провинции Ганьсу и в оазисах к югу от Тянь-Шаня, следовало обустраивать военные поселения, предоставлять налоговые льготы и оказывать помощь при стихийных бедствиях. Ни в Ганьсу, ни в оазисах на реке Тарим земли не отличались особым плодородием. Хубилай должен был пойти на значительные затраты для осуществления своих замыслов. В 1276 г. он основал военные поселения в Шачжоу и Гуачжоу, выделив им семена и орудия. Примерно в это же время он приказал Лю Эню, одному из своих военных советников, провести перепись населения и топографическую съемку в Сучжоу и вывести туда несколько военных поселений. Лю выполнил приказ, но обеспечить полную безопасность новым поселениям не удавалось, и они все еще подвергались нападениям отрядов Хайду.
Сходным образом потерпели неудачу и планы относительно Уйгурии. В борьбе с Хайду Хубилай намеревался использовать земли уйгуров в южной части современной провинции Синьцзян как военную базу. Одновременно он стремился прибрать к рукам ресурсы этой области и оградить их от посягательств противника. В 1280 г. китайский полководец Ци Гунчжи получил задание восстановить контроль династии Юань над этими территориями и отвоевать уйгурские земли, ранее захваченные Хайду. Через год Ци во главе отряда в 1000 человек занял Бешбалык, столицу Уйгурии, и организовал там военные поселения. Однако переход на полное самообеспечение оставался далекой, почти призрачной целью. В течение нескольких последующих лет Хубилай не раз, откликаясь на просьбы Ци, отправлял ему необходимые припасы. Хотя монголы обложили местное население налогами и повинностями, доходы были достаточно низкими. Хайду устраивал набеги, нанося большой вред поселениям уйгурских земледельцев и отнимая у уйгуров накопленные припасы и ценности. Хубилай был не в состоянии предотвратить эти нападения, а отряды Хайду избегали столкновений с неприятелем.
Вторжения Хайду в Уйгуристан вызывали серьезные социальные и экономические проблемы. Земледельческая экономика, основанная на широкомасштабном использовании ирригации, крайне чувствительна к превратностям войны. Такие жизненно важные сооружения, как дамбы и каналы, разрушаются не только непосредственно в ходе военных действий, но и вследствие рассеяния земледельческого населения, которое приводит к нарушению постоянного обслуживания и прекращению ремонтных работ, необходимых для устранения наносов.
В отсутствие надежной защиты от кочевников некоторые уйгуры переселились в Китай, а в какой-то момент (до 1283 г.) их правитель, идук-кут, переехал в Юнчан в Ганьсу. Последним» ударом стала потеря Бешбалыка в 1285 г. и пленение Ци Гунчжи, полководца, которому было поручено восстановить власть династии Юань над Уйгурией.
Эти события окончательно перечеркнули все планы Хубилая, который утратил всякую надежду когда-либо захватить контроль над Средней Азией. Подобно многим китайским правителям, начиная с императоров династии Хань (206 г. до н.э. — 220 г. н.э.), Хубилай столкнулся с огромными трудностями, пытаясь утвердиться в степях и оазисах современной провинции Синьцзян. Линии снабжения, необходимые для содержания армии и поддержки дружественного местного населения, были растянуты и ненадежны; постоянная угроза со стороны кочевников и их неуловимость раздражали и устрашали солдат и союзников Хубилая, а перевести поселения в оазисах на полное самообеспечение так и не удалось. Отправлять войска на защиту местных жителей и подвозить им продовольствие оказалось чрезвычайно дорого и ложилось тяжелым бременем на императорскую казну. Шаги, предпринятые Хубилаем, не увенчались успехом. Однако ему удалось удержать Хайду в Средней Азии, не позволяя ему совершать набеги на территорию собственно Китая.
