Формально Мария Стюарт еще признавалась королевой Шотландии и у нее даже, как мы знаем, имелся посол при английском дворе, епископ Джон Лесли. Сочинение этого самого Лесли, недвусмысленно обосновывавшее притязания Марии Стюарт на английскую корону, и нашли, помимо шифрованной корреспонденции, в багаже Шарля Байи. При допросе фламандца губернатором южных портов сэром Уильямом Кобгемом присутствовал его брат Томас, тайно принявший католичество. Байи успел обменяться с ним многозначительными взглядами. Уильям Кобгем, не теряя времени, поспешил с захваченными бумагами к главному королевскому министру Уильяму Сесилу, лорду Берли. Однако по дороге Томас Кобгем заявил брату, что если бумаги попадут в руки властей, герцог Норфолк — конченный человек, и умолял не торопиться с их передачей Сесилу. Уильям Кобгем заколебался, сообразив, что в бумагах содержались сведения о заговоре, организованном итальянским банкиром Ридольфи, с которым сам губернатор был ранее связан; и, опасаясь, как бы эта связь не выплыла наружу, Кобгем решил, что предавать конфискованную корреспонденцию правительству явно не в его интересах и даже представляет для него серьезную угрозу. Но скрыть свою добычу от Сесила, который все равно через его многочисленных шпионов узнал бы о перехваченной переписке, было еще опаснее. Не зная, что предпринять, Кобгем, в конце концов, пошел на хитрость. Корреспонденция была спешно отослана послу Марии Стюарт епископу Лесли, к штату которого принадлежал Байи, с вежливой просьбой явиться на следующий день к губернатору и вместе с ним прочесть полученные письма. Иначе говоря, Лесли получил время для подмены бумаг.
Епископ сразу же ринулся к испанскому послу дону Герау Деспесу. Началась лихорадочная работа. Письма, которые привез Байи, были подменены другими, написанными тем же шифром. Для придания правдоподобия в текст подложных писем были включены многочисленные выпады против Елизаветы, но опущено все, что могло навести на мысль о существовании антиправительственного заговора. В пакет была даже вложена часть настоящих писем, не содержащих компрометирующих сведений. Подлинные же письма были отправлены тем, кому они были адресованы, — прежде всего герцогу, Норфолку. Теперь Кобгем мог послать фальшивую переписку лорду Берли, а Лесли, играя свою роль, даже потребовал возвращения адресованных ему писем, на которые распространялась неприкосновенность дипломатической корреспонденции.
Лорд Берли если и был обманут, то только наполовину. Его шпионы во Фландрии уже донесли ему о ведущейся подготовке к какому-то заговору. Кроме того, министр был поражен наглым тоном, в каком было выдержано сочинение Лесли в защиту притязаний Марии Стюарт. Более того, в трактате Лесли содержались недвусмысленные намеки, что пленная королева займет не только шотландский, но и английский престол, причем не в качестве наследницы Елизаветы (как заявляла сама Мария), а взамен нее. Но Сесил ничем не выдал своих подозрений, предпочитая, чтобы до времени его считали одураченным.
Главным козырем министра было то, что под арестом находился, видимо, немало знавший Байи. Настойчивость, с которой епископ Лесли стремился добиться освобождения фламандца как служащего шотландского посольства, лишь укрепила Сесила в уверенности, что у Байи находится ключ к тайне. Посланцы от Лесли, которые пытались проникнуть к Байи, содержавшемуся в лондонской тюрьме Маршалси, перехватывались сторожами.
Байи не знал, какой линии ему держаться на предстоящих допросах. Однажды ночью в темную сырую камеру, где на вязанке соломы лежал он, тщетно пытаясь заснуть, был помещен новый заключенный. Фламандец с радостью узнал в нем своего знакомого, Уильяма Герли, высокочтимого среди католиков за бесстрашную защиту истинной веры. Единственно, чего не знал фламандец в биографии своего уважаемого друга, принимавшегося арестованными католиками за несчастного страдальца, с которого ни днем, ни ночью не снимали тяжелые цепи, — это то, что он уже не первый год состоял в штатах английской секретной службы, подвизаясь в последнее время преимущественно в роли тюремного шпиона и провокатора. Лорд Берли характеризовал его как «джентльмена, обладающего высокими достоинствами, мудростью и образованием, большим опытом… Он хорошо известен Ее Величеству, которая благосклонно относится к нему». Письма Герли действительно свидетельствуют, что он получил основательное образование. По его утверждению, он хорошо знал несколько иностранных языков. Впоследствии он пошел в гору, его стали посылать за границу как дипломата. Герли внушал всем, что у него были родственные связи с лордом Нортумберлендом, одним из вождей английских католиков, хотя возможно, что это было частью легенды, придуманной шпионом для пользы службы. Известно также, что он в прошлом неоднократно преследовался властями, только не за верность католической вере, а за различные уголовные преступления, включая даже занятие пиратством без разрешения правительства.
