В процессе обучения своих подчинённых Дёниц разработал новый порядок взаимодействия командира лодки и первого вахтенного офицера при атаке цели. Собственно говоря, при атаке днём из подводного положения лодки это взаимодействие осталось прежним. Командир, находясь у перископа, с помощью первого вахтенного офицера, работавшего с планшетом, наводил лодку на цель, а затем подавал команду на пуск торпеды. А вот при ночной атаке из надводного положения командиру подводной лодки предписывалось руководить ходом лодки по планшету с центрального поста, а командовать пуском торпеды поручалось первому вахтенному офицеру, которому надлежало находиться на ходовом мостике и руководствоваться в своих действиях результатами визуального наблюдения с помощью цейссовского бинокля, установленного на репитере гироскопического компаса. Многие командиры лодок без особой охоты передавали свою прежнюю функцию первым вахтенным офицерам и поругивали про себя новую систему взаимодействия, хотя она и была эффективнее старой. Тем не менее эта система стала обязательной для использования в германском подводном флоте. Флоты других стран не воспользовались новшеством Дёница.

U1 — U6 II серия («каноэ»)

U7 — U24 IIВ серия («каноэ»)

U25 — U26 I серия

U27 — U36 VII серия

U37 — U44 IX серия

U44 — U55 VIIB серия

U56 — U61 НС серия («каноэ»)

Подводные лодки «каноэ» уходили в море на пять дней, и так из недели в неделю. Работа была изнурительной. В отдельные сутки подводные лодки проводили по восемь дневных атак цели с перископной глубины и по шесть ночных атак из надводного положения. Как вспоминал один из бывших командиров подводной лодки, четырнадцать атак в сутки являлись «высшим пределом физических и духовных сил».

Лодки «каноэ» со сварными корпусами из высокопрочной стали могли погружаться на глубину до 500 футов. Одним из способов уберечься от обнаружения подводной лодки гидролокатором являлось погружение лодки с выключенными двигателями на максимально возможную глубину, и Дёниц время от времени предписывал командирам лодок производить эту операцию. Однако инцидент с подводной лодкой U12, которой командовал Вернер фон Шмидт, положил конец учебным погружениям. На глубине 341 фут лёгкий корпус лодки треснул, и она стала наполняться водой. Лодке удалось всплыть, и всё же морской штаб запретил осуществлять погружения на глубину более 150 футов. Дёниц понимал, что в боевых условиях глубоководные погружения станут обычным явлением, а коли так, к ним надо готовиться. Он пытался убедить морской штаб отменить принятое решение, но его доводы не были приняты во внимание. В своих мемуарах Дёниц с горечью отметил: «За уроки, которыми обделили моряков в мирное время, им пришлось заплатить дорогой ценой во время войны».

Когда 7 мая 1936 года войска вермахта вошли в Рейнскую провинцию, двенадцать лодок флотилии «Веддиген», а с ними шесть лодок II серии из школы подводников, оказались в полной боевой готовности для ведения возможной войны на море против Польши, Франции и Советского Союза. Позднее, в том же 1936 году, в строй вошли ещё шесть лодок «каноэ», а также десять средних лодок VII серии (U27 — U36, водоизмещением 500 тонн каждая) и две больших лодки I серии (U25 и U26, водоизмещением 750 тонн каждая). Подводные лодки U25 и U26 имели целый ряд существенных недостатков: они имели низкую остойчивость, медленно погружались, плохо маневрировали и легко засекались гидролокаторами. Обе лодки были признаны непригодными для ведения боевых действий, их квалифицировали как экспериментальные и предназначили для пропагандистских целей — к примеру, в составе кораблей «Кригсмарине» нести флаг со свастикой в прибрежных водах Испании. Десять средних подводных лодок VII серии, также не лишённые недостатков (в частности, они потребляли большое количество топлива), образовали вторую флотилию, которой было присвоено имя другого героя-подводника Райнхольда Зальцведеля. Командирами лодок этой флотилии стали бывшие командиры или вахтенные офицеры подводных лодок «каноэ» флотилии «Веддиген».

Получив на вооружение новые подводные лодки, морской штаб провёл реорганизацию подводного флота. Восемнадцать лодок «каноэ» были разделены на две флотилии — флотилию «Веддиген» и ещё одну, названную в честь ещё одного героя-подводника Йоханнеса Лоса. Дёниц командовал всеми тремя флотилиями, состоявшими из тридцати лодок (восемнадцати «каноэ», десяти лодок VII серии и двух экспериментальных — U25 и U26). Штаб Дёница состоял из Тадсена, Эбергарда Годта, энергичного организатора, и ряда других офицеров.