В борьбе со своими противниками в Монголии Хубилаю повезло больше. После поражения Ариг-Буки здесь наступил период спокойствия и восстановления, длившийся более десяти лет. Гражданская война, которую развязал Ариг-Бука, нанесла серьезный удар по экономике Монголии, и Хубилаю требовалось облегчить жизнь местного населения, чтобы добиться расположения соплеменников. Он принял меры в этом направлении, раздавая зерно неимущим, снижая налоги и создавая военные поселения. Тем самым Хубилай рассчитывал облегчить бремя, гнетущее местное население, и дать монголам возможность достичь некоторой самодостаточности. Он обустроил почтовые станции, чтобы обеспечить связь со своей столицей в Северном Китае и послал в Монголию ремесленников, которые должны были помочь коренным жителям освоить навыки ремесел.
Одна из главных задач Хубилая заключалась в содействии развитию земледелия в степях. Он издал указ, которым степные земли, пригодные для возделывания, отводились под пашни. Чтобы облегчить этот переход, Хубилай предоставлял земледельцам быков и сельскохозяйственные орудия. В тяжелые времена стихийных бедствий он направлял в пострадавшие районы зерно из запасов на чрезвычайный случай. По-видимому, он прилагал особые усилия, чтобы развивать сельское хозяйство в Каракоруме. Великий хан Угэдэй в свое время поощрял земледелие в окрестностях города, и Хубилай пошел по его стопам, стремясь перевести Каракорум на самообеспечение. Сельскохозяйственное производство в районе первой монгольской столицы увеличилось, но, тем не менее, Хубилай и его преемники были вынуждены периодически поставлять сюда зерно из Китая. Поэтому, чтобы удовлетворить запросы Монголии в целом и Каракорума в частности, Хубилай способствовал расширению земледельческих поселений в северных областях Китая, особенно в районе Нинся, откуда продовольствие должно было доставляться в Монголию. Все эти меры принесли плоды, так как эти города снабжали зерном и ремесленными изделиями Каракорум. Хотя Хубилай иногда получал просьбы направить в монгольские земли припасы, чтобы покрыть нехватку зерна, обустройство крестьянских деревень связало Нинся с Монголией и обе этих области с Китаем.
Кроме того, Хубилаю удалось подавить мятеж, поднятый монгольскими князьями. Заговорщики, предавшие его сына Номухана, после того, как Хайду уклонился от предложения заключить союз с ними, откочевали в Монголию и район Верхнего Енисея. Руководители заговора, Ширеги и Тог-Темур, попытались превратить эту область в базу для нападений на Каракорум. В отличие от среднеазиатских походов, действия Хубилая в Монголии увенчались полным успехом, отчасти благодаря уже осуществлявшейся экономической программе. Конечно, задачу Хубилаю облегчили также распри и соперничество во вражеском лагере. Хотя Тог-Темур, Ширеги и другие вожди мятежа на первый взгляд казались союзниками, каждый из них вынашивал собственные честолюбивые замыслы. У мятежников не было единоличного руководителя, а это приводило к разобщенности, тогда как для успешного сопротивления войскам Хубилая им была необходима сплоченность. Рашид ад-дин приводит многочисленные случаи предательств и двоедушия, раздиравших стан заговорщиков. В 1271 г., воспользовавшись этими неурядицами, армия Хубилая разгромила Тог-Темура в сражении под Каракорумом. Впоследствии Тог-Темур был захвачен в плен и казнен своим союзником Ширеги. После столь вопиющего свидетельства раскола положение мятежников осложнилось еще больше. За последующий год мятеж прекратился сам собой; восставшие князья либо перебегали к монгольским правителям в Средней Азии и Китае, либо сдавались на их милость. Ширеги покорился Хубилаю, который, по словам Рашид ад-дина, не допустил племянника к себе на глаза, а вместо этого отправил его в изгнание «на один остров, где был совершенно гнилой воздух» и где он вскоре после этого закончил свои дни. К 1279 г. Хубилай мог быть уверен в том, что Монголия останется частью его владений. Тем не менее, в Средней Азии господствовал его главный противник, время от времени прерывавший торговые и дипломатические связи Хубилая с западными странами.