Завоевав доверие Байи, Герли сумел также обвести вокруг пальца и посланца епископа Лесли. Через Герли шотландскому послу удалось наладить, наконец, переписку с Байи, которая предварительно' прочитывалась в ведомстве лорда Берли. Однако однажды Герли проговорился, назвав участников недавнего католического восстания «мятежниками», как их именовали в правительственных заявлениях и он сам в тайных доносах начальству. Байи понял, что перед ним — вражеский агент. Тогда Байи доставили к Берли, который потребовал от него расшифровать переписку. Байи сослался на то, что потерял ключ к шифру. Фламандца перевели в Тауэр, где подвергли пытке, впрочем, не очень суровой, по понятиям того жестокого времени. Берли по-прежнему не считал пытку наилучшим средством добыть у фламандца нужные сведения.
Было решено повторить трюк с Герли. В камеру фламандца подсадили другого правительственного агента, под именем доктора богословия Стори, призывавшего в своих сочинениях к убийству Елизаветы. Роль Стори сыграл некий Паркер, похитивший богослова в Нидерландах и доставивший в Англию, а может быть, тот же Герли! Свет проникал в казематы Тауэра очень слабо, и Байи мог не узнать своего недавнего приятеля. Мнимый доктор насоветовал Байи, который со страхом ожидал новой пытки, выразить готовность перейти на службу к лорду Берли, сообщив ему ключ к шифру, который и так уже (это стало известно Стори от надежных людей) сумел узнать секрет, и, таким образом, не только избавиться от жесточайших мучений, но еще и послужить католической вере. Байи так и поступил и, лишь когда его предложение услуг было с пренебрежением отвергнуто, понял, что с головой выдал своих доверителей. Но Байи уже не представлял для лорда Берли никакого интереса. Его еще некоторое время продержали за решеткой, а потом выслали из страны.
Байи выдал все, что знал, но знал он далеко не все. И, главное, ему были неизвестны имена, фигурировавшие под кодовыми обозначениями 30 и 40. Кто скрывался под ними, мог ответить только епископ Лесли. Лорд Берли сначала попытался действовать по оправдавшей себя схеме. С Лесли установил связь Герли, о подлинной роли которого посол Марии Стюарт, естественно, не имел ни малейшего представления. Но сколько ни потрясал великомученик кандалами и сколько ни сочувствовал ему Лесли, посол не видел причины, почему он должен сообщить Герли имена 30 и 40. Поскольку другого знающего эти имена человека — испанского посла Деспеса — тронуть было невозможно, оставалось применить силу в отношении Лесли, пост которого как дипломатического представителя Марии Стюарт давал лишь видимость защиты. Тайный совет отдал приказ об аресте Лесли. Тот попытался выпутаться с помощью новой лжи, уверяя, что 30 обозначало испанского посла, а 40 — Марию Стюарт, что письма, адресованные им, он сжег, но в них содержались лишь советы по борьбе против противников королевы в Шотландии. Берли, которому его шпионы передавали слухи о готовившемся заговоре, не сомневался, что епископ лжет, но у него не было доказательств.
Помог счастливый случай. Мария Стюарт, находившаяся в близком родстве с правящей династией Валуа и могущественным семейством лотарингского герцога Гиза, получала от Франции субсидию в 600 фунтов стерлингов для борьбы с ее врагами в Шотландии. По просьбе Марии деньги были переданы французским послом герцогу Норфолку, который обещал содействие в их доставке по назначению. В самом этом согласии герцога еще нельзя было усмотреть государственной измены. Выполняя обещание, Норфолк приказал своему доверенному секретарю Роберту Хикфорду переслать эти деньги в графство Шропшир управляющему северными поместьями герцога Лоуренсу Бэннистеру, чтобы тот переправил их далее к шотландским лордам, державшим сторону Марии Стюарт. Главное, однако, — в мешок с золотом были вложены зашифрованные письма. Хикфорд попросил направлявшегося в Шропшир купца Томаса Брауна из Шрюсбери прихватить с собой небольшой мешочек с незначительной суммой в серебряной монете для передачи Бэннистеру. Купец охотно согласился выполнить просьбу: это был распространенный в то время способ пересылки денег. Но по дороге у Брауна возникли подозрения, уж очень тяжелым оказался мешок. Купец сломал печать и обнаружил в мешке крупную сумму в золоте и шифрованные письма. Зная, что Норфолка только недавно выпустили из Тауэра, где его содержали по подозрению в государственной измене, Браун повернул обратно в Лондон и передал денежный мешок и письма прямо в руки главного министра лорда Берли.