Последним из канонических Евангелий было написано произведение, которое мы называем Евангелием от Иоанна. Оно вышло из среды самобытной философско-мистической школы, которая первоначально состояла из евреев, а впоследствии была изгнана из синагоги, подвергнута остракизму и набрала в свои ряды изрядное число язычников. Нынешний текст данного Евангелия несёт на себе отпечаток внутреннего противоречия: с одной стороны, высокая философия и мистика, исполненная любви к Богу и ближнему, с другой стороны — тяжёлый конфликт с синагогой и иудаизмом. По всей видимости, у истоков этой школы стоял один из непосредственных учеников Иисуса. В Евангелии он скрывается за кодовым обозначением «Любимый Ученик». Мы не знаем, кем он был в реальности. Позднее предание считало его Иоанном Зеведеевым (см. Ириней Лионский, «Против ересей» 3.1.2), но это далеко не обязательно. Среди других правдоподобных кандидатур — Лазарь, Фома, Иаков (брат Иисуса) и даже Мария Магдалина (хотя последняя не столь вероятна, как предыдущие кандидатуры).

Реакция синагогальных властей, впрочем, была предсказуема: для этой богословской школы была характерна практика мистического экстаза, в котором человек словно на крыльях воспаряет в духовные высоты и ощущает своё глубокое единство с Богом и посланным им Мессией. В любых религиях мистики подозрительны для ортодоксий, и иудаизм I века не был исключением. По мере развития школы трения и подозрения переросли в отчуждённость, а отчуждённость во враждебность, враждебность, усугублявшуюся к тому же снисходительным (мягко говоря) отношением самих Иоанновых христиан к евреям-нехристианам. Когда же руководители школы произвели философскую рационализацию некоторых мистических откровений, создав понимание Иисуса как воплотившегося Божественного Слова (отчасти под влиянием идей философа Филона Александрийского), терпение истеблишмента лопнуло, и последовало отлучение от синагоги. По мнению синагогальной ортодоксии, Иоанново богословие шло вразрез с основами иудаизма, особенно иудейским монотеизмом.

Проблемы усугублялись ещё и тем, что мистики Иоанновой школы, в молитвенных экстазах постигая волю и учение воскресшего Христа, формулировали эту волю в виде речей Воскресшего, которые почитали даже с большим уважением, чем предания об учении Иисуса земного, исторического. Впрочем, эта практика Иоанновой школы вызывала подчас недоумение не только у еврейского истеблишмента, но и у многих христиан. И в самом деле, дерзновение Иоанновых христиан поразительно: страницы четвёртого Евангелия наполнены речами Воскресшего, которые вложены уже в уста Иисуса земного, не прошедшего через Голгофу! Поэтому далеко не сразу Евангелие от Иоанна получило широкое христианское признание. Споры о его надёжности и авторитетности продолжались до начала III века.

Для историка этот текст представляет серьёзную проблему. С одной стороны, он доносит до нас нечто исключительно важное из учения самого Иисуса, который сам был поэтом и мистиком. С другой стороны, поскольку Евангелие от Иоанна смешивает воедино речи Иисуса земного и откровения о словах Иисуса воскресшего, провести грань между этими двумя видами материалов крайне сложно, а подчас и невозможно. Соответственно, большинство современных историков, соблюдая осторожность, предпочитают вовсе выносить Евангелие от Иоанна за скобки при реконструкции образа Иисуса. В последующих главах мы последуем этой респектабельной академической традиции, обращаясь к текстам Иоанна лишь тогда, когда за мистико-богословской тканью этого произведения просматриваются очертания реальной земной истории.

Большинство из неканонических Евангелий носят поздний и недостоверный характер, однако есть и такие, которые сообщают важные дополнительные сведения. Наиболее ценное из таких неканонических произведений — Евангелие от Фомы. В древности оно было широко известно, потом потерялось. В конце XIX века несколько греческих фрагментов из него были найдены в египетском городе Оксиринхе. В 1945 году возле другого египетского городка (Наг-Хаммади) был найден и коптский перевод всего Евангелия от Фомы. Коптская рукопись относится к IV веку, греческие фрагменты — к концу II века, однако сам текст написан, конечно, раньше.

Евангелие от Фомы создавалось в два приёма. Первая его редакция относится ещё к 60-м годам I века и принадлежит к числу самых ранних христианских текстов. Спустя полстолетия это Евангелие было дописано: к нему добавили ряд новых высказываний Иисуса, причём некоторые уже являлись не точным воспоминанием о том, что Иисус сказал, а философской разработкой его учений. Здесь для историка ещё более остро, чем в случае с каноническими Евангелиями, стоит вопрос: как отличить подлинные слова Иисуса от поздних добавлений?

Евангелие от Фомы вышло из кругов философско-мистической школы, в чём-то близкой Иоаннову кругу (см. выше). Главное отличие состояло в том, что Иоанново направление брало всё больший курс на христоцентризм: иными словами, фигура Иисуса обретала для него центральную значимость. Фомино христианство также глубоко чтило Иисуса, но в нём Иисус мыслился скорее как Учитель. Евангелие от Фомы говорит не столько о божественности самого основателя христианства, сколько о том, как его учение позволяет людям раскрыть сокрытый в них божественный свет, преодолеть внутренние и внешние конфликты и противоречия, сделать Землю более приятным и гармоничным местом для жизни. Открытие его в XX веке позволяет увидеть доселе малозаметные мосты раннего христианства с индийской мистикой. Пропасть между этими мирами, ранее казавшаяся бездонной и непреодолимой, оказалась преодолимой.

В течение полутора тысячелетий Евангелие от Марии пребывало в полном забвении: цитаты и ссылки на него в известной нам раннехристианской литературе отсутствуют, а текст долгое время был потерян. Лишь в 1896 году немецкий учёный Карл Рейнхардт купил в Каире древнюю рукопись, содержащую большой фрагмент с коптским переводом этого Евангелия. Рукопись относится к началу V века. В течение XX столетия стали известны также два маленьких фрагмента из греческого оригинала, относящиеся к началу III века н. э.

К сожалению, плохая сохранность текста не даёт возможности судить о нём сколько-нибудь подробно. Можно выделить два момента. Во-первых, текст философски ориентирован: первая его часть представляет собой рассуждение о природе и конечных судьбах материи, вложенное в уста Воскресшего. Рассуждение проникнуто влиянием платонизма. Во-вторых, текст заострён на гендерную проблематику: он касается женских ролей в Церкви. Как замечает гарвардская исследовательница Карен Кинг, с точки зрения автора этого Евангелия, основа для лидерства лежит только в духовной зрелости человека, а не в эфемерных и вторичных вещах вроде его половой принадлежности. Иными словами, вопрос о том, кому подобает встать во главе церковной общины — мужчине или женщине, — необходимо решать только исходя из индивидуального достоинства или недостоинства, а не отдавая автоматически предпочтение кому-либо на основании пола. Пользуясь современной терминологией, можно сказать, что автор выступает за женское рукоположение. Неслучайна поэтому видная роль Евангелия от Марии в современном феминистском движении.

Представляет ли этот текст историческую ценность как свидетельство об Иисусе из Назарета? Пожалуй, да, но весьма ограниченную: слишком уж поздно оно написано (в начале или середине II века), и слишком уж большую долю творческой фантазии проявил его автор. Философские выкладки о материи, скорее всего, недостоверны, как и описания бесед Марии Магдалины с другими учениками Иисуса. Тем не менее заслуживают доверия сведения о важной роли Магдалины как одного из ближайших к Иисусу людей и как одного из наставников первохристианской общины.